健康的肝脏及免疫系统可以完全地破坏病毒物质，无论这些物质是来自于外环境的还是从其他途径进入到血液里的。大多数的人在这些病毒环境中是不会生病的。事实上，现在我们的体内存在大多数体外环境里的病毒。然而，当大量的胆结石在体内形成以后，肝脏会被阻塞及中毒，从而成为了有利于病毒活动的环境。病毒是一种进入寄主细胞内，利用其细胞物质和机能来生成新的病毒微粒的细胞寄生物（还有证据证明病毒可由细胞内的细菌繁殖而来）。但是病毒并不会无缘无故地在细胞里生长或攻击细胞。与我们一般的看法相反的是，病毒通常会“劫持”那些最衰弱和被破坏得最严重的细胞来防止它们发生突变。然而并不是所有的病毒都能成功发挥这项功能，肝癌还是可能发生的。因此在癌细胞里含有的病毒并不应被误解为有致癌的效果。
胆结石里包含着大量的活性病毒。其中一些病毒可从结石里释放进入到血液中。这就形成了慢性肝炎。肝脏的非病毒性感染可能是由胆管被胆结石堵塞释放出来的细菌引起的（并不是导致）。
胆结石存在于胆管里也会妨碍肝细胞处理毒性物质的能力，例如是三氯甲烷、细胞毒性的药物、合成代谢类固醇、酒精、阿司匹林、真菌、食物添加剂及诸如此类的物质。当发生这种情况时，机体会对这些可预料的和其他不可预料但包含在很多医疗药物中的毒性物质产生高度的敏感性。很多的过敏疾病就是起源于这些高敏反应。出于同样的原因，胆结石还可能加剧摄入的医疗药物的毒性副作用，这些副作用可能连（美国的）食品及药物管理局或医药公司都没有觉察到。
最觉见的一种黄疸病是由胆结石堵塞通向十二指肠的胆管和、或胆结石及纤维组织使肝小叶的结构变形而形成的。肝汁在肝汁通道（窦状隙）里的流动被封锁，肝细胞就不能再合成及分泌胆色素，即胆红素。随之，胆汁及其合成的物质将会在血流里积聚。当胆红素在血液里积聚时，皮肤就会被染色。当血液里的胆红素含量超过正常量的三倍以上，皮肤及眼结膜会出现明显的黄染。非结合胆红素对脑细胞有毒性作用。由胆管堵塞所致的胰头癌也会导致黄疸病的发生。
