载沣何尝不担心袁世凯。在1906年的官制改革会议上，袁世凯坚持要设立责任内阁，载沣至今都对袁世凯当时的猖狂劲记忆犹新。虽然老太后在前两年已做先手，将袁世凯所辖的北洋新军六镇中的四镇收归陆军部，去年又将他与张之洞一起上调为军机大臣，但冰冻三尺，非一日之寒，岂能轻易动摇袁世凯的势力？更何况，处置一个位极人臣的军机重臣，必须要经过军机大臣们的同意，其所颁上谕也须有军机大臣的副署才能生效，满族亲贵要诛杀袁世凯，谈何容易？
正因为如此，载沣才不敢贸然而行。再三思虑之后，载沣和隆裕太后把首席军机大臣庆亲王奕劻请来商议，不料奕劻听后立刻伏在地上，一言不发。在隆裕太后的厉声质问下，奕劻才嗫嗫嚅嚅地说，这事得和军机重臣张之洞商量才能决断。
载沣没办法，只好又召见张之洞。张之洞听后，忍不住长叹一声。张是汉人大臣，年纪又大了，听说要诛杀袁世凯，未免有兔死狐悲之感。他说：“国家新遭大丧，主上又年幼，当前为此稳定的大局最为重要，此时诛杀大臣，先例一开，恐怕后患无穷。”他见载沣仍迟疑不定，便又说：“王道坦坦，王道平平。愿摄政王熟思之，开缺回籍可也”。
事实上，除了奕劻和张之洞反对诛杀袁世凯外，其他几个军机大臣也表示反对，比如那桐和世续，都是袁世凯的私党，世续还暗地为袁通风报信。而在地方督抚中，端方是袁世凯的姻亲，东三省总督徐世昌更是袁世凯多年的把兄弟。另外，英国驻华公使朱尔典也曾为袁世凯出面说情。这些人都构成了阻止杀袁的重要力量。
据时人刘体智在《异辞录》中的记载，宣统元年（1909年）的年末某日，在严办袁世凯的流言声中，袁世凯像往常一样，迎着冰冷彻骨的寒风前往内廷。载沣主政后，每日都要召集军机大臣商议朝政。这一天，当袁世凯走到殿廷的时候，早被买通的当值太监将他拦住，偷偷地对他说：“袁大军机可不必入内，今日摄政王怒形于色，听说严惩谕旨即下，恐怕对袁大军机不利，宜早筹自全之策。谕旨如何严峻，则非我辈所能得知。”
袁世凯听后，犹如被打了一闷棍，在脑袋一片空白的情况下，失魂落魄地走回了自己家中。待到稍微清醒，袁世凯急忙把自己的幕僚和亲信招来商议对策。亲信张怀芝（也有说是袁克定）说，情势危急，不如立刻前往火车站乘三等车前往天津，毕竟直隶总督杨士骧是我们的人。袁世凯听后，立刻简单收拾行装，在张怀芝的保护下前往天津。
说起张怀芝，原是袁世凯的马弁，一次阅操中，袁世凯不慎落马，张怀芝急步上前，一手按住马头，另用头颈和肩膀扛住坠马的袁世凯，袁这才避过一难。由此，张怀芝被袁世凯认为忠诚可嘉，后来也一步步做上了镇统制并在民国后当上了山东督办，这是后话。
为防不测，袁世凯不敢到天津本站下车，而是提前一站让张怀芝给杨士骧打电话，让他派人来接。杨士骧倒还镇定，他让袁世凯万不可来督署，万不可让人看见，他随后就派人处理这事。
袁世凯正在生闷气时，杨士骧的亲信来了。他带来了北京的消息，说“罪只及开缺，无性命之虞”。袁世凯听后长舒了一口气，便决定立刻回京，预备明晨入朝谢恩，不然会引起更大的麻烦。
当时北京的袁府更是陷入了慌乱当中。袁世凯失踪的消息在城中不胫而走，一时间谣言纷纷，有说袁世凯被秘密处死的，也有说袁世凯畏罪自尽的，一时间纷纷扰扰。直到后来，主持军机大政的张之洞听说袁世凯已经回来的确切消息后，心里的一块石头才算落了地。
事后，老张忍不住对左右调侃道：“人家都说袁世凯不学无术。我看哪，他不但有术，而且是多术，你看他这次仓皇出走，能找的地方都找遍了，谁能知道他躲在哪里？我现在算是知道什么叫‘术’了。”
第二天，袁世凯终于见到了那道上谕：“内阁军机大臣外务部袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极复予懋赏，正以其才可用，俾效驱驰。不意袁世凯现患足疾，步履艰难，难胜职任。袁世凯着即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”
三天后，袁世凯怀着无比的委屈和幽怨，带着他的姨太太和亲信们，孤独而凄茫地离开了北京。袁世凯被排挤出京后，清末政坛再次发生或大或小的地震，袁世凯的私党一个个被清除：杨士骧当年去世，端方接任直隶总督；张之洞去世；邮传部尚书陈璧被革职；徐世昌内调邮传部尚书，东三省总督由锡良接替；黑龙江布政使倪嗣冲被查办；民政部侍郎赵秉钧被斥，载沣接管警政；江北提督王士珍自请开缺，等等。
清末有这样一个说法，说“张之洞有学无术，袁世凯不学有术”，张之洞固然是忠厚老者，他和袁世凯的关系也不算太好，但在关键时刻，他的话实在是宽仁厚道的长者之语，不管他是为了大局着想或是其他，却在无意中保护了袁世凯。
至于袁世凯，他虽然混迹官场近30年，不但“有术”而且“术”还挺多，但在皇权体制下，当他从庆王府听到“将对袁不利”的消息后，何尝不慌张？这时的他，也是惶惶然如丧家之犬，无计可施矣。
再强的人，也有落难的时候，摄政王载沣当政的这几年，恐怕就是袁世凯最艰难、最危险的时候吧。
