中国独特的环境常常令事物丧失本来面目，衍生出诸多变相。众所周知，在一个充分竞争的市场当中，价格会随供给关系上下波动。但中国铁路属于国营，本不存在竞争，在供不应求的情况下，要满足低收入者的需求，只能动用政策调控，而不以市场手段解决，这使得中国的市场经济看起来有些似是而非。作为市场经济不遗余力的推行者，吴敬琏自然深知这其中的微妙，但正如李鸿章所言，一代人只能做一代人的事，吴敬琏无法突破的局限性，只能留待后人解决。
然而，一波未平一波又起，性格直率的吴敬琏很快又莫名其妙地陷入“间谍门”的旋涡当中。
危机的源头是一条手机短信：吴敬琏涉嫌出卖国家情报，已经被有关部门以间谍罪隔离审查。吴敬琏涉嫌将一些机密材料泄露给为某国服务的女性友人，这则消息最先在京城媒体人士中间四处流传，引起一番热闹。随着海外媒体的介入，这一消息引发热烈讨论和丰富联想。有媒体将此事与另一起财经事件联系在一起。8月19日，摩根大通中国区首席经济学家龚方雄忽然对外透露，中央政府正在研究“出资2000亿~4000亿元人民币刺激经济”。这一消息导致第二天上证股指大涨7。7%，摩根由此获利不菲。而坊间猜测，龚方龙消息的来源是吴敬琏。
处于风暴中心的吴敬琏对流言飞语早已习以为常。实际上，在他被“带走”的传言爆发之际，他刚参加完国务院信息化专家咨询委员会的办公会议，从外地赶回北京，对这则无中生有的谣言不屑一顾。
8月29日下午，吴敬琏任职的国务院发展研究中心在官方网站的首页刊出声明称：吴敬琏教授目前工作及生活一切正常，并将于2008年8月30日如期出席相关学术会议。第二天，吴敬琏出现在北京顺义的中国改革开放30年经济论坛上，他的主题发言是：中国改革向何处去：市场经济，还是重商主义？由此，平地生起的风波才逐渐平息。
沸沸扬扬的“间谍门”令尊敬吴敬琏的人为他捏了一把汗。有人认为，吴敬琏积极倡导市场经济，引起反对者不满。也有人认为，吴敬琏近年来大声指责权贵资本，为中小股民代言，触犯了一部分人的利益，因此遭此报复。对此，吴敬琏夫人周南说：“他说不能违背良心，说一些奉承、迎合的话，所以可能得罪了一些人，这种可能性是有的。”因此，有人善意地提醒他避一避风头，但这个倔犟的学者很快又出现在上海的一个经济论坛上，阐述对金融危机的系统性看法。
危机往往让现实变得越发清晰。尽管中国经济在2009年曲线反弹，但沉疴犹在，恶疾难除。效率低下、污染严重的粗放的发展模式和腐败蔓延、贫富悬殊的分配格局越发凸显。吴敬琏忧心忡忡地指出，要尽量保持大部分中小企业能够继续运转，但根本问题还是要实现经济增长方式的转变。
吴敬琏仍在不遗余力地呼唤“法治化”，这很容易让人们想起前几年的他，以及更远时空下的那个少年……
