在所有的痛苦中，贫困无疑是占了压倒性的多数，而要从根本上解决这个问题，就必须打倒腐败的政权。当时宦官手下的压榨十分凶狠。当然士人—地方豪强也是压榨阶级。本是信仰团体的太平道，于是改组为造反集团。此时不知是从哪里传开的，到处都在讲咒语一样的句子
——苍天已死，黄天当立。岁在甲子，天下大吉。
如果苍天是指东汉王朝，那么这就是对它的死亡宣告。因张角是黄天的使者，这也是他将建立新政权的预言。而誓师就在甲子年，即中平元年（184），意思是革命将会成功。
张角把十余年间聚集起来的数十万信徒按三十六个“方”进行组织。方有大小之分，从一万多人到六七千人不等，指挥者被称为“渠帅”。方既是信仰单位，同时又是军队组织。被称为大贤良师的张角必定已经看透了东汉正加速走向灭亡的事实，所以他又冠名为“天公将军”，还分别授予两个弟弟张宝、张梁“地公将军”、“人公将军”的称号，目标显然就是造反了。前面提到的咒语一样的句子，也是太平道因期望起义时能有广泛响应而宣传的意识形态口号。
太平道的信徒中还有中常侍徐奉这样的高级宦官。因此，张角对宫廷内的状况也是非常了解。另一方面，大量信徒中也可能混进了政府的密探。在预定起义之前，因密告者走漏风声，太平道决定提前发动。
太平道叛乱集团为了区分自己人和敌人，头上裹着黄巾，故被称为“黄巾军”。他们烧毁地方政府驻所，劫掠各地。地方官员早就逃走了。“党锢”以来，有骨气的士人就不做官了，所以担任官职的净是些胆小鬼，所以黄巾军很快从河北扩张到河南，甚至到了山东。朝廷受到的震撼可想而知。
朝廷中的宦官并非全都是奸恶之徒。因党锢受罚的许多人都对朝廷非常不满，如果不加以赦免，他们可能就会加入黄巾军。于是宦官吕强进言：“今请先诛左右贪浊者，大赦党人，料简刺史、二千石能否，则盗无不平矣。”左右贪浊者指的正是赵忠等十常侍。而吕强却因同为宦官的十常侍的进谗，被逼自杀。此外士人官僚中的郎中张钧毅然上书
——张角所以能兴兵作乱，万民所以乐附之者，其源皆由十常侍多放父兄、子弟、婚亲、宾客典据州郡，辜榷财利，侵掠百姓。宜斩十常侍，县头南郊，以谢百姓。
他也被投狱而死。两个发表正论的人虽被逼死，但吕强进言中提到的党人禁锢还是被取消了。这是因为事实证明抵挡叛军的官员都是胆小鬼，东汉朝廷不得不面对这个现实。
黄巾军在存在密告且准备不足的条件下起兵，因此和各地的联系不是很顺畅，而且党人禁锢被取消，已经不能把地方豪强吸引到自己一方了。
朝廷派出的将军有北中郎将卢植、左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁。朱儁在交趾（越南）发生叛乱时率兵平定，立有功劳。皇甫嵩在长社（河南省）被黄巾军包围的时候，率援军赶来的是都骑尉曹操。《三国志》的英雄从这次黄巾之乱起开始登场。曹操这回是初次登台。
负责征讨的将军是士人，而作为直属皇帝的监军，宦官也被配属军中。他们如果得不到贿赂，就不会为主帅作有利的报告。卢植因未向宦官左丰行贿，被报告“广宗城（河北省）的敌人明明很快就能击破，但他偃旗息鼓，坐等敌人被老天爷消灭”，震怒的皇帝命令将卢植用囚人的槛车押运送回。
被派去广宗替代卢植的司令官是东中郎将董卓。他是曾以西域戊己校尉的身份出征西域的猛将。以董卓之力也未能攻破这座理应很快就能拿下的广宗城。
中平元年（184）三月，征讨军整编完毕，到了十月，终于攻破了张梁守卫的广宗。另外，天公将军张角此时已经病死。张角之死是黄巾军势力一蹶不振的原因之一。十一月，皇甫嵩在下曲阳（河北省）进攻张宝，并斩了他。表面上黄巾之乱被平定。之所以称为表面上，是因为各地响应的叛乱纷起，连甘肃、山西、湖北都发生了叛乱，所以不一定就能说是平定。他们采用黑山、白波等各种各样的名字，广义上也可以称作黄巾系。可能是通过《三国志》，据守山西的造反军的大名“白波”甚至传到了日本，日本人称盗贼为“白波”便由来于此。
说黄巾军已被平定不一定确切。比如，黑山贼的头目褚飞燕等人被朝廷任命为两千石的中郎将；白波军也在后来献帝从长安返回洛阳时负责圣驾的守卫；青州三十万精锐黄巾军和曹操军合并了。曹操能够把持朝政，是因为他有雄厚的势力，而曹操之所以一下子变得强大，是因为吸收了青州的黄巾军。这样看来，还是可以把东汉王朝的覆灭原因归结于黄巾军。
