胡仁源任校长期间，对北大各学科进行了整顿，还聘请了一批着名人物入校任教，如陈黻宸、黄侃、马裕藻、沈尹默、沈兼士、钱玄同、辜鸿铭、朱希祖、陈汉章、冯祖苟、俞同奎、胡溶济、张大椿、陶孟和、温宗禹、夏元瑮、马叙伦、张辉曾等。他们中有的是声名显赫的前清遗老遗少，有的则是刚从国外留学归来的饱学之士。新教员的引入，使北大的学风，尤其是文科学风发生了一些重大变化。由于北大学生日增，教学生活用房困难。1916年6月，经胡仁源与比利时仪品公司商洽，借款20万元，在原操场兴建红楼一栋。这就是后来的北大第一院，着名的沙滩红楼，中国新文化的发源地。
从京师大学堂到北京大学，它虽然在孙家鼐、严复和胡仁源等人的悉心呵护辛苦支撑之下，多次免遭胎死腹中、难产和停办之虞，但不过差强人意而已。辛亥革命前，京师大学堂办了10余年，并没有培养出多少人才，清廷当局都自认其水平太低，更不用说外国人视之为蒙养学堂了。辛亥革命后，学校的名称改了，但本质上没有发生根本变化，由于北洋军阀统治时期不良风气的影响，北大的名声臭到了极点，几近于不可救药。
首先是封建衙门习气浓重。按照1903年的癸卯学制规定，京师大学堂毕业生可以授予进士头衔并奖励翰林院编修、检讨等官职。因此，大学堂便在当时成了各种失意官员、举贡生监寻求出身的好地方。仕学馆、进士馆的学生，均带有听差。每到上课时间，各房中便响起一片听差“请大人上课”的声音，然后由听差把纸墨笔砚及茶水、烟具送到讲堂。下课了，听差又来“请大人回寓”，学生大人拍拍屁股便走，听差收拾杂物在后。上起体育课来就更热闹了，操场上时不时传来“大人，向左转”、“大人，向右转”的喊声。浙江象山人陈汉章，是一名老举人，以博学闻名于世。京师大学堂因他名头很响，便聘请他做大学堂的教习。但老先生到校以后，得知大学堂毕业可以授进士、奖励翰林头衔，于是甘愿做学生而不做教习，以取一翰林慰平生。他在马神庙公主府梳妆楼上的大学藏书室里苦苦用功6年后，眼看就要毕业，辛亥革命却爆发了，翰林自然也泡了汤。不过这6年也没有白费，陈老先生学问大进，成为朴学大家。可以说北大前身京师大学堂培养的就是封建官僚，因而官场习气在学生和教师中蔓延，学堂更像是衙门。民国初年的北京大学，仍然是衙门气十足，没有多少学术氛围。有的教师不学无术，进大学教书只不过为做官准备；有的教师干脆就是清末旧官僚或北洋政府的官僚，学问不大，派头却不小。如沈尹默记述的，他初入北大任教时，有一预科教地理的桂蔚丞老先生，每上课时，均有一听差挟一地图、捧一壶茶和一只水烟袋跟随上讲堂，置之于讲台上，然后退出，下课照送如仪。这位老先生还经常在上课时对学生留一手，教科书、参考书和讲义对学生是保密的，绝对不允借阅。
学生也以读书求功名利禄为目的，仍然是“书中自有颜如玉，书中自有黄金屋”的思想。虽然取消了科举，一般学生认为学校毕业相当于科举的举人、进士资格，以毕业后做官为目标。由于有做官发财思想，学生从预科毕业后，多入法科，入文科者甚少，入理科者更少，因为最后总是做官，不如入法科，学一点政治、法律，比较吃香。据统计，1917年底，北大法科的本科和预科在校学生841人，文科学生418人，理科学生422人，工科学生只有80人。读法科的学生是文、理科的总和，是工科的10倍多。以至于北大为招收文科学生，不得不降格以求，报考文科可以不要预科毕业文凭，只要有同等学力即可。学生入北大后，从法科改文科，随便；从文科改法科，对不起，不准。
