1．海军特种作战司令部
1988年，直属海军部的海军特种作战司令部宣告成立，负责统一指挥海军所有现役和后备役特种部队。海军特种作战司令部设在加利福尼亚的科罗拉多，主要由以下部队组成：
（1）海陆空三栖作战部队（SEAL）
这支部队也就是人们通常所说的“海豹”突击队，它主要用来执行海上特别行动，如进行秘密地区或水上侦察，在海上、海滨、河道直接参与行动，服务于联合作战或舰队行动。因为它的多重行动能力，所以往往被要求执行一些秘密的行动，或深入大型部队无法到达的区域进行活动。由于拥有高性能的精良武器，“海豹”突击队总是能以出人意料的速度，在敌人尚未发现他们行踪的情况下，能够战胜几倍于己的敌人。该部队训练要求极高，既包括体能训练，也包括心理训练，突击队中的作战“蛙人”被认为是全世界最优秀的军人。
“海豹”突击队可以单独行动，也可以和其他陆地、两栖作战队等部队进行联合行动。“海豹”突击队具有一流的反应能力，他们能够在72个小时内，到达世界上任何一个地方参与行动。
（2）“海豹”部队运送队
运送队是“海豹”部队中的一支特别部队，负责驾驶、维护部队的运输装备，队员都有潜水能力，可以执行秘密侦察、直接行动以及把作战人员转送到指定的海域的任务，他们也能利用经过改造的潜水艇，转送突击队员或其他经过特别训练的部队。该部队具有世界上最隐秘的转送能力。
（3）“海豹”第六突击队
1980年10月组建的“海豹”第六突击队，它是专司海上反恐的特种部队，它成立之后，早期的一支反恐部队“别动六队”随之解散。
（4）特别艇中队及其作战单位
特别艇中队及其作战单位由经过特别训练的海军人员组成，他们的任务是维护用来执行特种任务的船、艇，在海岸或河道进行间接行动、配合海军或联合特别行动。这是美国海军部队中唯一能在河上执行任务的部队。
