仓央嘉措被废黜之后的命运可谓扑朔迷离、莫衷一是。官方报告称在押解赴京途中病死。不过，最新的考证越来越倾向于他其实并未病死。由于仓央嘉措作为达赖喇嘛的转世在藏区仍然深得人心，当时的西藏地方统治者和北京的清廷谁也不知道究竟应该怎么处置这样一位退位的达赖喇嘛——他们既不能冒加害于他的风险，也不能继续给他活佛的礼遇。
最后，受到康熙皇帝训斥的押解人员想出一个万全之策，请求仓央嘉措自遁而去。自此，仓央嘉措看破红尘云游四方，苦心修行。最后在阿拉善一带落脚弘法，而他自己也在走下佛坛之后真正悟道，成为一位真正的高僧大德。
《清圣祖实录》中记载：“（拉藏汗）陈奏假达赖喇嘛情由。授命护军统领席柱、学士舒兰为使，往封拉藏为翊法恭顺汗，令拘达赖喇嘛赴京。拉藏以为执送假达赖喇嘛则众喇嘛必至离散，不从。席柱等奏闻，上谕诸大臣曰：拉藏今虽不从，后必自执之来献。至是，驻扎西宁喇嘛商南多尔济果报拉藏起解假达赖喇嘛赴京，一如圣算，众皆惊异。”可见，对于如何处置仓央嘉措，拉藏汗的想法前后矛盾，而这正是当时西藏复杂的社会情势的反映。
根据《清圣祖实录· 卷二二七》记载：“康熙四十五年十二月庚戌，理藩院题‘驻扎西宁喇嘛商南多尔济报称，拉藏送来假达赖喇嘛，行至西宁口外病故。假达赖喇嘛行事悖乱，今既在途病故，应行文将其尸骸抛弃’，从之。” 魏源《圣武记》中《国朝绥服西藏记上》延续了这一说法：“（康熙）四十四年，第巴谋毒拉藏汗不遂，欲以兵逐之，拉藏汗集众讨诛第巴。诏封拉藏翊法恭顺汗??至是奏废第巴所立假达赖。诏执献京师，行至青海，病死。”
不过，根据有关专家的研究，这种官方的选择性记录和经过过滤的结论其实大有可疑之处。比如，康熙三十九年至四十五年间，西藏和清廷之间文书往来不绝，大事不断，但《清圣祖实录》的相关年份里均无记录，甚至康熙四十二年、四十三年和四十四年连续三年没有与西藏有关的任何记载。盖因这种御用史书倾向于记录官方愿意相信的事实，而不是历史事实，所以，真话往往为好听的话所取代，“仅仅依靠官修史书很难弄清历史真相”。
在民间及多部历史文献中，关于仓央嘉措并未在押解途中圆寂的说法也多有出现，比如有的就记载后世达赖喇嘛曾去五台山与他秘会等。但近来越来越多的人相信“遁去说”，即如《仓央嘉措传》所载，康熙皇帝醒悟到对仓央嘉措的处理将左右为难，于是派遣使臣训斥押解人员道：“尔等将此教主大驾迎来，将于何处住锡如何供养？实乃无用之辈。”众人惶恐，更无万全之策，只好恳求仓央嘉措自行遁去。此后，仓央嘉措周游印度、尼泊尔、康、藏、甘、青、蒙古、五台山、京城等地，最后于乾隆十一年（1746年）阴历四月初八逝于阿拉善旗朵买地区的一座蒙古营帐中，年寿64 岁。
比较权威的《西藏民族政教史》显然采信了这一说法。这本著作在相关章节中写道：“次因藏王佛海（即桑结嘉措，桑结是藏语佛的意思，嘉措是藏语海的意思）与蒙古拉桑王（拉藏汗）不睦，佛海遇害。康熙命钦使到藏调解办理，拉桑复以种种杂言谤毁，钦便无可如何，乃迎大师晋京请旨。行至青海地界时，皇上降旨责钦使办理不善，钦使进退维艰之时，大师乃舍弃名位，决然遁去，周游印度、尼泊尔、康、藏、甘、青、蒙古等处。宏法利生，事业无边。尔时钦差只好呈报圆寂，一场公案，乃告结束。”
关于仓央嘉措卒年的判断决定了对仓央嘉措后半生的踪迹的判断，这也是目前有关仓央嘉措研究最大的谜团之一。尽管历来有多种说法，但已经有越来越多的证据表明，这位广受爱戴的活佛并非如官方记载的那样短寿，而是在随后几十年的历经风霜中延续和升华了他的传奇。
