据专家引述有关历史文献记载，1685年，仓央嘉措在家乡长到两岁的时候，第巴桑结嘉措秘密派曲吉卡热巴· 多伦多吉、多巴· 索朗查巴二人，授给前世殊胜尊者（指五世达赖）的佛珠等日常用具， 下令筹措随从、马骡等事，秘密寻觅灵童。这一秘密使命，对外宣谕是为了藏区幸福而去朝圣。后来，为了不致引发怀疑，第巴还特意指示秘密小组增加了一项更为贴近的名义：寻找另外两位活佛的转世灵童。
这一年的6 月5 日（藏历，下同），曲吉卡热巴· 多伦多吉等人从拉萨出发，开始秘密寻觅第五世达赖喇嘛的转世灵童。当寻访小组把仓央嘉措降生时的种种灵异征兆上报之后，第巴桑结嘉措立即下令封锁消息，并要求进一步秘密查证。寻访小组通过问卜，决定将灵童一家先
从乌金凌迁至没人认识他们的夏沃，并按照程序进行核实。
幼小的仓央嘉措被迎至夏沃后，第巴桑结嘉措派人携带五世达赖的遗物和印有吉祥太阳标志的哈达、砖茶、一匹象征成就诸事的绿色绸缎等物前往夏沃，对外则称是为了保护另一位活佛转世的灵童。有不少专家认为，仓央嘉措被选定为达赖喇嘛，固然与他出生时的种种奇异现象有关；同时，也与西藏地方政府重视和加强对门隅这一重要边境地区管理的需要不无关系。六世达赖喇嘛在门隅的秘密寻访和对仓央嘉措的认定，在客观上也加强了西藏地方政府对门隅的统治。
专家认为，门隅地处边疆，又是通往印度阿萨姆平原和连接不丹的传统商道，位置十分重要。正因为如此，五世达赖以及第巴桑结嘉措不断颁布法令、封文，派遣官吏，加强对门隅的统治。六世达赖喇嘛出于门隅，至少在客观上使后来的西藏地方政权不能不重视门隅，因门隅是六世达赖喇嘛的 故乡。
根据第巴桑结嘉措在其所著《金穗》一书中的记载，仓央嘉措出生时的种种奇异传到他耳边后，他曾多次秘密问卜，结果都是吉兆。于是他即指示对外以另外一个活佛转世灵童的名义把仓央嘉措迎请到外地，并在这一过程中“尽可能灵活机智、保守秘密”。
没想到，当时的官员曲解了桑结嘉措的意思，他们将仓央嘉措及其父母接走后，长期严密软禁起来。由此，有专家认为，仓央嘉措自小就生活在严厉的管束之下，经受孤独和枯燥的学经生活，这即为他日后青年时期的反叛埋下了伏笔。
12 月11 日，护送人员抵达夏沃后，向灵童的父亲转献谕旨和灵物。据称灵童看到五世达赖的遗物说:“这是我的印章，你们得福啦!”大家都十分惊异。除了桑结嘉措等人的回忆录，有一本《不尽智慧所指经藏》中的描写更是灵异：他（仓央嘉措）能回忆起前世的住地，在什么地方，是什么名字，种姓、家族、颜色、相貌，等等。他一开始说话就讲：“我不是小人物，而是三界的怙主，殊胜尊者阿旺罗桑嘉措，我是从拉萨布达拉来，所以要尽快回去了，久已把第巴和众多僧侣抛弃了，也应去见见了。”
为了慎重并能日后让众人信服，1686年4 月10 日，桑结嘉措又派曲吉卡热巴· 多伦多吉和多巴· 索朗坚参等人带着供辨认的真假物品、衣物用具、若干加持物、净水、茯茶以及“吉祥日哈达”等，再次前往夏沃认定转世灵童。有关文献记载，每次辨认遗物时，仓央嘉措都能准确无误地把真的物件挑选出来，并且连同进餐礼仪和抓糌粑的姿势他也同五世达赖一模一样，这使得前去辨认的曲吉和多巴等人十分信服。
