当历史迈着蹒跚脚步走近19世纪末，饱尝内忧外患的中国人，似乎更得到了灾难之神的垂青和腥风血雨的洗礼。甲午海战硝烟乍散，戊戌变法喋血未干，义和拳民又鼓噪登场，紧接着八国联军雄赳赳气昂昂开进了紫禁城。《辛丑条约》的签字笔像一把利剑戳在懦弱无能的清王朝心窝子里，庚子赔款更像是要榨尽中国人的最后一滴血汗。风雨飘摇中的老大帝国再也无法一叶障目自欺欺人。慈禧太后老佛爷一大家子凄凄惶惶“西狩”归来，尽管对改革变法一百个不愿意，也不得不痛下决心，宣布实行“新政”。新政最重要的内容之一，便是教育制度的改革，废科举办新学。
我们的老祖宗不仅给我们留下了足可永远炫耀于世界的“四大发明”，也给我们留下了一套很完备的传统教育体系。薪尽火传，我们的民族文化正是借助于这套教育体系得以代代相传。但到了隋、唐之后，它却逐渐与科举制度结合起来并受其制约，正像今天的中小学教育之完全听命于高考指挥棒。到了明、清时代，无论是公立学堂还是私立学堂，几乎都成了科举的附庸。人才的培养就像流水线作业一样简单。读经应考，更像玩傻瓜相机，把生员士子，都训练成了应付科举考试的机器。正如鲁迅所说，八股文原是蠢笨的产物，“一来，是考官嫌麻烦；二来，连应试的人也觉得又省力，又不费事了”。这样培养选拔出来的“人才”基本上不懂国计民生、社会现实，更无论东洋、西洋和其他国际大事了。
所以，当1840年英国人的洋枪洋炮打进来时，偌大一个大清帝国，竟找不到一个可以领兵御敌出谋划策之人，连最得时誉和史誉的林则徐，对外往来活动中，有时也会说出令人啼笑皆非的糊涂话。鸦片战争及其以后一系列的失败，与其说是科学技术不如人、社会制度不如人，毋宁说是教育不如人。因为只有教育才能造就人才。远远落后于历史进程的教育，怎么能培养出跟得上、更毋庸说推动历史前进的人才？
面对教育制度严重滞后的现实，一些最先睁眼看世界的仁人志士忧心如焚，痛彻骨髓，纷纷建言建策，奔走呼号。各种教育改革的主张和实践，汇合成为康有为、梁启超为代表的戊戌维新运动的一个重要内容，演变成废科举、兴学校的改革措施。
1896年6月，梁启超捉笔代刀替刑部左侍郎李端棻起草上了一道着名的《请推广学校折》，该奏折第一次明确提出在京师设立大学堂的建议。挂名皇上光绪帝此时正与垂帘听政的老佛爷赌气想有所作为，看到奏折后兴奋异常，即朱批总理衙门处理。但总理衙门却哭穷不出钱，筹建大学堂之事遂即搁浅。
1898年6月11日，光绪帝颁布《明定国是诏》，宣布变法维新。诏书中特别指出：“京师大学堂为行省之倡，尤应首先举办。着军机大臣、总理各国事务王大臣，会同妥速议奏。”
1898年7月3日，光绪皇帝批准总理衙门的奏议，准许设立京师大学堂，命孙家鼐为管理大学堂事务大臣，并将官书局和译书局并入大学堂，由管学大臣督率办理。
