最后汉口乐善堂竟然发展成以汉口乐善堂为中心，在湖南、四川、北京分别设有支部，具体由荒尾精、山内线、高桥谦、宗方小太郎负责的一个庞大间谍网。当时加入这一间谍组织的日本浪人从装束、发辫到语言都仿照中国人，以江湖各种职业为掩护，流窜于中国内地各省，包括北京、蒙古、伊犁、满洲、陕西、广东、广西、云南、贵州、新疆、西藏等地，其行踪几乎遍布中国全境。
随着队伍的壮大，汉口乐善堂的调查范围也渐渐扩大，涉及到中国各地气候风土、人情风俗、工商农业、交通金融、清朝兵制、被服粮秣等方面，所写的报告书--“对每一个村庄、每一条道路、每一座小丘甚至于水井，都标示得清清楚楚”。此外，汉口乐善堂还积极接触白莲教、哥老会、九龙会等民间社团，拉拢其中的立场不坚定分子，随时准备在中国境内掀起滔天巨浪。
就像一颗楔入的巨型钢钉，汉口乐善堂这个间谍机构牢牢固定在中国腹地，源源不断地向日本输送回大量情报。1890年4月，表现不俗的荒尾精回到日本汇报成果，将汉口乐善堂交于日本陆军参谋本部派来的大尉根津一接管。后来根津一将大堆的情报分类整理，汇成2编3册2300多页的《清国通商综览》，在1892年正式出版。这本书涉及到中国的政治、经济、文化、地理、交通等诸多方面，为日本后来的侵华活动提供了第一手资料。
回国后的荒尾精于1890年9月又带着从日本各地征召来的150名“头脑优秀、身体强健”的学生再度入境，在上海开办起了另一家日清贸易研究所。
日清贸易研究所的前身是东洋学馆，于1884年7月成立，“此学馆在上海设立的目的决不是造就普通的学者，而是教授汉语、英语，熟练地进行东洋贸易，培养实业家，争取最大的国家利益。支那是和日本关系重大、有无尽财源的大国，是日本国获取利益的最好的市场。从事这些，就要通汉语和东洋贸易以及必要的英语。”它背后的资助者也是岸田吟香，不过时运不济，成立一年后即因经费紧张关门大吉了。
荒尾精这次有备而来，因为工作出色，他得到了川上操六的首肯，还获得4万日元的特别经费。有了资金有了生源，日清贸易研究所很快就有声有色地开办起来。荒尾精自任所长，如有事外出时，所内事务则全部转由根津一处理。为了便于管理，他还将全部学员分为三个班，每班配备一名干事，分别由宗方小太郎、小山秋作和西村忠一担任，宗方小太郎还兼任学生监督；汉口乐善堂成员中西正树、山内岩、高桥谦、田锅安之助、片山敏彦、井深彦三郎等担任顾问或中国问题教师；中国人沈文藻和桂林讲授汉语；英国人阿斯托则讲授英语，此外还开设了商业地理、中国商业史、经济学、日汉文学等课程。修业年限为四年，前三年学习学科知识，最后一年则实习或实地考察。这样，它就与汉口乐善堂有了明显分工，汉口乐善堂的主要任务是搜集情报和侦察中国各地情况，日清贸易研究所则偏重培养训练军事间谍。
日清贸易研究所开学后没持续多久，就有几乎一半的学员因经费困难而中途离去。到了1893年，第一期89名学员还未毕业，中日关系已到一触即发之时，根津一开始发表讲话：“两国战局已经剑拔弩张，此战乃以富强自诩的清帝国为对手，对日本来说不容乐观。所幸者，诸君通晓支那语，又多少通晓支那之事，故希望诸君能够暗探敌军军情及其内情，以为皇国效力。”在教员的强力鼓动下，所有学员于5月份尽数分散隐匿，大多数都改扮成华侨或僧人，分别奔赴北京、天津、烟台、江苏、浙江、四川、福建、台湾等处。
甲午战争爆发前夕，他们或单一行动或三五成群，再扮成儒士、商人、僧人、乞丐等各类角色，四处刺探军情，其中史上记载的人物有向野坚一、山崎羔三郎、藤崎秀、大鹏熊、猪田正吉以及在上海法租界被捕的福原林平和楠内友次郎等。待到甲午战争爆发后，这批学员中有72人充任随军翻译，上了前线，日清贸易所的活动才算正式结束。
在中日近代战争的前期，汉口乐善堂与日清贸易研究所起到了巨大作用。从西乡隆盛发起对华间谍战到这两家间谍机构的楔入，日本间谍已从成功地探路者转变为渗透者，这不能不说是他们的一次胜利。
