20世纪30年代，蒋梦麟任北大校长后，勉力将代校长时期和任总务长时期的发展学校愿望逐渐落实。抗战初期，他为长沙临大和西南联大奔走，不以为苦。西南联大在昆明安定后，蒋为常委之一，虽不常在昆明，为联大及北大之事思虑，实未尝稍歇。在联大这种三校合办情况下，蒋自认与实现其教育理想有距离，因而也有苦闷。他1943年写信对胡适说：“联大苦撑五载，一切缘轨而行，吾辈自觉不满，而国中青年仍视为学府北辰，盛名之下，难副其实。图书缺乏，生活困苦（物价较战前涨百倍以上），在此情形之下，其退步非人力所可阻止。弟则欲求联大之成功，故不惜牺牲一切，但精神上之不痛快总觉难免，有时不免痛责兄与雪艇（即王世杰）、孟真（即傅斯年）之创联大之议。数月前在渝，孟真责我不管联大大事。我说：‘不管者管也，我发恨时很想把你们三人，一人一棍打死。’”
蒋对联大现状不满，是特殊情形下的思想，因为他认为教育需要好的环境。他曾说过：“教训青年的地方，是在山林花草、鸟鸣虫嘶的天然景内，不在臭虫跳蚤的囹圄内。”所以他把北大的发展寄托于抗战的胜利，并老早地在1942年就酝酿战后北大的办学方针。1943年1月在给胡适的信中，他和盘托出了将来北大办学的设想。主要有以下几点：
一、方针：以北大之向来一贯政策，并蔡先生治学立身之精神为基础，战后在北平创立一文史与自然科学之中心，以社会科学与应用科学附之，而尤以文史为中心之中心；
二、外国文：凡学生无论习何科，必通一外国语，而习国文者尤所必备……
三、群性、个性均加以适当之训练；
四、学科程度当加以严格之训练，以期一般程度之提高，不及格者饬令留级或退学；
五、请美国大学在北大设讲座，并准派学生数人留学美国大学，而给以奖学金（Scholarship）……
从这个既继承北大固有历史，又企图补北大以前之失的设想，可见蒋对北大发展，见地之深远，心情之迫切。
“王杨卢骆当时体，轻薄为文哂未休。尔曹身与名俱灭，不废江河万古流。”后来的某些人对蒋梦麟的评价很是苛刻，对于他请回胡适、制定北大规章、与国民政府的关系、与中华教育基金会的合作、反对学生运动等，多有指责，认为他抛弃了蔡元培的“思想自由、兼容并包”，执行了国民党的教育方针，压制学生爱国运动，是个圆滑的政客，口头标榜民主而实际在北大推行专制统治等。如果我们抛开有色眼镜，平心而论，这样的评价实在有失偏颇。首先的问题是，在那个时代要不要教育？回答当然是要。既然是要，便不能脱离当时的社会实际去奢谈教育。蒋梦麟与蔡元培同样热爱北京大学，他曾说过“最大的愿望就是把北大建成为全国最高学术中心”。他还在北大31周年纪念时题词写道：“你是青年的慈母，我祝你永远健康生存。”他不是一个政客，因为他没有像后来的刘哲之流一样把北大作为做官的资本去瞎折腾，他只不过在处理教育与政治关系的合作与不合作两种选择中，采取了与蔡元培的不合作主义相反的态度。对于北大来说，合作也许更利于它的存在。而且蒋梦麟至少还没有把北大变成培养国民党党棍的工具，这就够了。对于学生运动，从蔡元培要求学生“读书不忘救国，救国不忘读书”的观点看来，在那个时代，救国对学生和校长都是一个两难的问题。如果我们承认在救国问题上革命家和教育家的责任有不同，如果我们承认在革命没有胜利之前还要培养一些科学文化人才，那么，在校言校，在教育言教育，有时分析问题还不能不如此。至于利用中华教育基金会的“庚子赔款”，我们就把他当作与张伯苓接受军阀捐款办教育一样，“鲜花也要臭大粪浇啊！”
