东北战区司令官杜聿明于10月29日抵达长春。杜聿明是黄埔军校毕业生，曾随史迪威在缅甸作战；史迪威一度认为杜“不错……精通战术”，但是后来对杜观感大变。当月，五百名国民政府官员、僚属抵达长春，预备分发到各地接收地方政府。但是，一连过了好几个星期，俄国人不准这些官员离开长春。马林诺夫斯基的政治指导员，反而责备国民政府在东北各地煽动反苏活动，以致地方不靖。蒋经国答说，煽动反苏活动的是日本人或“叛徒”。然而，在同一时期，陈立夫在中国各城市策动学生举行一系列反苏示威活动。蒋委员长在经国要求下，斥责陈立夫不应该搞反苏活动。
马林诺夫斯基终于允许国民政府官员接管各地地方政府，经国请求借汽车、飞机，输送这些人出发接收，马又拒绝所请。事实上，国民党政府官员依然困在长春，动弹不得。马林诺夫斯基又照会经国，国民党军队只能在苏军撤退的四天之前，由空运送到驻地，可是苏军何时撤退？则是遥遥无期。这位苏军指挥官再度指控，有数千名国民党秘密人员破坏苏方设施。当蒋经国问起日军投降后，其武器的去向时，马林诺夫斯基却说这些武器统统运回苏联去了。
11月9日，马林诺夫斯基告诉蒋经国，奉莫斯科当局命令，要把所有的邮政、电信设施及剩余武器交给国民政府。可是，三天之后，林彪两千名部队已开进长春市。然而，经国依然极力主张忍耐为重。在这方面，他与熊式辉观点日益分歧。经国认为熊是个“老官僚”，反苏态度“肤浅”，缺乏“战略见识”。譬如，尽管苏方反对，熊依然希望派遣文职人员出外招募、组织地方部队。经国认为，若是这么做，必然后患无穷。
经国继续要求同僚，必须尽最大努力对俄方忍让，以阻止中共在乡间稳固控制力量。可是，11月7日，共军部队却把经国和数百名国民政府官员，包围在长春的南满铁路会社大楼里。几天后，马林诺夫斯基通知杜聿明，苏联将分三阶段撤出东北；他说，12月25日以后，除了俄国人控制的旅顺、大连之外，国民党军队可以在任何地区自由登陆。
大约与此同时，美国总统杜鲁门照会蒋介石，他希望派遣马歇尔（George C.Marshall）将军来华，调停国共争端。陈立夫对蒋提出警告，认为马歇尔露面将会引起和苏联的问题——而且，一旦马歇尔调处失败，恐会怪罪国民政府。陈立夫建议，最好是跟苏联讨论国、共问题。蒋经国同意这个做法。
根据这个方向，蒋介石致函斯大林（时间可能是11月初），建议双方会商解决危机。11月13日，经国接到父亲手谕，得知政府决定撤回东北行辕。蒋氏建议：“让我们等一两天，瞧瞧苏联的反应如何。如果仍有希望挽回局势，我们就可以表现出，我们的确并不希望在东北建立军事力量，我们也不希望挑激任何人。我们可以借普选，来建立地方政治组织。经济上，我们可以和苏联合作。”蒋介石给经国这道手谕，最令人关注、不解的一点就是，暗示在某种条件下，国民政府可以不在东北寻求建立军事力量，也会同意与苏联在东北广泛实施实质经济合作。这样的文字很可能是由经国起草的，它似乎暗示许多可能性，包括国共部队撤出整个或部分东北，让苏联军队留驻这些地区。同时，中、苏可在东北全面经济合作，并举行地方选举。
同时，重庆当局照会苏联大使馆，由于中共部队在长春的滋扰、威胁行径，国民政府别无办法，只好退出长春，并警告苏联必须为此结果负责。除了蒋经国、张嘉璈等少数人员留下，国民政府派到东北的文职人员在11月17日退回北平，国民党军队军事总部也移驻山海关。
苏联的交涉态度突然一变。11月21日，马林诺夫斯基告诉蒋经国，他对国民政府退出关外颇感遗憾，又声称他并不晓得中共部队曾包围国民政府官员总部，接下来，俄方以认真态度开始谈判经济问题。张嘉璈和蒋经国认为，国民政府退出长春，以及美国施压威胁，促使苏联坐下来谈判。11月底之际，杜聿明部队（包括孙立人的新一军）正沿着海岸向北推进，相信这也影响到俄方态度。大约12月初，斯大林回复蒋介石的信，提议南京派代表到莫斯科，讨论东北僵局。
