蒋经国取得父亲的同意，他在上海的基本政策可以放手去做，但是要让俞鸿钧和上海市长吴国桢知情。基本上，他主持上海的经济、金融、商业和相关警察功能，不需请示别人。吴国桢毕业于美国普林斯顿大学，与蒋夫人关系密切，他觉得没有面子，向蒋介石提出辞呈。蒋介石不准，退回辞呈。另一位上海吴先生——蒋经国的老师吴稚晖则支持经国，鼓励他坚持下去。有一天，有位受到调查的商人持吴稚晖的信到经济管制处拜会蒋经国。这封信要求经国不要对持函人被指控之经济犯罪施惩。半小时之后，吴稚晖派人送来另一封信，说明吴老所认识的这个生意人登门求助，还说吴老若不写信给经国替他求情，他就要自杀。吴稚晖要经国不理会第一封信，凡事依法处理。
9月下旬，经国一度陶醉在他希望把赣南经验，搬到上海，乃至华中成功推动的喜悦心情中。据“中央通讯社”报道，上海工人狂热地相信，“只要‘小人物的大朋友’与他们站在一起，他们就可以放心，不会再受到大投机客的压榨”。然而，“中央社”也报道，“大企业和权势家族”正在酝酿搞走蒋经国。
谢伟思此时已调到美国驻香港总领事馆任职。他向华盛顿报告，青帮头子杜月笙非常生气儿子遭到逮捕。为了向经国证明他儿子是被刻意挑中、打击，杜月笙提出“四大家族”以及若干华北军事将领在上海从事经济犯罪的证据。隔了几天，谢伟思又报告，宋子文派妻子到上海，劝经国对永安案宽大处理。
蒋经国向父亲报告逮捕杜维屏的始末，9月24日，蒋介石发电报给杜月笙，电文却见诸上海《申报》：“我兄若能协助经国在上海经济管制工作，无任感荷。”这似乎等于老先生公开声明，他不会介入，让杜维屏获释。这里面的内情含混不清，但是，显然杜月笙接到电报后，前往拜会经国，抱怨他们父子被挑出来遭受刻意打击，他交给经国一份非法囤积物资的公司名单（包括孔令侃的扬子公司）。
几天之后，蒋经国的朋友贾亦斌对上司捶桌抗议：“如果孔令侃没犯法，还有谁犯法？”经国没有回答，但是事后告诉贾亦斌：“我无法忠孝两全。”贾回到旅馆，给经国洋洋洒洒写了十四页的长信，叙述他的失望：“我原本认为国民党已经没有希望，但仍寄希望在君身上……但是这件事点醒我，君只拍苍蝇，不打老虎。”17
贾亦斌离开上海。在当年年底之前，就与中共取得联系，开始秘密和共产党合作。18过后不久，蒋经国根据杜月笙提供的资料，控诉扬子公司经济犯罪，逮捕孔令侃若干职员。据一个说法，经国把孔令侃软禁，基于礼貌，通知了蒋夫人。宋美龄闻讯立刻赶到上海，和经国及外甥一起见面。她对两人说：“你们是手足，没有理由互斗。”孔令侃暗示，经国如果不撤销控诉，他会不惜暴露让蒋家及政府难堪的事。19最后，孔令侃做出和解，据说交给政府六百万美元，然后前往香港，再转赴纽约。杜月笙也离开上海，前往香港，不久，杜维屏缴了大笔罚款给政府，获准结束事业，前往香港和父亲会合。永安公司以低于成本四分之一的价格，抛售囤积的大量棉花。永安的大股东郭氏家族，也移居香港，上海终于扫除了孔、杜家族。但是，这时候蒋经国的经济管制措施已在瓦解，一般印象是，他在扬子公司一案被迫屈服。20
资本主义社会，即使具备最佳条件，也很难持续实施物价管制。除非通货膨胀的根本病灶——通常是公共部门产生巨额预算赤字——得到解决，物价管制注定失败。国民政府推动的币制改革，六个星期就垮了，包括唯一一个认真推动、执行的地区——上海，也都失败。基本症结是未能全国普遍一致执行币制改革。由于上海以外地区物价迅速攀升，商人和民众拥入城里，买尽一切商品、物资。虽然当年秋天浙江、江苏省谷物大丰收，上海却严重缺粮。原料也一样缺乏，生产商遂停止生产。
币制改革的第一周，中央银行发行三千万元金圆券，换取百姓缴交的黄金、白银和外币，可是当乐观消退，那些迟不兑换的人证明比较明智，可是守法者（绝大多数是中产阶级老百姓）家财全毁了！办法的严重不平等也是显而易见。凡在国外持有超过三千美元以上外币或金银资产的人，只需申报，不需缴出来。这项例外规定适用存在香港的外币及金银资产，因此对孔、宋家族和杜月笙等人乃是开恩之举。那些具有不足三千美元外币资产（就一般中国人而言，已是大笔财富）的人，则根本不必申报。《时与文》杂志叹息，这整个过程只是“表面弄点改革，实则维持旧秩序”的把戏。蒋经国呼吁要采取措施，减低贫富悬殊，根本没被政府理会。到了10月底，棉花、药品、卫生纸、棺木寿具及其他物品，全部从市面上消失。教员、专业人士以及小生意人，过去从来没有支持共产党的念头，现在开始认为不管换了谁上台当政，都比国民党要好。
