印第安人的反抗遭到来自几方面的镇压和屠杀。美国军队不用说了，拥有铁路沿线土地的白人移民也毫不犹豫地屠杀印第安人，以保卫“自己的土地”。与此同时，为了保证铁路建设的进度，铁路公司获得授权，可以组建自己的军队。与正规军不同的是，这些军队不穿军装，不领军饷，一切费用由铁路公司支付，目的就是替铁路公司维护沿线的治安秩序。这些私家军队对印第安人的屠杀，一般是不会列入政府统计的。
如今，有人为美国政府辩护说，美国政府并没有对印第安人实行“大屠杀”，只有小规模的屠杀。这种辩护纠缠于大与小的文字游戏，很无聊。这些辩护还称，北美印第安人原先总数约为200多万，最后减少到20多万，美国政府杀了一小部分，大部分是得病死的，还有的是印第安人自相残杀的结果。这种辩护明显是为美国贴金，为美国针对印第安人的种族灭绝涂脂抹粉。从美国猎杀北美野牛的行为就可以想象，这一行为将导致多少印第安人“自然死亡”。历史学家大都认为，北美印第安人的总数超过1000万，到19世纪末期，只剩下20多万，怎么辩护都难掩美国政府对待印第安人的野蛮灭绝行为。希特勒的集中营大约杀害了世界上1/3的犹太人，就被确定为种族灭绝，如果与印第安人残留的人口数量比，希特勒算是非常“仁慈”了。
在大规模屠杀印第安人之后，对残存的印第安人，美国政府采取了“文化清洗”政策。他们让印第安儿童离开父母和部落，进入白人地区的学校接受教育，与印第安人的历史、文化彻底断绝关系，并由此培养日后印第安部落的领导人。
文化清洗与种族灭绝一样是罪恶。当一个民族的文化被彻底斩草除根，这个民族毫无疑问将永远寄人篱下。不管是被迫还是无奈，与自己的历史和文化彻底挥手告别之后，在别人的文化氛围中，一个民族留下的只有耻辱。文化清洗，造成生不如死的苦难灵魂，其后果，甚至比种族灭绝更加残忍。种族灭绝的幸存者还能以自己的伤疤，期望唤醒人们的良知，而文化清洗的幸存者，永远孤立无助。当他们终有一天意识到，自己永远不可能漂白、不可能变得像白人一样时，他们几乎只能成为现代野蛮人。而那些实施文化清洗的人，在文明、进步的名义下，甚至试图抹去那段文化暴力和思想暴力的历史。我们说，文化的交融、借鉴、学习、模仿都是必要和有益的，但前提条件是自愿。在文明的名义下，以居高临下的姿态，强迫他人改变，本身就不是文明的行为。借着对财富的疯狂追逐，以占据财富的能力来判定所谓文明的高低，是一种严重病态的文明施暴。
