入选“阿尔法”部队只是第一步。随后，每一位入选者都必须接受极其严酷的训练。新手将在克格勃秘密职业杀手学校内进行培训。在学员编制上这所学校更是制定了苛刻的规定：严格保持２５０人的规模，实行循环训练的方式，走一人，补一人，决不“扩招”。这所学校隶属于克格勃第七局，即反恐怖行动局，其教员汇集了擒拿、格斗、爆破、武器、犯罪心理学、侦察和计算机等方方面面的顶级专家，专门培养“阿尔法”特种部队的队员。
“阿尔法”小组有一套自己的独特的训练方法。同时，为了保证世界一流的教学水平，该学校也大胆借鉴美英等国家特种兵训练的独特成功经验。以在制服恐怖分子时常用的近距离格斗为例，“阿尔法”小组在进行近距离搏斗训练时，就有意识地采用一些最有效的方法，目的就是训练队员们在空间非常狭小的情况下仍能同武装分子进行肉搏战。“阿尔法”别动队的训练分体能训练、基本技能训练、心理训练和特种技能训练。训练的宗旨是培养队员的单兵作战能力、协同作战能力和勇于牺牲的精神。
１．体能训练
良好的体能是完成作战任务的基础。对于以独立执行各种作战任务的特种兵来说，体能训练尤其重要。对特种部队成员的体能训练要求非常高，主要表现在训练时间长、内容多、强度大等几个方面。特种兵的体能训练，首先是从肉体和精神疲劳程度较小的科目开始，然后循序渐进地进行。随着体力的提高，不断增加训练难度和训练时间。体能训练不仅艰苦，而且枯燥，所以在这一阶段学员的淘汰率很高，凡是达不到标准的一律淘汰。
“阿尔法”特种部队突击队员的训练日安排得十分饱满。每天上午开训之前，要完成规定指标的越野跑，或规定项目的体育训练，随后，在教官的带领下，进行１．５～２小时的徒手格斗训练。午饭后，学员们只休息片刻，便要进行特种战术和特种武器训练；晚饭后，还要进行个人单项体能训练。训练期间，还经常穿插进行射击、实际操练和野外演练等训练。
一次，在哈巴罗夫斯克一个体育场内，“阿尔法”战士正在进行训练，这时来了边疆区高级官员的三名保镖，他们都是身材高大、宽肩膀的年轻人，一看就知道经过了严格的训练且头恼清醒，而且进行过徒手格斗训练，了解特种行动。他们来到体育馆后，便观看特种队员的训练。这三人被邀请进行力量耐力测试，这也是加入这一部队的新兵所必须经过的一关。先是单杠连续引体向上１７次，然后做俯卧撑４０次，仰卧起坐７０次。在休息５分钟后，再进行下跌训练。
当他们完成这些训练科目后已经大汗淋漓。相比之下，“阿尔法”部队的战士从外表上看与常人没有什么太大的区别，没有那些典型性的特征，身材不高，但身体强壮。在随后进行的徒手对打中，身材高大的保镖完全不是“阿尔法”战士的对手，被身高相对矮小的“阿尔法”战士一次又一次地摔倒在地上。
２．基本技能训练
对这些被挑选出来的佼佼者采用最好的、最有效的方式进行广泛的准军事训练（如射击和自由跳伞），一般要达三个月之久。准军事训练合格者再进行语言学习和技术训练。在此基础上还要增加大量的特种部队训练项目。在提高作战能力方面，则注重基础训练。
特种部队队员首先要在训练中心学会擒拿格斗、地图识别和战场通信联络等基本技术。
擒拿格斗训练，主要是让学员掌握接近和打倒敌人的技能，以及对付敌人警卫和捕捉、绑架、俘虏的技能，包括在徒手或持枪的情况下，同敌人遭遇时的处置办法。识图训练是使学员掌握在作战过程中了解环境的能力，包括使用指南针、凭借地貌辨认地形、方位。通信训练的目的是使学员熟练掌握各种通信工具，在作战中能够在本部之外，地面与空中之间保持联系，甚至能与己方的通信卫星随时沟通。此外，他们还必须学会在行进的坦克间穿行，在开伞高度低，着陆精度高的要求下进行空降训练。
