集体迫害一直继续到11月12日，估计有2万多犹太人被运往集中营。希特勒先后致信和打电话指示党卫军首领："应协调地采取决定性的措施，将犹太人问题一举永远解决。"
1939年1月29日，在庆祝纳粹党掌权６周年的大会上，希特勒向德国国会宣布：他向世界犹太人宣战。这也是自他上台以来首次挑开最终计划的面纱。而消灭犹太人的行动主要由党卫队头目和德国警察部队首领海因里希·希莱姆以及纳粹德国中央保安总局局长兼纳粹德国驻波希米亚一摩拉维亚总督莱因哈特·海德里希负责。
1941年7月31日，希特勒指示希莱姆"在组织上和财力上作好一切必要的准备，在欧洲的德国势力范围内，彻底解决犹太人问题"。随后，希特勒告诉参与"最终解决"的人员，屠杀时应尽量人道一点。因为"这是符合他的信念的。他是遵奉上帝旨意，扫除世界上的害人虫的。耶稣系犹太人所杀。因此，灭绝犹太人便是替耶稣报仇，无须引起良心上的痛苦。"
1941年12月10日和1942年1月20日，由莱因哈特·海德里希主持，在柏林召开了"最终解决"会议。与会的有德国东方部、空军计划处、内务部、司法部、外交部和党务部的代表等。会后，德国政府各部和党卫军的各主要办公室都得到了会议记录。
与此同时，"最终解决"的各项准备工作已渐趋完成，希姆莱的特别行动队也开始进行致命的荡涤。希特勒经常抽空过问"最终解决"，1942年2月下旬他在写给纳粹党的贺信中说："在战争的进程中，不管产生何种情况，也不管战争会持续多久，犹太种族的灭绝，将超越胜利本身。"
只是到了那年３月戈培尔才明白"最终解决"的确切意义。希特勒坦率地告诉他，犹太人必须从欧洲清洗净尽，"如果有必要，便使用最残暴的方法。"
到了1942年春季，已经在波兰建立起了6个屠杀中心，即特莱勃林卡、索比波尔、贝乌泽茨、卢布尔、库姆霍夫和奥斯维辛。这些杀人营地主要采用毒气屠杀犹太人。
1942年6月初，希姆莱下达书面命令，集体屠杀犹太人的暴行大规模地开始了。在灭绝营里，纳粹暴徒命令犹太人脱光衣服，把假肢、眼镜等贵重物品和钱交出来。女人和少女的头发全被剪下，"给潜艇人员做漂亮的拖鞋。"然后，男女老幼，赤条条的，被用鞭子列队赶进毒气室。一个党卫军士兵、用牧师讲道的口吻，向犹太人保证："你们只要深呼吸就行了。这可以加强肺的功能。吸氧是防止传染病的方法之一，是消毒的一种良方。"
很快，毒气室挤得水泄不通，大门被勉强关死了，毒气室里一团漆黑。25分钟之后，大多数人业已死亡，30分钟后，全部死去了。死者全都笔挺挺地站着，"像玄武岩柱子似的，因为连倒地或倾斜的空间都没有。各家人都手拉着手，死后仍然拉着。"然而，恐怖仍在继续，一群工人用铁钩将死者的嘴巴撬开找金牙，甚至在肛门里或阴道里寻找珠宝首饰。
也有一些集中营采用枪杀来集体屠杀犹太人。执行枪杀任务的有德国第65刑警营、第25警察团和第101刑警营等。其中第101刑警营从1939年到1944年一直在波兰屠杀犹太人，因为杀人如麻，而获得了"杀人魔王"的臭名。
第101刑警营有3个连，大约550人，配备轻武器，每个连只有4挺机枪。营长是威兼·特拉普少校。他们属于预备役人员，大部分人年龄偏大，平均为36.5岁。官兵主要来自中层阶级，大部分是在城市环境中长大的。只有179人是纳粹党员，占32.5%。
1942年6月20日，第101刑警营奉命第三次到波兰执行屠杀犹太人的任务。在乔泽福夫犹太人聚居区，德国兵两三人一组，逐家搜查，犹太老人、小孩和有病的人被就地枪决，打死在街道上、房间里和床上。能够行动的犹太人被分批运送到乔泽福夫郊区的森林里。在森林中，德国兵端着枪，瞄准犹太人的后脑勺，搬动扳机，看着此人倒在地上，抽动一下，便不再动了。德国军士本特海姆回忆说："枪打得太猛，整个后脑勺都被掀掉，血、肉和碎骨头全都溅在射手的身上"。
