日本有一种独特的以“商社”为中心的物流网络。整个物流系统网络以商社为主体，以大中城市为依托，加上规模不同的代理店、特约店、零售店以及生产企业、工业公司的销售网络，形成了一个多层次的、大中小并举的庞大的网络型系统。商社在整个联合体中植入了统一的管理模式，让整个联合体密不可分，而联合体之间相互依存、相互支持，却并不存在纵向的行政领导关系。
综合商社特别强调对全球资源的控制力，并不断推进对物流领域的渗透。综合商社在海外获取资源，在整合产业链的过程中更多的资本投放在对生产企业的上游原料物流和下游产品的销售代理权中，日本大企业通过综合商社（综合商社对产业链的各个环节的企业采用小额入股）“小资本+大物流”的方式被组织在一起。这种“只服务不控股”（控股主要由日本的生产型企业来做）的方式更易于形成长期稳定的合作关系，而且又把经营风险降到了最低。
对于商社来说，商社统一负责产销，可以集中订货，解决用户资金周转上的困难，还可以发挥信息功能和市场预测功能，协调不同厂家、不同运距的产品价格。据统计，日本钢材总销量的97%都是通过商社销售的，生产厂家倚重商社，源于生产与流通专业化分工明确、物资流通高度社会化的模式。
日本人经常把分销渠道比作河流，制造商位于上游，零售商居于下游。制造商通过与下游零售商的整合形成先进的物流系统。商社积极地推动了产业链之间的事业合作与整合，实现了实时物流的顺畅，这才使得实时生产发挥出作用，使得JIT成为可能。
中国有个“桔化为枳”的古谚，桔原生淮南，果实甘美，但一旦移植到淮河以北，则变成了枳。枝叶如旧但果味酸苦，不能再作食用。这个谚语给我们提供了不能生搬硬套的教训。世界上的很多事物，都有其自身特殊的生存规律与条件，离开了这些特殊的规律与条件，就会变得面目全非。很多企业不了解深层次的原因而照搬丰田生产方式，其结果当然是东施效颦，最后落得四不像了。
在商社的参与下，零配件厂商和生产企业的关系是一种长期的、稳定的合作关系，是一种特殊的契约关系。一个零配件厂商的绝大部分产出都供应给一个或两个主要的生产企业，而主要的生产企业一般会在供应商那里拥有一定的股份和指挥权。由于在长期交易关系中居于支配地位，大企业可以要求协作企业采用“最佳时态”供货制，通过适时适量供应零部件来降低库存，提高有效开工率。
而对于经销商，生产企业对其的影响也十分深入，他会对全体经销商进行教育培训，根据市场反馈的信息，对经销商的促销政策和经营上的问题给以适当指导，以提高销售效率，如商品知识指导、推销员培训、经营管理或财务指导、店铺设计、广告发布指导等，并从人员和技术上协助他们进行销售和售后服务。不景气的时期，还可以通过协商，共同承担利润，减少危机的负面影响，形成一种风险共担，利益共享的关系。
商社除扮演产业链合作的“联结者”角色外，还很注重物流服务，并建立起了一套成熟的物流服务体系。
对于制造型企业来说，将企业的物流职能从其生产职能中剥离开来，能强化自身的物流管理，降低物流活动总成本，于是，商社就投资并帮助他们成立专业子公司或建立第三方物流企业来提供专门的物流服务。
早在1997年，三菱商事用日中合资的形式办了一家批发公司--上海良菱。良菱的企业客户有味素、麒麟啤酒、丘比特色拉油等三十几家厂家，上海的60家零售商（5500个店铺）和他们有业务关系。他们从厂家把商品运到中心，然后每天向各个店铺配送三次。管配送的卡车在规定的时间内，以不早于也不晚于30分钟的条件，把商品送到店铺。近几年，随着日本工厂遍布中国华南华北，为配合日本企业的运送需求，日本通运、伊藤忠商事、三井仓库、佐川急便等大型物流公司也在中国各地布下天罗地网。
为增加日本的货物物流进出口机会，日本商社还积极地建构了电子商务市场，并强化承包整个物流、货款支付、保险、审查等相关业务。三井物产「E-SOKO」、三井物产与伊藤忠商事的达康存货网络公司（Dot.com）、日棉公司的Cargo-Now是最典型的电子商务市场的具体事例。其中以住友商事、三菱商事、三井物产这三家公司为中心所设立的“物流联结日本（LogiLinkJapan）”，包罗求货、求车、求库等信息系统，将货物情报、空货车情报、空仓库情报均搜集至网际网络上，透过搜寻这些情报，提高货车的积载效率及仓库的使用效率。整体构建成一套成熟的“第四方物流”体系，它有机集成了货主企业、物流子公司、运送业、仓库业等。
其实，日本是最早建立起“第四方物流”体系的国家，目前已建成20个大规模的物流园区，平均占地约74万平方米。物流园区一般是多家物流（配送）中心空间上集中布局的场所，是具有一定规模和综合服务功能的物流集结点。园区将多个物流企业集中在一起，可以发挥整体优势和规模优势，实现物流企业的专业化和互补性。同时，这些企业还可共享一些基础设施和配套服务设施，降低运营成本和费用支出，获得规模效益。
如今，是一个全球化物流的时代，对于商社来说，机遇大于挑战，过去贸易业务所累积出来的网络和专门技术为它强悍的物流体系的推进打下了基础，在这种物流模式下，成功可以任意复制。
