不过，东宫和朝廷两套机构也不能就这样并行运转下去，否则便会造成政出多门、名实不符的混乱局面。因此，我一面安排筹备皇位的交接事务，另一面，则是将秦王府旧部逐渐调出东宫，充实到中央政府中去。
首先要部署的，便是军务方面的人事变动。七月乙丑，任秦叔宝为左卫大将军，程咬金为右卫大将军，尉迟恭为右武侯大将军。他们各为禁军十二府之一的军士长官，直接受我指挥。左右卫负责的乃是宫内禁卫、仪仗督摄，整个皇宫的安全都仰仗于他们。左右武侯则掌管车驾护卫、道路警戒，负责皇帝出行时的安全保障。他们都是我的死忠之士。此时从东宫调来全面接管禁卫军的统御工作，我可以稍稍安枕了。
接下来，便是朝廷三省六部的行政长官之任免。就在同月壬辰，我再次借朝廷之名发布了新的任命：
高士廉——侍中
房玄龄——中书令
萧瑀——左仆射
长孙无忌——吏部尚书
杜如晦——兵部尚书
癸巳，又再次增补了一批中枢机要官员：
宇文士及——中书令
封德彝——右仆射
颜师古、刘林甫——中书侍郎
侯君集——左卫将军
段志玄——骁卫将军
薛万彻——右领军将军
张公瑾——右武侯将军
长孙安业——右监门将军
李客师——领左右军将军
这其中，高士廉、房玄龄、宇文士及等人与我的关系自不用说。最重要的三省皆由他们掌控。而负责政务执行的尚书省首长——尚书令本来是我的职守，如今空缺出来，再无人敢去填补这个空白。尚书左仆射便成为事实上的最高长官。萧瑀虽然不是秦府之人，然而他一直支持着我，故而将其由右仆射升为左仆射。至于六部中最重要的吏部和兵部，自然由长孙无忌、杜如晦这样的人来接掌才能让人放心。杜淹乃是杜如晦的叔父，同时也是原天策府兵曹参军、文学馆学士。去年因为杨文干事件，成为我与建成兄弟之争的替罪羔羊，跟王珪、韦挺他们一道流放越隽，受了不少委屈。而现在，重新出头，得任御史台的首长。颜师古，曾任我的文学侍从，此次也从中书舍人右迁为中书侍郎，备位中书省副相。长孙安业乃是长孙无忌的兄长，侯君集、段志玄、张公瑾也都是秦府部将，常年随我征战，也都在玄武门之变中立下功勋，自然要充实到禁卫部队中去。李客师乃是李靖的弟弟，虽然李靖在我夺嫡前后保持中立，然而他在关键的时候，知道什么事该做，什么事不该做，故而我还会在不久的将来重用他，也包括他的兄弟。
在这些直接关系我安全的禁卫将领中，唯一一个看上去不那么和谐的，便是玄武门事变中曾会师与我鏖战的右领军将军——薛万彻。不过经过一段时间的考察，我可以确信，他已经完全效忠于我，再加上其才难得，故而也把他放入禁卫军序列中去，以示宠任。
大量的新鲜血液补充进来，亟待解决的便是原来老臣子们的出路问题。除开萧瑀之外，封德彝也是少有的受到重用之人。他原为隋朝旧臣，后来降唐，被我父皇任命为内史侍郎，也就是中书侍郎。他很早就跟随我平定东都洛阳，此后一直在天策府中任司马一职。后来萧瑀在父皇面前举荐他为中书令，一跃而成为宰相之一。说起来，他也算是秦府旧臣之一。在我和建成斗争得最为激烈之时，他还多次为我出谋划策，劝我早日夺取皇位。正因为如此，我对其倚重有加，特意保留了他的相位。
只是当时的我，却怎么也想不到，这位看上去热情忠厚的封德彝，竟然是一个左右逢源、深深潜伏在我身边的卑鄙小人。他的存在，几乎使得我一败涂地。这是后话，暂且按下不表。
另一个让我感到既憎恶又棘手的人物，便是裴寂。说句公道话，太原起兵，他确实功不可没。然而我最信任的入幕之宾刘文静，却是死在他的手上。况且此人长期以来身为大唐的首席重臣，却只知阿谀承旨。我真想把他一脚踢出权力的中枢，有多远，去多远！
然而，我却不能这样做。
裴寂毕竟是我父皇亲信，威望尊崇无比。若是无故动了他，必然会引起朝野的疑虑不安，更加糟糕的是，多心的人还可能会怀疑我和父皇的关系，影响实在不好。
苍蝇，讨厌却无足轻重，然而一只落到瓷瓶上的苍蝇，就不得不逼着你与它正眼相视了。
之所以不得不正眼相视，是因为它玷污了瓷瓶的光洁，使我所想要的东西不再那么完美。但同时你又必须费尽心思来考虑该怎么对付它，毕竟，拍又拍不得，打又打不得。
出乎许多人的意料，裴寂，留在了相位上，同时还被给予了更多的尊崇和荣耀。毕竟，到时在高祖的禅位大典上，没有人可以取代他的工作。没有人能具有他那样的象征意义。
此外被留用的老宰相还有陈树达，虽然平时关系要疏远一些，但他一直旗帜鲜明地站在我这一边。且不论其政绩和能力，就冲着这份功劳，我也不能在即位之初便让人家下不了台。父皇一朝唯一被罢相的只有出身隋朝宗室的杨仁恭，他由吏部尚书兼中书令调任为雍州牧。
杨仁恭这个人，无论是在旧朝还是新朝，其政绩和武功都十分突出，而且也一贯在我和太子的斗争中保持中立，为何一定要换掉他，大家众说纷纭。流传得最多的一种说法是：他的侄女乃是齐王元吉的王妃，此次自然要受到株连。
