另一个受指责的巴斯德实验是其更为著名的狂犬病疫苗接种实验。1885年10月26日，巴斯德向法兰西科学院报告说，在7月份他成功地用减毒疫苗治疗了被狂犬严重咬伤的9岁男孩梅斯特（Joseph Meister）。巴斯德并报告说，在治疗梅斯特之前，他已做过了动物实验，对50头狗注射了减毒疫苗，它们都很健康。这一免疫方法迅速地传遍了世界各国。在一年内，仅巴黎地区就有两千多名被狗咬伤的人注射了狂犬病疫苗。
盖森认为这个实验很成问题。他的一个理由是，梅斯特在接受治疗前并没有出现狂犬病症状，因此他可能本来就没有感染狂犬病毒，不能用他证明巴斯德的狂犬病疫苗有效，毕竟，大多数被狂犬咬过的人即使不注射疫苗也不得狂犬病。
盖森的这个质疑毫无道理。即使在现在，狂犬病疫苗也都是在患者出现症状之前注射才有效的，一旦患者出现症状，说明狂犬病毒已侵入大脑，疫苗就不会有效了，死亡率是百分之百。因此要求巴斯德对出现狂犬病症状的患者做实验才能证明疗效，实在是有些无理取闹。虽然大多数被狂犬咬过的人不会发病，但这是由于这些人被咬得不是很严重，比如只有伤口很小的浅表伤，病毒没有进入体内或进入体内的量很少。而梅斯特是被狂犬严重咬伤的，手、脚共被咬了14次，浑身是血、沾满狂犬唾液，在这种情况下，他无疑已被狂犬病毒严重感染，不注射疫苗的话必死无疑。
盖森对巴斯德的另一指责是，巴斯德在论文中夸大了实验动物的数量，而且在治疗梅斯特之前，他实际上还没有完成动物实验，就对患者进行治疗是不符合巴斯德本人提倡的医学伦理的。根据实验记录本，巴斯德对40头狗分批注射了疫苗，分别在5月28日、6月3日、6月25日和6月27日各对10头狗开始疫苗注射。在7月6日开始治疗梅斯特时，所有的实验狗都很健康，但是距离第一批狗的注射还不到6周。而狂犬病的潜伏期有时能达几个月。巴斯德又如何能确保其减毒疫苗是安全的，本来没有感染狂犬病毒的患者不会因为注射了该疫苗反而染上狂犬病？
我不知道巴斯德为何在论文中把40头狗说成了50头，也许是笔误或记错，但是不太可能是有意夸大，因为40头和50头并无实质性区别。虽然狗得狂犬病的潜伏期有时能达几个月，但是潜伏期平均是3～6周，因此根据最早两批注射疫苗的狗无一发病这一事实，是可以初步判定其减毒疫苗是安全的。巴斯德咨询了一位神经科教授，后者在察看了梅斯特的伤势后，建议巴斯德对其注射疫苗。梅斯特的母亲也央求巴斯德拯救其儿子。巴斯德在犹豫了一段时间后决定加以治疗。他显然不是像盖森所说的为了名利而草率试验，而是在一位母亲的哀求下救人一命。巴斯德的医生助手一开始反对治疗梅斯特，事后根据治疗效果承认巴斯德的选择是对的。
巴斯德当然不是什么圣人。在他身上可以找到很多缺点：傲慢、好斗、顽固、独断、爱炫耀、爱夸大其词等等。这也不是盖森的发现。保罗?德克鲁夫（Paul de Kruif）在1926年出版的科普名著《微生物猎手》（Microbe Hunters）一书中对巴斯德的伟大和弱点已有生动的描述。然而，也正如德克鲁夫所言，虽然巴斯德爱出风头，也爱玩点故弄玄虚的小把戏，但是并不是有预谋的骗子。而既然巴斯德的这些发明都能成立并且造福人类，其发明过程中的某些细节似乎不值得挑剔。
