朱由检的感情生活是幸福的，他拥有一位优秀的皇后周氏，这可能是他从政生涯最宝贵的财富。
周氏祖籍苏州，后来徙居北京郊区大兴。朱由检受封信王，出宫就府的时候，朝廷为他挑选了一正两副三位妃子。周氏就被立为正式的信王妃。当时主持为小叔子选妻子的嫂子张皇后在挑选之前觉得周氏瘦弱，可能不是陪伴朱由检的有力角色。昭妃却认定周氏：“今虽弱，后必长大。”朱由检成为崇祯帝后，周氏被立为皇后。周皇后长大后，坚强贤惠，不失为历史上的贤后。她吸取前朝经验教训，对后宫管理得有条不紊，使得朱由检能够集中精力处理灾难深重的明朝祖宗基业。
一次，朱由检在交泰殿与周皇后言语不合，盛怒之下把周皇后推倒在地，周皇后就以绝食抗议。朱由检后悔了，觉得自己也做得不对，就派人给皇后送去貂袍，问及起居，委婉地表示道歉。像他这样性格的人能够主动道歉，周皇后的为人处事和在丈夫心中的地位可见一斑。
田贵妃是朱由检宠幸的另一个人。田贵妃的涵养没有周皇后那么高，渐渐露出了骄态，与后宫嫔妃常常发生不和。周皇后坚持用后宫礼仪来约束田贵妃，维持了后宫的稳定。一年春节，田贵妃去朝见周皇后。这原本是例行礼节，但周皇后却长时间没有接见田贵妃，田贵妃只能在屋外等着皇后的接见，过了好久田贵妃才被允许进屋，田贵妃拜见皇后完毕，周皇后没有任何表示。两人一言不发，默然而对，最后田贵妃只好怏怏而去。不久，袁贵妃也来朝见皇后，周皇后热情地接待了她，说笑不停。田贵妃知道后，既懊恼又痛恨周皇后。
不久，周皇后和朱由检一同赏花。夫妻正高兴着的时候，周皇后请求朱由检召来田贵妃一起赏花。朱由检听说了周皇后和田贵妃不和，不同意让田贵妃一起来赏花。周皇后真诚地对朱由检说：“我和田贵妃之间的确不和，但之前我故意慢待田贵妃，是为了折一折她的傲气，既是为她好，也是为大明江山社稷着想，我和田贵妃之间并没有私怨。”朱由检多疑，还是不同意召来田贵妃。最后周皇后强硬地行使了皇后的权威，自己做主派人将田贵妃接来一起赏花。田贵妃知道了周皇后对自己的爱护，见到皇后后尽弃前嫌。崇祯皇帝时期，后宫没有出事，为朱由检在前台施展拳脚提供了保障，周皇后功劳最大。
明朝从朱元璋时期就确立了后宫不得干涉政治的规矩，所以明朝也没有出现干政的皇后和妃子。周皇后作为崇祯唯一的皇后，也恪守不干政的祖训。然而周皇后对朝政毕竟有自己的想法，她对江河日下的明朝政局也有自己的期待和意见。周皇后经常间接地向丈夫朱由检表达自己的意见，北京城即将被李自成农民军包围的时候，朝廷中隐约地出现了迁都江南的议论，但是文武大臣们谁都不敢承担提议迁都的重担。周皇后这时候委婉地对朱由检说：“我记得我们在南方还有一个家（指的是周家祖居苏州）。”朱由检却未在意，结果白白葬送了迁都时机。朱由检和周皇后夫妻最后见面时，周皇后顿足说：“我伺候陛下已经18年了，您从不听别人的话，所以才有今日！”
朱由检的田贵妃也是江南人氏，来自扬州。田贵妃人长得纤细娇美，多才多艺，很得朱由检的喜爱。朱由检还是信王的时候，田氏就嫁进了王府，在崇祯朝先后被封为理妃、皇贵妃。田贵妃生了永王慈炤、悼灵王慈焕、悼怀王及皇七子。除四皇子永王慈炤在北京沦陷时不知去向外，其他皇子都夭折了。可能因为遭到三个儿子的连续夭折，田贵妃因悲伤过度而病逝。田贵妃谥号是“恭淑端惠静怀皇贵妃”，葬在昌平天寿山。田贵妃死后一年多明朝就灭亡了，田贵妃死时，明朝还有能力为她营建大规模的陵墓，结果一年多后，田贵妃的陵墓却变成了朱由检、周皇后和田贵妃三人的合葬墓，也就是现在北京昌平的思陵。
