当然，人们对肯尼迪总统遇刺的疑问并不仅限于约翰逊总统所设置的小组公开的报告，还有联邦调查局。事件发生后，负责解剖肯尼迪遗体的海军医疗中心X光摄影师后来声称，他在给总统遗体拍照后，联邦调查局特工坚持亲自显影，同时拿走了胶卷和全部底片。他后来才发现，许多底片失踪了，用来摄影的胶片在拍摄完成后也被恶意地“曝光”了，剩下的只是一些模糊难辨的或是无关紧要的的照片。
这名摄影师提供的一张照片上，肯尼迪的尸体安静地躺在那里。他的脸部毫无损伤，眼睛睁着，嘴唇似乎还露出了微笑。曾在验尸时协助工作的达拉斯市的一名退休警官后来证明说，自己当时正站在肯尼迪的头部位置。在把肯尼迪的尸体抬上验尸台时，他的手曾接触到肯尼迪的头部，并发现总统的后头部被射穿，可脸部完整无伤。弹道学家认为这不可能，因为如果是卡尔卡诺6.5毫米步枪子弹击中的话，子弹射出的强大压力会让肯尼迪脸的右前侧变形甚至被轰碎。不过，那位退休警员并没有撒谎。于是，又有了另外的说法，凶手并不是从后面向肯尼迪开的枪，而是从前面将子弹射入总统头部的。有人将这颗子弹偷偷取了出来，并将弹道破坏，为的就是掩盖子弹真实的飞行方向，并且还设计了新的、轨迹经过肯尼迪头后部的弹道。
这在很多人看来简直是神话故事，可有人认为这种说法有一定的根据。于是，肯尼迪的尸体被二次解剖。这一次解剖更让人大跌眼镜。负责解剖尸体的军医说，总统头部的伤口大概有10毫米×20毫米，颅腔内空无一物，仿佛肯尼迪根本就没有长脑子一样。是谁偷走了肯尼迪的脑子呢？没有人知道，这些人在拍了照片后用海绵填塞了颅腔。然后，这些照片经过联邦调查局的手，送到了国家档案馆。可是在1966年10月，这些资料居然在档案馆突然消失了。有人认为是被人偷走了，也有人认为，联邦调查局根本就没有把那些照片放到档案馆。这些资料的消失，也就不能证明那位负责解剖尸体军医的话是真是假。
但在1992年，曾经参与过抢救总统的帕尔克林德医院的医生克林绍在他的著作《约翰·肯尼迪——打破沉默》中却披露了当时的情况。他与那位军医看到的情况一样，肯尼迪总统被送来抢救时整个大脑右半部都没有了，根据头的右部情况可以断定，子弹是从总统右边太阳穴几乎沿着切线打穿颅骨的，并损伤了头顶和后脑勺骨。
这位医生当时还检查出肯尼迪的喉结下部有第二处伤口，其入口似钢笔直径一般大小。凭借多年的从医经验，他可以确认，总统头部的两处伤口，是前面两次射击的结果。
在书中，他大惑不解的是，后来政府公布的总统尸体的照片上，肯尼迪的头部却被做了手脚，书中这样写道：“总统颅骨后部皮层被拉过来盖在伤口上，其右边约10厘米的伤口经过外科修整已并不明显，这很容易使人们相信子弹是从总统的背后射来的。”
疑点让人无法解释，也使很多人不敢来解释。当然，这还仅仅是肯尼迪刺杀案的一个小疑点，但这一疑点的被揭露，由此引发了后面更多与更大的疑点。根据联邦调查局的调查报告，被奥斯瓦尔德所枪杀的警察的凶手是一名长着黑色卷发的青年男子，而奥斯瓦尔德是栗色头发。
更让人感到疑惑的是，联邦调查局的报告说，奥斯瓦尔德杀害那名警察的手枪所射出的子弹与那名警察身上的子弹是一颗。可现场找到的一枚空弹壳与奥斯瓦尔德手枪的型号根本对不上。现场目击同事被杀的另外一名警察后来作证说，凶手的相貌与奥斯瓦尔德根本就有天壤之别。这个警察刚说完这样的话，几天后就在巡逻时被一颗子弹击中要害身亡。另外一位目击杀害那名警察的路人在后来的调查中说，凶手决不是奥斯瓦尔德。两天后，他被一个陌生人用手枪袭击头部导致重伤，而在以后的审讯中他坚决承认那个凶手就是奥斯瓦尔德。
一位叫罗杰·克雷格的现场目击者说，奥斯瓦尔德根本就不是一个人在战斗。他还发现奥斯瓦尔德的一名同伙，并且记住了他的相貌。但不久后，他遭到枪击，虽然这一次被他躲过，可12年后，他被闯进家中的几个陌生人用枪杀掉。一名报社的女记者曾到达拉斯监狱对枪杀奥斯瓦尔德的凶手杰克·鲁比进行采访，但不久后，她就在家暴死。杰克·鲁比于1967年1月患癌症在监狱中死亡。可临死前他曾说：入狱后，有人做了手脚，人为地使他患上了癌症。《达拉斯时代先驱报》的两名记者在杰克·鲁比枪杀奥斯瓦尔德之后，到杰克·鲁比家进行过调查采访。但不久，一名记者在自己的家中被枪杀；而另一名则因警察手枪“走火”而“误杀”。
肯尼迪刺杀案仿佛就是一个死神，把所有与它有关之人全都牵扯进来。但这个世界上没有死神，也就是说，这根本就不是一件如联邦调查局和那个调查小组所说的只是奥斯瓦尔德个人的精神病行为。
难道是FBI疏忽大意，把真正的凶手放掉了？
