随着自由民人数不断增加，1859年，堪萨斯局势已被废奴主义者牢固控制。但由于国会阻挠，堪萨斯在1860年仍不能作为自由州加入联邦。直到1861年1月，南部蓄奴诸州脱离联邦，堪萨斯才终于被接纳，成为联邦的第三十四个州。
约翰?布朗大起义
堪萨斯内战后，布朗于1857年制定了一个反奴隶制的武装起义计划。1858年，布朗四处奔波，为实现起义计划做了大量准备工作。北部废奴主义者格里特?史密斯、乔治?斯特恩斯、弗兰克林?桑伯恩等人对布朗表示大力支持，并为他的事业解囊相助。
布朗曾努力争取黑人领袖弗雷德里克?道格拉斯和哈丽雅特?塔布曼参加起义，以他们的感召力来发动黑人，并扩大起义的影响。可是，道格拉斯不赞成布朗的起义计划，表示拒绝参加。塔布曼毫无保留地支持布朗，欣然同意参加起义。但是不知为什么，在起义的前一天，他忽然说自己旧病复发，无法参加起义。
1859年10月16日夜，59岁的布朗在弗吉尼亚州的哈珀斯渡口发动了震惊全国的反奴隶制武装起义。追随布朗参加起义的有21人，包括布朗的3个儿子和5个黑人。
起义者迅速占领了联邦军械库。按照原定计划，占领军械库后，起义者即在周围发动黑人，然后将队伍开拔到阿勒格尼山建立游击活动根据地，策动黑人奴隶大批逃亡，以此打击南部奴隶制度。
然而，起义打响之后，当地黑人并没有像布朗所估计的那样成群结队地投奔起义军。起义的消息很快传向四面八方。弗吉尼亚州州长亨利，怀斯调集地方武装将起义者团团包围。接着，罗伯特?李率领的联邦海军陆战队也赶来参加围攻。布朗临危不惧，始终沉着冷静，指挥起义者坚守阵地，同数以千计的敌人激战一天两夜，终因寡不敌众而失败。起义者有9人阵亡，6人逃脱，布朗的3个儿子全部战死。他自己也被俘。
负责平息这次“叛乱”的，正是日后大名鼎鼎的罗伯特?李将军。李命令海军陆战队围着俘虏站成方阵，然后把他们带进军需官的办公室。他给布朗包扎了伤口，把他解去查理斯顿的法庭受审。
在查理斯敦的法庭上，布朗大义凛然地对法官宣告：“我的意图就是要解放奴隶……我相信，我为穷人所做的一切并没有错。我是对的！”
20天后的12月2日，约翰?布朗和他的战友们被处以绞刑。临死前，他说：“我坚信，这邪恶土地上的罪行只有用血才能洗净。”
为自由而战的黑人和白人，都深深怀念这位献身于奴隶解放事业的英雄。哈丽特?塔布曼曾经和布朗见过面，并且表示坚决支持他的起义计划，还准备为这次起义物色志愿兵。后来，她在重病中听到了布朗牺牲的消息，万分悲痛。她对大家说：“约翰?布朗是我们的亲人，是我们黑人同胞真正的解放者。”
后来人们为了缅怀约翰?布朗，特别创作了一首《约翰?布朗之歌》：
布朗的尸体躺在墓里腐烂，
他的英魂在前进。
光荣，光荣，赞美上帝！
光荣，光荣，赞美上帝！
他的英魂在前进。
天上的星星正慈祥地往下看，
看到老约翰?布朗的坟地上。
