1928年6月20日，顾颉刚在日记上说：“今日下午11时，慕愚为南京公安局所捕，以她在女子第一中学中立迫社，提倡国家主义，诋毁国民党，为市党部政治训育部检举，交公安局逮捕，并谓无论何人不得保出，将以反革命治罪。”日记后来又补记：“7月2日，见此新闻于《中央日报》，意甚怜之。嗟乎，慕愚一腔热血，不幸为曾琦所用，作此无病呻吟，致陷刑狱，有野心之人以他人为牺牲，真可恨也！”之后，顾颉刚则展开一连串的营救行动，我们看他在日记上说：“予在广州，暑假中得高君珊女士信，悉健常（按：谭慕愚）在大学院做科员，不幸以党案被捕入狱，嘱予营救，予因致长信与蔡孑民、戴季陶先生，并发电，请其营救。与健常一函，托君珊转交，彼得此大哭，来书有‘最知我者唯先生’之语。出狱后，东渡日本，学于东京高等女子师范（是年未见面）。”
而1929年8月16日，顾、谭两人在苏州偶然见面，那是三年前北京一别的再度重逢，顾颉刚在日记上这么写着：“谭女士之狱，去年以江苏特别法庭取消，未了结。今移归江苏高等法院办理，传其到庭，遂由日本归国。患胃病，在上海医院割治，尚未瘥，今日扶病到苏。欲访我地址，不得。适与适之先生同寓苏州饭站，遂相晤见。三年渴思，忽于今日无意中遇之，真使我喜而不寐矣。渠今颇有意研究满蒙问题，欲在日本搜集材料，到北平研究之。以彼之才性学力，由政治生涯转向学术之途，必可有大成就，唯祝其身体强健耳。”
一年半后，也就是1931年，谭慕愚已回到南京的内政部工作，并已改名为谭惕吾。1月9日顾颉刚到南京访谭惕吾，久别重逢，他写下如下的诗句：“一天风雪冷难支，为约伊人不改期。我愿见时便恸绝，胜留余命更生离。”而在第二天两人见面了，顾颉刚有如下的描述：“不见慕愚，一年半矣。情思郁结，日益以深。今日相见，自惴将不止陨涕，直当晕厥。乃觌面之下，尘心尽涤，唯留敬念。其丰仪严整，消人鄙吝可知。今日天寒，南方诧为数十年所未有。彼为我买炭，手拨炉灰，竟六小时，我二人在一室中未曾移席。呜呼，发乎情，止乎礼，如我二人者殆造其极矣。”1月24日，日记又写道：“予与慕愚一段情怀，从未道破，近日颇有在弦上，不得不发之势。今晨醒来，天尚未明，思欲作书致之，以极简单之词约之曰：‘我二人相逢已晚，无可奈何。然此世俗之常情，万流所共趋。以吾辈个性之强，自当超出恒蹊，别求慰藉。’终虑搅乱其心，不敢书也。”
爱慕之情，不敢明说，于是顾颉刚换了个方式。我们看他在2月4日的日记上写道：“久欲写慕愚信，今日忍不住了。信中劝其向世界史及中国国民生活两方面着力，将来好与我共作一部中国通史，我任上古至清，她任鸦片战争以后至现在。要是这个工作真能作成，我二人精神之结合将历千古而长存，不胜于百年之伉俪乎！只要她能答应，我的不安静的心就可安静了。”于是他给谭惕吾写了一封二千余言的长信，很快他收到对方善意的回音，顾颉刚在2月17日的日记上说：“得慕愚书，承受我的要求，自接信日起，每日抽出三四小时读书，并作笔记，先从满蒙、新疆、西藏等问题做起。俟见解成熟，再作论文以锻炼发表能力。为之大慰。只要她的学问有成就，我的生命也就有意义了。”
而1933年秋，谭惕吾跟随内政部长黄绍竑亲赴绥远考察，回来后写成《内蒙之今昔》一书。黄绍竑在该书的序言上说：“（谭惕吾）近年服务内政部，尤喜研究边政。去岁随同入蒙，任文书及搜集调查之责，以其平日蕴蓄之富，故于所得各种资料，类能运用历史及科学方法，分析整理，大有助于问题之认识与解决。归而著此《内蒙之今昔》一书，都十余万言，于蒙古之历史地理及此次内蒙自治运动之经过，莫不加以委曲详尽之叙述，不仅可供政府处理蒙事之采择，抑且可备国人边事之参考。”而谭惕吾将之归功于“同学夏涛声之襄助，及吾师顾颉刚、杨秩彝两先生之校订。”诚然，就《顾颉刚日记》观之，谭、夏、顾三人当时为此书同在杭州西湖工作一个月，也留下了不少西湖唱和的诗句。顾颉刚有诗曰：“制就长篇十万言，要从笔底固边藩。几回写到伤心处，仿佛遥闻啼峡猿。”即是咏此事的。谭惕吾对边疆问题的兴趣，甚至影响到顾颉刚的研究方向，他自己就说过受到谭惕吾的感动，“遂有研究边疆问题之志”。
当然谭惕吾对顾颉刚的影响还不仅此，余英时先生就说：“为了代谭慕愚取得证明书，他不惜改变初衷，进入北大这块‘是非之场’。胡适和傅斯年大概万万想不到，他最后答应来北大历史系兼任是出于这样的动机吧。”是什么动机？请看他1931年5月9日的日记：“张西山君转到健常信，悉健常已到内政部逾半年，例须由铨叙部审查资格，而渠已改名，恐北大预科毕业证书无效，嘱我向蒋、胡二先生言之。然我以耽游览，来济（南）已逾期，审查期亦已过，怅甚。即写梦麟先生信，答应下学年在北大兼课事，请其即速证明健常资格。”以非其本愿地到北大兼课，来换取开立谭惕吾的学历证明，顾颉刚真是为“爱”牺牲了。
1936年，顾、谭两人同在南京工作，顾颉刚要找谭惕吾当其副手协助他做研究，当他征求殷履安的意见，殷却不赞成。7月8日日记写着：“中央工作，予欲健常助予为之，以其人有才干，有宗旨，且热心，在予友中无第二人也。告之履安，渠不赞成。在其立场上想自当如此，但我敢作誓言于此，予决不负履安，否则十三年之苦痛，忍住了有什么结果。但若因此而加重健常之苦痛，则将怎么办？噫，异性交情，其难如此！”8月8日，顾颉刚有感而发，写了一首诗给谭惕吾，诗曰：“白门重聚首，悲喜俱难量。试看一腔血，顿成两鬓霜。此心但有托，便老亦何伤。敢以身为炬，与君共耀光。”
1938年春，谭惕吾跟随内政部迁到重庆，9月，顾颉刚也到重庆，两人时常见面。顾颉刚说：“中秋日宴予于其家。其妹婚后，拟同游北碚而未果。10月，予至滇，渠至航空站送别。”1940年秋，“健常到成都视察，予访之于四川旅行社，彼亦访予于边疆服务部。宴之于大三元，适逢敌机轰炸，进食已下午3时矣。晚，看齐大学生作羌民歌舞。”1941年夏天，顾颉刚到重庆，在青木关开会完毕，就去陈家桥见谭惕吾。是年秋天，顾颉刚再到重庆，谭惕吾则到“三民主义丛书编纂会”见他。
