广惠司者，回回人隶焉。（《山居新语》）
《元史·百官志》又云：
大都（北京），上都（多伦）回回药物院二，秩从五品，掌回回药事。至元二十九年（1292）始置。至治二年（1322）拨隶广惠司，定置达鲁花赤一员，大使二员，副使一员。
《元史·百官志》还云：
御药院秩从五品，掌授各路乡贡、诸蕃进献珍贵药品，修造汤煎。
这条资料所说的“诸蕃进献珍贵药品”，当然包括回回药物在内。说明御药院里也制回回药物。回回医药在朝廷比重甚大，机构正规庞大。
阿拉伯医药文化与中国传统医药文化交融的结果，产生了三部著名的医药著作。
《饮膳正要》，作者忽思慧，他取蒙古族、汉族、回族食疗和营养保健经验撰写成此书，其中部分反映了回族医药状况。例如所载马思答吉汤、木瓜汤、鸡头粉血汤大抵是穆斯林方，内用回回豆子、羊肉等，以及咱夫兰（番红花）、回回葱、八檐仁、必思答、回回青、回回小油，均是回回食品或药品。
《回回药方》，三十六卷，现北京国立图书馆收藏，仅存四卷的残本。此书是按百科全书式的体裁写成的。此书或为元末回回医生所撰，此医生可能供职于回回药物院。书内皆阿拉伯方、回回所习用医药。《回回药方》内容十分新颖、丰富，是输入中国之后的阿拉伯医学的代表作，是回回医理与方法的集大成者。学术界的一种看法是《回回药方》与几种最有影响的阿拉伯古代医书，如拉齐的《医学集成》、麦朱西的《医术全书》、伊本·西那的《医典》、秘书监司天台所藏《忒毕医经十三部》等有渊源关系。《回回药方》给中国文化融入了一种新的特质，向我们介绍了阿拉伯的哲学思想，它传播一种与中国传统中医学风格迥异的完整的医学体系，给中国介绍了一种其时代最先进的医学成就，极大地丰富了中医的本草学，为解决中阿文化交流史中的存疑提供了详细的考证材料。
《瑞竹堂经验方》，回族医学家沙图穆苏撰。元泰定三年（1326）之前已流行，明中叶亡佚。今本从日本仿明刻重校本来，已修入《四库全书》。
吴澄在《瑞竹堂经验方》序中云：旴江郡侯，莅官余暇，注意于医药方书之事，遇有得必藏之，积久弥富，题曰《瑞竹堂经验方》，侯名萨德弥实，瑞竹堂者，往时侯插竹为樊，竹再生根，遂生竹叶，人以为瑞，而侯以匾其堂云。此书五卷，卷一讲调补、劳伤、遗浊，每方均以香药为主，多波斯舶来之品；卷二讲喘嗽、痰饮、湿气、诸痛、补益、脚气、疝淋、泄、蛊；卷三讲眼、耳、鼻、唇、齿、面、髭发，几乎90%方中有香药或舶来品；卷四讲女、幼科；卷五讲疮科，也有50%以上用香药、海上方。可见回医喜用香药、海方。书中有治疥疮热毒“一浴散”：“入浴堂内先令汗出便沐浴，将疥抓破，用前药搽之，再入堂内洗，如此搽洗三次，然后出浴，更不须再搽药。”这是将用药与穆斯林卫生沐浴相结合。此书之经验方多所新创，或为外来之经验，如木瓜虎骨丸、秘传隔纸膏、潜针丸、刷牙药、铁刷汤等，用药之奇，别出心裁。如木瓜虎骨酒已成为中医传统药酒。
元代，回回医生被称作“回回医人”、“回回医官”，他们深入各地民间行医为计，治病救人，他们能治愈诸种疑难杂症，其高超的医术令中国人称奇。陶宗仪撰写的《南村辍耕录》记载：元大都(北京)“有一小儿头疼不可忍，有回回医官，用刀划开额上，取一小蟹，坚硬为石，尚能活动，顷焉方死，疼也遄止”。
