跟此人密切相关的另外一件重要的事是基洛夫被刺这件案子。不管是不是斯大林主谋，但是直接参与这件案子的的确是亚戈达本人。
1934年10月15日，也就是谋杀基洛夫之前的一个半月，尼古拉耶夫在红霞大街上的基洛夫家旁边被拘捕。此人被捕之后，内务人民委员部列宁格勒局政府保卫处处长讯问并搜查了他。但是，让人不能理解的是尼古拉耶夫又被放了，要知道在那个时候时局很紧张，任何一个可疑的人都是危险的，尼古拉耶夫被抓起来又被释放本身就非常可疑，况且抓住他的时候，他手中还有枪。内务人民委员部此时正是亚戈达管理，因此尼古拉耶夫第一次被抓然后释放是经过亚戈达本人点头的。尼古拉耶夫本人的确有点神经质，正是由于他的神经质，所以被亚戈达利用这种可能也是存在的。
但是这样一个精神有问题的人被选中作为谋杀基洛夫的人选，显然有不合理的地方。尼古拉耶夫本人跟基洛夫到底有什么关系呢？据一些文献资料表明，尼古拉耶夫有一位漂亮的妻子，而基洛夫本人又很有魅力，所以尼古拉耶夫极有可能是听到了一些难听的话，比如基洛夫可能跟他妻子有染之类的。但是这些只是后来人的猜测，如果基洛夫遇刺这件事情有更深的背景，那么这些被渲染得有声有色的资料有可能是捏造的。
基洛夫事发之后，亚戈达很快介入到这件案子中，他下令要搜捕隐藏的白卫军分子。但是斯大林已经作出了另外的决定，并命令亚戈达不要浪费时间。斯大林说：“要不然我打你耳光。”他经常这样与国家安全机关领导人讲话，动不动就说“我打你耳光”。 亚戈达当然知道这句话的含义，他很快向斯大林汇报了调查结果，他的调查结果显示基洛夫被刺杀是由托洛茨基及其反对派策划的。
斯大林支持这一结果，因为这样有利于他清除异己，于是斯大林开始了他的“大清洗”。基洛夫死后十天，斯大林写了一篇名为“残暴杀害基洛夫同志事件”的信给政治局委员们。这对于亚戈达所领导的组织来说，他们的指导思想是，加快审理涉嫌参与恐怖活动的案件，不接受有关此类案件的赦免请求书，立即处决被判处极刑的人。这样一来国家安全机关的工作流程也简化了，说白了，这个时候可以说是想抓谁就抓谁，想杀谁就杀谁，恐怖的气氛已经来了。
起初特别会议有权不经审判就把被认定有社会危害的人流放5年或送劳改营5年，把外国公民驱逐出境。到1937年，特别会议获得了把被控属于托洛茨基右翼组织、间谍和破坏活动组织、恐怖主义组织的人以及被判极刑者的家庭成员送劳改营8年的权力。从1941年11月17日起，特别会议已经可以作出直至死刑的任何判决。他们的权力越来越大，手段也越来越残忍。
