高祖只有认命了。他点头道：“好！此是朕夙心所愿。”
尉迟敬德道：“玄武门外，东宫齐府兵正与宿卫兵争战，请陛下降手敕，好令北门停兵！”
无奈。高祖道：“传朕手谕，诸军皆受秦王处置！”
可是这手谕还是晚了些。云麾将军敬君弘倒下了，中郎将吕世衡也倒下了。秦王没想到，太子、齐王进宫前，东宫齐府两千精兵已集结待命。感觉到异样并密告太子的是张婕妤。或许是太子低估了事情的严重性，他令两千兵马集结待命，然后领三四十护卫，和元吉前来觐见。结果，已如前述，兵马来到，只能为死者战。战争的对象，乃是北门宿卫兵。
北门宿卫兵长官敬君弘和吕世衡战死。横竖是为生者战，他们多少比东宫齐府的人死得要值一些。实在说，常何一直到一个时辰以前，不知道敬君弘、吕世衡早已是秦王心腹。他在门口的厮杀中发现这一个事实，但是在他还没有完全回味过来这一切的时候，他们已经战死。
敬君弘、吕世衡的死还有一个意义，就是让东宫齐府兵得到一点心理上的满足。冯立，这个忠心有余的健将，在刺死敬君弘的时候，泄恨地叫道：“无耻之徒！看你九泉之下，有何面目见太子！”薛万彻，这个英勇骁健的东宫将领，大叫道：“弟兄们，跟我前去攻打秦府？”立刻有一群人鼓噪响应。薛万彻为什么突然要攻打秦府？他不明白这里才是真正的战场吗？还是这里打不下来，要到秦府去发泄？
到底薛万彻作如何想？不知道！一呼百应，鼓噪混乱，汹汹欲向秦府。“且慢！”晴空响雷，雷厉震天，城门上出现黑面神将尉迟敬德，一手一颗血淋淋人头，大叫道：“李建成、李元吉人头在此。皇上口谕，令诸军皆受秦王处置。”
心散如水泄。紧接着宇文士及出现，宣高祖敕书：“皇上诏令，自今以后，诸军皆受秦王……”薛万彻料无力回天，亦不想听下去，大喝一声，引数十骑向终南山而去。冯立刀指敬君弘尸体，谓左右道：“此贼死，亦算薄报太子平日恩德！”仰天而叹，左右解体而去。冯立带着谢叔方，一个狠心，亦向城外逃去。
在这场变故中，尉迟敬德最为忙碌。据记载，紧急时刻救秦王者是尉迟敬德，玄武门以太子、齐王人头退兵者是尉迟敬德，海池边与高祖对话的亦是尉迟敬德。《资治通鉴》先记玄武门退兵，后记海池边对话，明显于理不合。从东宫齐府兵已集结待命来说，玄武门的战争与海池边对话应是同时进行。又冯立出兵前说：“岂有生受其恩，而死逃其难乎！”以这样的忠心来说，单凭两颗人头，恐怕难以退兵。尉迟敬德拿两颗人头退兵时，应该同时还带了皇上口谕。所以尉迟敬德应该是先到海池边，得到皇上口谕后再拿太子、齐王人头到玄武门，当时玄武门争战已多时，敬君弘等已战死。
无论如何，变乱暂告结束了。所有兵器都回鞘，尽管紧张的气氛还在空气中弥漫着。一切发生得如此迅速，又结束得如此迅速。
长孙妃来到现场，安抚将士。裴矩奉高祖命，安抚东宫将卒。
高祖回到宫内，身心疲惫，坐在尊位上，充斥脑海的，是无奈的平静。
“传秦王来！”高祖道。
也许有几分羞愧，但李世民很快冷静下来，需要给高祖一个说明、一个安慰，也需要让他明白自己已经长大了。于是，世民见到高祖，扑通跪下，吸吮着李渊的乳头，半晌才号啕痛哭起来。“父皇……父皇……”语不成声，双肩剧烈抖动。
往日三子膝间闹，如今一子泣凄凉！
高祖抚摸爱子深埋的头、颤抖的肩膀。受惊后的秦王就像小时候一样脆弱。但高祖心里明白，他是在依照“乳翁”（“乳翁”是一种习俗，是父权制社会建立之初，男性争夺对子女抚养权的一种遗留现象。李唐皇室有着浓厚的鲜卑遗俗。李世民跪吻高祖之乳，是儿子对父亲的尊重和安慰，也是子女表示对父亲亲昵的一种习俗。）之习俗，给自己履行一个成人仪式。是的，他表面看来还带着惊魂未定的脆弱，但他不再幼小，他即将成为一国之君！
紧接着要处理的，是安定局面，清除一些不安定的因素。太子建成的五个儿子，齐王元吉的五个儿子，都是“承”字辈的亲王，一概处死，清除出皇家的属籍。有人建议要将建成和元吉左右百余人及其亲属一并诛杀，而刚执行完任务的尉迟敬德坚决反对。滥杀的气势很快就被遏止了。李渊当即下诏，“国家庶事，皆依秦王处分”。
第二天，昨日在玄武门外奋力厮杀的原东宫系的将军冯立和谢叔方自出投降，薛万彻在李世民派来的使臣反复慰谕之下，也从山中出来了。李世民很大度地把他们都释放了。
六月初七，李世民被立为太子。李世民从此接管了处理全部国家政务的大权。原来秦府的一班谋臣勇将，都被安排到重要的岗位。一些原东宫和齐王府的官员也被李世民委以重任。
六月下旬，地方上还有一些震荡的余波。如益州（治今四川成都）行台仆射窦轨利用这个机会，收斩了与自己关系一直紧张的行台尚书韦云起，理由是韦云起家里有不少人是太子建成的宫僚。又如幽州大都督、庐江王李瑗，原本与建成有过秘密协定，答应在外做建成的奥援。面对玄武门事变的突然变故，他缺乏应对之策，最终成为自己一个下属谋取功名的砝码，被迫以谋反的态度站出来，被杀。
到八月初九（甲子）日李世民在东宫显德殿正式即位为帝的时候，玄武门事变的余波已经完全消除了。与事变相关的每一个人，都重新调整了自己的位置和心态，一起在等待着一个新的时代的来临。
事变中起了关键作用的常何将军，也许由于态度不是很明朗，只是由于事先秦王的买通，才睁只眼闭只眼地把秦府兵马放进了玄武门，而不像敬君弘等力战而死，所以他在事变后很长一段时间里，心情都异常复杂。他似乎也没有别的选择，尽管自己不可能列入新君的功臣名单，未来的官运也不可能太亨通，但他仍然是大唐的臣子。只是，以前他是李渊的臣子，以后他是李世民的臣子罢了。
