此后，灵童的一切生活均由曲吉、索朗坚参和两名朗生（佣人）服侍，他人不得接近，就连灵童的父母也不例外。
1688 年3 月7 日，仓央嘉措即将年满5 岁的时候，第巴桑结嘉措听取了索朗坚参关于灵童身体形态、言谈举止、神情观感等方面的情况汇报，“欢快异常，百感交集”，认定秘寻灵童成功。
3 月25 日， 桑结嘉措再次派人送了大批祜佑神像、净水、茶叶等礼物给新选定的灵童，并且安排人把专门供奉布达拉宫的精细糌粑以供神的名义定期定量送往灵童暂居地。至此，仓央嘉措正式被认定为五世达赖的转世灵童，开始接受严格、系统的教育。
1688 年10 月1 日，仓央嘉措正式启蒙，开始学习藏文30 个字母。教授他的老师都是由布达拉宫派出的最优秀的学者。根据有关对布达拉宫的汇报，灵童“聪明异常”，很多内容就像过去已经学习过一样。从1689 年开始，6岁的仓央嘉措开始同前世一样，自觉地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且表现出预测吉凶的能力。1690 年8 月5 日，第巴桑结嘉措派曲吉、珠坚林巴· 罗桑欧珠等学问精深的高僧担任经师，指导灵童正式闻习佛法。
1691 年2 月8 日，第巴桑结嘉措收到了灵童的亲笔信，报告其近况。随即，他回赠给灵童一批唐卡、哈达、佛祖释迦牟尼像、法王宗喀巴大师像、莲花生大师三尊像、制胜女神像及平常所用的7 副本尊护法神像等物。从此，幼小的仓央嘉措与第巴之间有了书信往来。 这一年的10 月2 日，仓央嘉措开始学习《内、外、别三种时轮》，背诵《九九表》，练习算术和粉板字。
自1692 年起，布达拉宫对小仓央嘉措的照顾更加周密，各种制作精美的各地风味食品、水果、衣服及用具等源源不断地从拉萨运来，而且逢年过节都有贺信和礼品。小仓央嘉措的学习也更加勤奋，他系统学习了五世达赖著的《菩提道次弟论讲义》、仁蚌巴著的《诗镜注释》、《除垢经》、《释迦百行传》等，并在此期间完成了《马头明王修行法》一文的撰写。
1695 年，12岁的仓央嘉措已经可以亲自主持隆重的供祭法事，祭奠众护法神。比如，这一年，他主持向护法神母进行了五次祭祀。
