钱学森绝对没有料到，他在麻省理工学院的时光竟会如此短暂而不愉快。部分原因在于，1935年的麻省理工学院尽管已经是一所全美顶级的飞行技术学院，但它对航空工程却未能给予足够的重视。另外的原因则要归于钱学森的个性：他与麻省理工学院就是格格不入。
在麻省理工学院，航空学一直没有被当成一门正经的学科。直到1913年，麻省理工学院才拨出了3500美元，用于建造一座实验室和一个4英尺长的风洞，并在接下来的一年中开设了航空工程学的研究生课程——这是全美国第一个与此相关的课程。
“一战”期间，这个项目迅速扩张。然而，随着战争结束，来自政府的支持迅速消失，美国政府取消了数以百计的飞机制造合同，这对刚刚起步的该项目来说无疑是一个沉重的打击。
幸运的是，1925年，古根海姆（Guggenheim）家族宣布，有意资助7名航空工程专业的学生完成为期4年的本科学习。麻省理工学院被选中作为培训基地之一，得到了50万美元的启动基金。用这笔钱，麻省理工学院盖起了古根海姆大楼，并为之配备了一个全新的图书馆和一个7。5英尺的风洞。1926年之后，整个航空工程系形成了严谨的学术氛围。在三位非常活跃的教授和两名导师的带领下，学生们不仅在飞行动力的理论方面深有建树，也精通实际飞机设计的逐个环节。
钱学森在清华大学的导师王士倬，便是这个项目1928届的毕业生。
钱学森在麻省理工学院的学习成绩依然保持着自幼一贯的优异出众。有个故事说，他曾经选了一门课，考试时，教授出的考题非常之难，绝大多数人都没能及格。学生们经过一番讨论后，决定向这位教授提出抗议。“当他们来到这位教授的办公室前时，”麻省理工学院毕业生韦伯斯特·罗伯茨这样写道，“他们发现，钱学森的考卷正贴在门上。钢笔写就的试卷工工整整，没有一点错误，也没有一丝橡皮擦拭或涂改的痕迹！于是再没人向那位教授抗议了。”
但是，麻省理工学院所重视的除了考试和开创新理论，还有动手实践的能力。而在这一点上，钱学森就全然无助了。钱学森在麻省理工学院结交到了一位密友威廉·桑斯特。两人经常一起在桑斯特租住的一对苏格兰退休夫妇的家中搭伙吃饭，这里的伙食比起学生食堂里的饭菜要讨人喜欢得多。吃完晚饭，桑斯特会在钢琴上弹奏几曲，而钱学森以次中音号在旁伴奏。“当钱学森吹得高兴时，他会微微一笑。”
有一天，在实验车间里，钱学森满面忧愁地走到桑斯特的工作台前，向他请教如何将防火墙后的燃料罐与防火墙前面的发动机连接起来。桑斯特几乎难以置信。在防火墙上钻个小洞，用铜管把燃料罐和发动机一接，不就完事了吗？桑斯特这样对钱学森说，他认为这个问题“相当愚蠢”。但是，“看起来，钱学森很难接受可以在防火墙上钻孔这样的事实”。
或许在钱学森的想法中，破坏防火设备的完整性是绝对无法接受的。但也有另外一种可能，即是在钱学森成长的环境中，像这样的体力劳动被认为应该是仆佣们才干的事。多年以后，一位医学研究人员如是评论在中国知识分子精英身上普遍存在的这种特性：“（他们）对手工劳作存在一种普遍的鄙视。这让人想起小心地留着3寸长指甲，并用竹制或银质指甲套加以保护的官老爷。指甲的长度暗示着用手的机会是多么的少，而这是权势的终极象征。”不管对动手操作是鄙视还是全然的不熟悉，很明显，实验室操作令钱学森心生畏惧，而在车间工作则令他疲惫万分。
更糟的事情还在后面。1936年夏天，钱学森与来自宾夕法尼亚州杰拉德市的机械工程系二年级硕士研究生W。 H。 彼得斯合作，开展对湍流边界层的研究工作。
钱学森和彼得斯此前未能预料到的一个问题是仪器自震产生的严重摇晃。钱学森需要空气平缓地以平行方向流过钢板，但风扇的呼啸和风洞的形状却令仪器剧烈震动，甚至原地打转。风洞测试区的压力起伏不定，每一天，从早上8点到晚上10点，钱学森都在绞尽脑汁，设法令气流平顺下来。然而，所有尝试都没有收到成效。
“我们没有获得任何有意义的结果，”彼得斯回忆道。他后来放弃了自己的研究生论文，“气流扰动的问题把一切都毁了。”钱学森的结论与彼得斯并无二致。在长达36页的公式和图表之后，钱学森附上了风洞的照片，并写道：“从现有风洞获得的结果因设备问题相当受限……除非作出相应的更改，否则现有的风洞无法得出任何确定性的结论。”
如果说这件事令钱学森深感失望的话，至少他掩饰得很好。在他的搭档的记忆中，钱学森是个“害羞的好人”，寡言少语但却能与人合作愉快。钱学森是如此的沉默，以至于彼得斯对于他打算离开麻省理工学院这件事一点都不知情。
