由于太平洋战区没有尼米兹司令的海军，麦克阿瑟认为：“美国作战参谋部最错误的决定是没有统一指挥太平洋战区。”中、英、美、苏等盟军经过中途岛、瓜达尔卡纳尔几大战役后，由被动的战略防御转向主动的战略进攻。
日军在中途岛战役失败后，在新几内亚布置了大量的兵力，企图占领米恩湾，再夺取莫尔斯比港。麦克阿瑟针对日军的目的，制订出越岛作战计划：“应用越岛作战就是避免正面攻击时的大量伤亡；切断补给线，使他们人没有吃的，大炮没有炮弹，汽车没有汽油；把日军困死、饿死在战场上？？这就是我拟定的越岛作战计划的指导思想。”麦克阿瑟强调，盟军必须同时在瓜达尔卡纳尔和巴布亚两地发动进攻，以保卫所罗门群岛、新几内亚东北部，还可以随时集中优势兵力占领拉包尔。盟军采用了越岛战术，也实现了以上的作战计划。
1944年春夏，盟军已经攻克太平洋上的许多群岛。但麦克阿瑟与尼米兹两员大将在此期间就太平洋战争的战略问题意见相左。麦克阿瑟主张先发起以新几内亚、哈尔马赫拉、棉兰老为轴心的战役，再去打击菲律宾的日军；尼米兹主张先进攻棉兰老空军基地，之后孤立吕宋岛的日军，再消灭中国台湾及中国沿海的日军，这样可以直接打到日本去，大大缩短战争进程。二人分别得到陆军参谋长马歇尔和海军作战部长金的支持。最后，罗斯福总统支持麦克阿瑟的作战计划。
麦克阿瑟指挥美国部队进行登陆菲律宾战役。莱特岛战役胜利之后，麦克阿瑟在菲律宾总统的陪同下，在广播公司发表了震撼人心的演讲：“菲律宾人民，我，美国陆军五星上将道格拉斯·麦克阿瑟回来了！”他号召大家为了死去的亲兄弟和亲人，更为了子孙，要继续战斗，夺取正义的胜利！
1945年1月，英美盟军在马尼拉的仁牙因湾登陆，之后又开始在巴丹半岛进攻山下奉文所部日军。盟军直到3月底才攻克马尼拉、巴丹半岛、科雷吉多尔。山下奉文顽抗至9月才率部投降。
1945年4月，麦克阿瑟升任太平洋战区总司令，统一指挥美国所有陆军部队的作战。
1945年8月15日，美国在日本长崎、广岛投放“胖子”和“小男孩”两颗原子弹后，日本宣布无条件投降，杜鲁门总统任命麦克阿瑟为驻日盟军最高司令。9月2日，盟国在密苏里号军舰上举行受降仪式。8时43分，麦克阿瑟登上密苏里号军舰，军乐队奏《陆军上将进行曲》，陆军上将将旗在乐曲中升了起来，他跟尼米兹握了握手。8时56分，美国兰斯多恩号巡逻舰接到指令，将日本投降的代表--日本的外交大臣重光葵送上密苏里号战列舰。日方还有海军军令部作战部部长富冈定俊，陆军参谋总长梅津美治郎代表日本军队签字投降。他们站到2号甲板之后，军舰上响起美国国歌《星条旗永不落》，国歌奏完之后，麦克阿瑟、尼米兹走到桌前，麦克阿瑟开始讲话：“日本帝国政府和日本皇军代表前来签字！”日本外相重光葵和参谋总长梅津美次郎代表日方签署投降书。
麦克阿瑟代表盟国签字受降，中、英、美、苏等盟国代表亦先后签字。麦克阿瑟在签字受降时，特意安排曾被日军俘虏过的两位战将--美国将军温赖特和英国将军珀西瓦尔--站在身后的荣誉位置。签字仪式正式开始。有意思的是，他用了5支派克金笔签字：第一支笔签了“道格”两字，送给站在身后的美军中将温赖特；第二支笔接着写了“拉斯”，送给英军司令珀西瓦尔；第三支写了“麦克阿瑟”就收起来，送给美国政府档案馆；第四支笔签了职务“盟军最高统帅”，送给西点军校；第五支笔签了年月日后，送给妻子。
