有些像对古河道、古河床的专业考察，把财政对卫生——主要是公立医院——投入的历史沿革罗列出来是枯燥的。但没有办法，研究财政投入体制的演变，需要连续和完整地观察，看看人们怎样太深太久地习惯于一种思维和定式。
六十年的时光，六十年的烟云，还是可以一眼望尽的：
（一）统收统支阶段（1949—1955年）。建国初期，国家对公立医院主要实行“统收统支”，即收入全部上交政府财政，支出也全部由财政预算安排，实行收支两条线，国家实际上实行“供给制”。公立医院的医生护士都是国家干部。但医院医生毕竟不像政府机关，还是有一定收入的。该办法缴拨款手续繁多，不利于调动医疗机构开展业务工作的积极性。
（二）差额补助阶段（1955—1960年）。这时有一个背景，即社会上公私合营运动轰轰烈烈展开，一些民营医院教会医院都合并到公立医院中来，公立医院规模扩大。既然缴上来的钱又要返还给医疗机构，还需再从财政中拿钱拨给医院，干脆免了来回走账，对公立医院实行“全额管理、差额补助、预算包干”，即医院的收支全部纳入国家预算，财政按医院实际收入差额拨款补助，年终结余全部上交。
当时药品紧缺，生产和定价都由国家计划控制，价格很低，挂号费也只有几分钱，医疗服务的收入很少。这种办法对医院控制得很死，反正差多少钱政府财政都给补，不仅难以控制医疗机构支出的增加，医疗卫生服务的效率也不高。
（三）定项补助阶段（1960—1979年）。国家进入困难时期，1960年2月，卫生部、财政部联合下发通知，对卫生部门所属的医院实行“全额管理、定项补助、预算包干”的办法。（卫生部、财政部《关于改进医疗财务管理的联合通知》）。
说起来相当拗口，其要点是对医院工作人员的基本工资，以及工资总额1%的福利费、2%的工会由财政包，医院日常运转的其他费用由收费解决。当然，从理论上说，盖一栋楼什么也打入预算，批准了就可以单独定项。但这个办法是按人头补助，不利于医疗机构控制人员，导致人浮于事，效率低下。同时，定项只保医务人员的基本工资，国家财政对医疗机构没有多少投入，我国医疗卫生发展总体上进入停滞时期，与世界上医疗卫生技术的发展拉大了差距。多数县级医院也只有一台老旧的ｘ光机，拍片需要排队预约。看病不难，可住院很难。
“差额补助”，实际上是政府财政全包，不管差多少钱，都由政府补上。“定项补助，预算包干”略有变化，即基本工资等项政府全包，其余医院经费包干，如果超了，不够用，财政就不敞开给你补了。这大概就是解放后前三十年公立医院的情形。
（四）最大的变化，也是“最大的变数”，出现在定额补助阶段（1979—2000年）。1979年4月，卫生部、财政部、国家劳动总局联合发文，开始对医院实行“全额管理、定额补助、结余留用”的制度，即按编制病床实行定额补助，收支结余主要用于改善医疗条件，也可用于集体福利和个人奖励。这一时期还出台了一项至今为一些人所诟病的政策：医院药品销售可以加成，但不超过药价的15%。粗看起来，这几次变化差别不大，第一句都是“全额管理”。不同的在于后面四个字或八个字。
财政按医院的编制床位实行补助，大医院、床位多的医院政府补助就有可能就越多，结果造成卫生资源加快向城市倾斜集中。另外，“结余留用”，医院虽然仍然依附于卫生行政部门，但在经济管理上走向了独立自主经营。这一政策大大调动了医院管理人员和医务人员的积极性，千方百计、积极创收，使三十年来我国城市的医院面貌有了翻天覆地的变化，缓解了看病难、手术难、住院难问题。
（五）定项或定额补助阶段（2000年—现在）。根据医疗卫生三项改革精神，2000年财政部、国家计委、卫生部下发了文件，明确规定对医疗机构实行分类补贴政策。政府举办的县及县以上非盈利性医疗机构以定项补助为主，补助项目包括医疗机构开办和发展建设支出、离退休人员费用、临床重点学科研究、由于政策原因造成基本医疗服务的亏损补贴。基本服务原则上通过收费补偿，由于政策原因造成的亏损扣除药品收支结余后的差额，由财政给予补助。
