在总参侦察营的训练课程中，很重要的一部分是要求士兵学会熟练使用各种武器装备。到目前为止，侦察营使用过的武器装备也的确是五花八门。在单兵武器方面，有以色列自产的，如“乌齐”式和“加利尔”式自动步枪；有从他国购买的，如美制Ｍ－１６系列自动步枪；还有从战场上缴获的，如前苏联的ＡＫ－４７自动步枪。总体而言，２０世纪６０年代的主要武器是“乌齐”，２０世纪７０年代是ＡＫ－４７，２０世纪８０年代是“加利尔”，２０世纪９０年代是Ｍ１６系列卡宾枪（２０世纪９０年代初期是从Ｍ１６Ａ１改型的ＣＡＲ－１５，２０世纪９０年代中期换成了新型的Ｍ４）。
目前，总参侦察营的标准单兵武器是美制Ｍ４卡宾枪（Ｍ１６Ａ２短枪管型）和同属Ｍ１６系列的ＣＡＲ－１５卡宾枪。美军特种部队现在也装备Ｍ４卡宾枪。它的通用性较好，可装备各种附件。在进行人质营救作战时，以色列特种部队通常根据不同需要在枪上加装以色列自产的反恐怖作战套件，包括准直式反射瞄准镜、４倍昼间瞄准镜、战术电筒、激光瞄准具、脚架、消音器和夜视仪等。此外，这种枪可外挂Ｍ２０３榴弹发射器，发射４０毫米低速小型榴弹，最大射程４００米，杀伤半径５米。
以色列特种部队在２０世纪９０年代中期全面换装Ｍ１６系列卡宾枪。其实，以色列自产的“加利尔”也是一种不错的武器，惟一的缺点是不够轻便，不大适合特种部队使用。以色列决定用美制Ｍ１６系列卡宾枪替换“加利尔”的另一个原因就是财政问题――由于中东和平进程在２０世纪９０年代有较大进展，以色列国防预算逐年削减。Ｍ１６可直接用美对以军援款从美国购买，比从本国订购“加利尔”要划算得多。
在近战武器方面，以色列特种部队使用由以制“乌齐”式冲锋枪改进而成的“微型乌齐”。这种枪比大口径手枪略小，便于携带，射速为每分钟１５００发。近年来，西方各国特种部队普遍使用德制ＭＰ５系列冲锋枪，这种枪几乎在各个方面均优于“微型乌齐”。但以军特种部队仍独一无二地坚持使用“乌齐”，其主要原因可能还是预算问题――ＭＰ５系列极为昂贵。
对于从事人质营救作战的特种部队来说，手枪是一种非常重要的武器。２０世纪７０年代，总参侦察营主要使用意大利制造的０．２２英寸“贝雷塔”小口径手枪。主要是因为这种枪威力小，即使误伤人质也不易致命。但在１９７３的“少年之春”和１９７６年的恩德培行动中，小口径手枪的缺点暴露了出来：突击队用装了消音器的“贝雷塔”手枪向哨兵射击，两次均未能一枪致命，从而使哨兵来得及发出警报。从此以后，以军特种部队基本不再使用这种手枪。目前主要使用的是瑞士与德国合资制造的９毫米“西格绍尔”Ｐ２２６手枪和比利时ＦＮ“勃朗宁”手枪。
狙击步枪也是特种部队的重要武器，侦察营对于这一点尤为重视――根据以色列反恐怖作战大纲，侦察营担负反恐怖作战任务，因此，其每个小队中都配有４名狙击手，是一般特种部队的２倍。根据作战距离和要求的不同，各狙击手分别配备“毛瑟”ＳＲ８６型、美制７．６２毫米Ｍ２４型和１２．７毫米“巴雷特”８２Ａ１等型号的狙击步枪。有独立预算的总参侦察营还拥有其他部队想都不敢想的名贵武器――德制“黑克勒－科赫”ＰＳＧｌ半自动狙击步枪，每支单价在１５０００美元以上。
总参侦察营和其他两支担任人质营救值班任务的部队（海军１３中队和警方的“雅曼”特警队）都有三套武器装备：第一套是日常训练和作战的标准装备，称为“蓝色装备”，由队员随身携带。另外两套是在进行人质营救作战时使用的装备，一套存放在值班直升机内，称为“红色装备”，另一套存放在值班机动车里，称为“黄色装备”。在进行人质营救时，首先考虑用直升机赶往现场，在不能使用直升机时则乘车前往。
