厘清我们的信念系统并不是要分析、去除或改变它们，而是要清楚地看到它们的真相。
我们用来厘清信念系统最主要的工具就是标明念头。有许多禅修法门的指令是：当念头生起时，任由它去。这个指令的目的是要让心变得安详清明。如果我们能做到这点固然很好，但有时我们就是无法让念头消失。我们的心忙得不得了，短时间之内根本无法安静下来；人类似乎很难规避随着演化而来的过度活跃的头脑。因此某些禅修途径对治这些不断生灭的念头的方法，就是在心中告诉自己这些都是妄想--借以破除对妄念的执著--然后将注意力收回到呼吸或其他的专注焦点。虽然这么做确实能帮助我们放下念头，但仍然无法真的厘清内在的意图，这时标明念头就派得上用场了。
标明念头这种工具可以带来双重收益。第一，它能破除我们对自己的思想的认同，让我们看见思想只是思想罢了。第二，它能让我们认清自己正在想些什么。譬如你正在打坐，你试着觉察自己的呼吸，却发现心里一直在想：今天会是非常忙碌的一天。标明念头的方法如果用在此刻的话，只须重复地对自己说"现在的念头是我有很多事要做"就够了。这有点像肩膀上坐了一只鹦鹉，它逐字逐句将你心中的念头说了出来。
此法一开始看起来似乎过于头脑化，它会让我们的头脑更加忙碌。然而这只是因为我们尚未习惯罢了，我们还需要花一些时间才能让此法突破我们的念流。为了经验一下这个过程，静坐时也许得花上五分钟的时间，清楚地标示出每个念头，之后我们就不需要标明所有的念头了。举例来说，假设我发现自己正在进行不合逻辑的或琐碎的思考，这时我会概略地标明它们，譬如计划、幻想、白日梦或自我对谈。这样的方式也可以让我看到心智运作的模式，它通常能打断念流而让我跳出心智的次元。
每当觉察到些微的情绪反应时，我通常会立刻标明当时心中出现的念头。譬如我正在静坐，双腿因为盘坐而开始感到酸麻。我发觉自己有一点烦躁，我的头脑也开始认为这件事太困难了。我立刻认出当时的念头，于是对自己说："念头认为这件事太难了。""念头认为我应该动一动身体了。"经过一段时间的标明念头练习，任何潜藏的操控性思想都会逐渐变得清晰起来。我可能会看到自己基本的潜存信念是："人生应该是没有痛苦的"，"生活应该是舒适的"；当这些信念变得清晰可见时，我就以上述的方式来标明它们。"认定并深信生活应该是舒适的"跟"念头认为生活应该是舒适的"，乃是截然不同的两种心态。
