南军的火器部队，继白沟河之战后，又一次因逆风而失败。而利用风向击败敌人似乎已经成为了燕军的专利，他们总是一而再、再而三地利用这招来打击敌人，过不了多久，又在同年闰三月进军滹沱河与南军吴杰部作战时，再次乘大风扬起之机而进攻获胜。
当时两军相遇于藁城，南军这次不再依赖那些只有正面坚固，而两翼及背后虚弱的横阵，因为那些阵往往被对手用迂回行军的方式从虚弱处突破，他们吸取了教训，在战场上布下了一个方阵。所谓方阵，是将精兵利器平均分布于四面的阵。方阵似乎没有虚弱的侧后，每一面都是坚固的正面。
但是这个方阵在未交战之前却遭到了朱棣的嘲讽，他认为方阵四面受敌，岂能致胜？这样的阵只要一隅被突破，其它的三面必然解体！话虽然说得漂亮，可是能否真的破阵那只有天知道了。
上天帮了朱棣的忙，又一次括起了东北风，燕军抢先在东北方向布阵，而南军的方阵则摆在西南的逆风方向。
朱棣在进攻时广布疑兵牵制南军方阵的三面，而集中主力攻击方阵的东北隅，他率数百骑抢先突入，配合主力顺着东北风破阵，斩首六万余具，再奏凯歌。
燕军与南军反复拉锯，战火也从北方蔓延到南方。1402年（建文四年），朱棣以破釜沉舟的气慨，毅然率主力长途奔袭，南下攻占扬州，从瓜州渡过长江，经镇江包围了京城南京，南京守将李景隆大开城门而降，燕军入城，建文帝从此活生生地从人间消失，下落不明。
朱棣进京，杀掉了被称之为“奸臣”的齐泰、黄子澄、方孝孺等人，便正式称帝，改年号为“永乐”，史称明成祖（又叫明太宗）。他即位之后，表面继续拥护父亲朱元璋定下的分封诸王制度，暗中却不断削弱诸王的军事力量，例如陆续将分封在各个战略要地的藩王们迁入内地，削弱诸王参与军事行动的权力等等，目的是尽量杜绝诸王反抗中央政府事件的发生。然而，只要分封制度仍然存在，就必然存在藩王伺机背叛的隐患。
