（四）推行新法，改革军事
袁世凯的军事改革，着眼于一个“新”字。
首先，主张聘请西师，按照西法编练新军：
今之夷氛远甚于昔之粤捻也，而欲制胜克敌，亟宜另行规制，参用西法，庶可巩我边陲。然如饬各省一律改撤，不但难得将才，且恐多有窒碍，似宜将现有之勇营，依次裁减抽练。先由总署着点德国外部，选荐年高敦品、性情和平，曾经普法之战，精习新时之学者一人速来，延为参谋军事，并准该参谋选带数人分任教练，一面简派明练事务之知兵大员，予以督练之任，预先择地、经理营房，迨该参谋来后，由该大员会校各国兵制，军律，饷章，择其宜为施行者，奏请定夺，着为成书，即遵照认真教练，值此库帑绌，必期练一兵即得一兵之用，始可有裨时艰。
其次，主张改革旧制，创导近代军事编制：
湘淮营制，每营名为五百人，而火兵护勇设在其内；出而迎敌者，至多不过四百人，短额侵扣，所存战兵，尤属无几。而各国兵制，大率五十人为一排，五排为一队，千人为一营，三营为一标，两标为一阵，两镇为一分军，两万四千人为一全军，其余号兵、工程兵、巡探兵、马兵杂役，一切官弁兵丁制数均照新法认真办理，其命名可称某处陆军……直隶陆军……盖兵皆国家公有之兵，不应随统将之籍贯名号紊杂相称，致使不肖统将，俨然觉为自有之业，且适足长树党之风。
再次，主张加强军纪，反对亲戚家族式训练：
兵之有律，尤网之有纲，决无纪律不明而能制胜者也。……近见练募各军，相率引用亲族，藉饱欲壑，于赏罚二义，皆任意为之。
袁世凯关于军事的这些主张，框架清晰，目标明确，涉及军事的方方面面。袁世凯的这些主张形成了一个比较完整的近代军事改革设想，这也为他日后的小站练兵奠定了基础，后来清廷因小站练兵有了一支粗具近代水平的军队，也是袁世凯上述军事设想直接产生的结果。
袁世凯万言新政，确实让人耳目一新，即使是今天读来，也同样有可取之处，何况是一百多年前呢。袁世凯条陈之事，涉及朝廷的用人、理财、经济、军事、外交等各个方面。所提建议，大胆而富有前瞻性，重实践而具操作性，可谓一针见血，切中要害。只要翻阅一下那个时期的内外臣工的建议，几乎没有一个人能达到这样的水平。甲午战败后，袁世凯深感列强“蚕食生心，逼处日近”，“侵骚图我，决无餍心”，如果这个时候，我们不能发愤图强，大力变法维新，那中国将无法生存，必被列强继续侵辱。因此应该公正地说，袁世凯这个时候的维新思想，是发自内心深处的，他对西法的认识并不在康有为之下，甚至还比康有为更为成熟。袁世凯的万言书“对局势观察分析的深刻程度，比着时人的许多论着，乃至康有为着名的公车上书，都毫不逊色”。这也是为什么袁世凯能为一心图强的光绪帝看中，袁世凯后来得以顺利到小站练兵，亦与其万言新政书不无关系。
