皇帝在公务处理的过程中很少扮演动议者的角色，只有明朝的永乐、清朝的康熙和乾隆这样才气横溢、乾纲独断的皇帝属于例外。皇帝的作用通常是评判各省主管官员的行为，批准或者驳回，通过行使否决权以及官员的任免来影响事件的进程。这种独裁的功能，是通过周密划分等级的官僚体系和严密组织的相应机构来运作的，这是其他任何国家未曾有过的产物。它的运作受到来自上层的一定约束，主要取决于皇帝的个性，而在下层，它只有很小的实际权力来压迫百姓。莫尔斯说："共同采取东方模式统治人民的专制政治和官僚政治，具有民主政治的一些要素，这在社区生活与村庄生活中表现出来。"因此，皇帝在理论上具有绝对的权力，而实际上独裁的范围非常有限。
中央政府的行政部门划分为若干部司，主要如下：
内阁，实际上是皇帝的私人智囊团。内阁成员没有确定的名额，但很少超过5位，由一个60人的秘书班子担任助理。所有阁员都是在政府其他高位上任职的部长。他们每天早晨4点到6点面见皇帝。
大学士，在明朝是最高内阁，但是到了清朝，它成了名义内阁。成员限于6名，4名大学士，2名协办大学士，名额在满人和汉人中平均分配。大学士是授予汉人官员的最高官职。这个职位通常授予特别优秀的总督和钦差大臣，更像一个荣誉头衔，而非实际的权位。
六部，政府的主要行政部门，分别如下：
吏部：负责全国知县以上所有文官的任命。
户部：掌管所有财政收支，包括进献给皇帝的贡品贡金，以及中央政府控制下的收支。
礼部：负责安排皇帝参与的各种典礼和所有高级国典。
兵部：通过总督和巡抚控制省级军事力量和快递设施。该部对满人军事组织没有管辖权。
刑部：裁判罪案和效率低下、玩忽职守的官员。
工部：负责全国公共建筑的修建，但不管大型的水利工程、道路和桥梁。
1860年设立了总理衙门，处理外交事务，组织类型不同于六部。它是一个政府高官组成的委员会，这些官员都在政府中另外担任了握有实权的官职。通常若干大学士同时又是该衙门的成员。
理藩院：处理与蒙古、西藏的关系，直到1858年，还处理对俄事务。
都察院：这是中国政府一个行使极大权力的部门。它由一班高官组成，这些人惟一的职责就是批评别人和提交建议。所有总督都是都察院的编外成员，拥有副都御史的头衔，而各省巡抚则是监察御史。御史负责监视各部和首都的其他政府机关，而56位监察道员，则奉命监视各省的政府官员。从理论上说，他们享有批评皇帝的特权，并且敢于犯颜直谏。然而，事实上，为数不少的言官由于大胆批评而掉了脑袋。
