战后以降，尤其是邦交正常化以来，中日关系很少受意识形态差异的影响。一个典型的例子是中国发生“六四风波”后，西方国家立即对中国实施了制裁，而日本的反应却克制得多，并且率先缓和了与中国的关系。对于日本民族这一“不讲原则”的特点，美国知名的日本问题专家肯尼思·派尔写道：日本只有务实的民族主义，没有固定的原则，他们有时也会为外交政策作些意识形态上的解释，但那都是借口，不是真正的动机。
但是从2005年开始，日本对华政策出现了一个新的动向，那就是强调与中国的意识形态差异。东京财团对华政策小组2005年7月份的的报告提出了这个设想。这份报告建议，“日本应该要求中国作为一个负责任的大国，在遵守国际准则、改善人权、民主和市场经济方面更加积极”，“中国的政策很容易与当今世界诸如人权、言论自由、司法独立以及自由市场经济等准则发生冲突。日本应该指出事实真相，并敦促中国遵守国际准则和惯例”。日本的这一对华政策动向放在中日邦交以来的历史中衡量，是非同寻常的。在2005年12月召开的首届东亚首脑峰会上，日本首相定调说，东亚共同体要建立在共同价值观的基础上。日本希望将地缘政治和意识形态结合起来，应对所谓中国的挑战。前日本驻华公使宫家邦彦撰文说：“万一亚洲大陆出现了霸权国家，为了遏制和控制霸权的蔓延，日本必须与其他大陆的势力强化关系。具体地说，就是与信奉自由和民主主义的议会制国家或者苦于被霸权国家欺压的中小国家构筑真正的战略伙伴关系。”日本将这个新的原则，还用于分化中韩在反对小泉参拜上的共同立场。2005年12月7日，日本外相麻生在其上任后首次外交政策演讲中谈到中韩对小泉参拜靖国神社的态度时，采取了区别对待的方针，对于中国，麻生表示“不能因为个别问题阻碍全体，不能因为过去的事实阻碍将来”，敦促中国改变因小泉参拜靖国神社拒绝首脑对话的做法；而对于韩国，麻生则表示：“（韩国）是与我们有着共同价值观、值得信赖的伙伴。作为亚洲两大民主主义国家，我们要一起为亚洲的安定和发展而努力。”
在打出意识形态牌的同时，日本近年来又开始打台湾牌。近年来日本国内越来越强调台湾对于日本安全的重要性，这反映在美日同盟调整的一系列会谈中。在1999年前，日本对“周边有事”具体地域的表述还是比较含糊的，但是在1999年美日安保新防卫指针中，已经隐约地将台湾纳入了安保保护圈。2005年2月的美日2+2会议，明确把台湾问题列入了美日同盟的12项亚太地区共同战略目标之中，10月底的第二次2+2会议又调整了驻日美军，美日还制定了台海“有事”共同作战计划。而台湾“外交部”则对此表示欢迎。台湾领导人感谢美日2＋2会议，称台湾与日本是最好的朋友，是“最好的民主与安全同盟”。台湾一个国防专家主张台湾与日本结成“沉默联盟”对抗中国。2005年9月，日本外务省宣布，提供给台湾人赴日免检签证，而中国大陆和香港都没有得到这样的待遇，有评论将此称作“台日之间外交突破最亮眼的成绩单”。由此可见，“台独”势力与日本遥相呼应，投怀送抱，“台独”势力将日本引为后援，而日本则将台湾用作制衡中国的武器。
战略冲突
在冷战时期以及1998年前，中日两国基本上不存在区域的和全球性的战略合作问题。两国之间的关系主要限于务实的经济关系。两个国家都奉行经济第一主义。这个时期虽然没有战略协作，但关系还是友好的。然而当条件发生了变化的时候，当两个国家都生出了新的战略利益的时候，两个国家并没有相应地发展出战略协作的需要，两国还想维持以往的经济第一关系。事实证明，这已经行不通了。这就是为什么出现“经热政冷”的原因，而且，经济主义再也代替不了战略问题，再也无法消除战略上的矛盾和对立。
作为世界上经济发展最快的国家，作为联合国安理会常任理事国，中国的战略利益越来越具有全球规模，这促使中国同世界上许多国家建立起战略协作关系。例如中美关系之所以不像中日关系那样呈现出尖锐的对抗性，原因在于这两个国家在很多方面需要合作。而在中日之间，这样的战略合作并不存在。中国并不把日本当作政治大国，不把它当作对等的战略合作者。而日本对于自己的“小国化”地位越来越不满，对于可能出现的“边缘化”前景，越来越敏感。这促使它派军队进入伊拉克，加强日美同盟，将自卫队改为自卫军，积极争取成为安理会常任理事国。当这些动作得不到中国的支持时，与中国的冲突就加剧了。
因此，中日关系的根本问题乃是战略上的冲突。如果不能够相互发展出战略协作的需要，中日之间将会继续保持着冷战状态，而没有战略上的和解，历史问题仍将主导中日关系。
