尽管后来的洛克菲勒以反对借债而著称，不过，每当他需要资金的时候，却总是向他人借取。正如克拉克说过：“在我见过的人之中，约翰可是最会借钱的！”同银行谈判时，洛克菲勒表现出父亲那种计谋多端、善于揣摩对方心理的特点。如果他打算借5000美元，就会让全城人都知道自己想投资1万美元。这个谣言恰恰能证明他的公司有良好的财务状况，而且还能诱使银行进一步向他提供贷款。洛克菲勒对资金的需求只是在南北战争期间才开始大幅增加，因为战争使货物贸易的利润激增。作为克利夫兰一家农产品贸易行的合伙人，约翰·D·洛克菲勒借助这场战争赚取了大把的钞票。在19世纪余下的年头里，他的事业将继续紧随着美国商业的发展而大步前进。
南北战争是洛克菲勒积累财富的一个黄金时期。在这场战争中，他站在联邦政府一方，全力支持废除奴隶制。在1854年写就的那篇中学论文里，他抨击“残忍的奴隶主”逼迫奴隶们“在南方的灼热阳光下劳作。在这种情况下，美利坚怎能认为自己是自由之国”。十几岁时的他就曾向几个援助黑人的慈善机构捐过钱。在那个年代，克利夫兰人普遍支持废除奴隶制。很多当地居民来自新英格兰，一向反对南方的奴隶制。克里夫兰具有有利的政治气候，又是伊利湖畔的重要港口，因而成为逃亡奴隶前往加拿大的中转站。许多秘密搭载逃亡黑奴的船舶就停靠在距离洛克菲勒办公室不远的地方。倘若追捕奴隶的人闯进这座城市，废奴运动的支持者就会跑到位于公共广场的斯通教堂鸣钟，向全城民众发出警报。1860年，洛克菲勒把自己的第一张选票投给亚伯拉罕·林肯。内战爆发前夕，他曾多次参加反奴隶制的群众集会。
萨姆特要塞于1861年4月失陷之后，林肯政府动员75000人走上前线。那么，洛克菲勒为何没有在此时把自己对黑奴的强烈同情转化为实际行动呢？为何对1861年春天的克利夫兰火炬集会和遍布街头的征兵站无所反应呢？“其实，我很想参军尽义务，”洛克菲勒说，“但是，这根本不可能。我们的生意刚刚起步，假如我不留下来，公司肯定经营不下去，还有那么多人指着它生活！”最后这句话是在暗示，他没有上前线的主要原因是父亲弃家出走，自己必须把家人养活下来。联邦政府的征兵令没有具体规定哪些行业的人可以免服兵役，但那些家庭生活的唯一供养人无疑是排除在兵役范围之外的。约翰·D·洛克菲勒在战争爆发时年仅21岁，却无疑就是一位养活全家6口人的“中年父亲”。
和J·P·摩根、格罗弗?克利夫兰、西奥多?罗斯福等人一样，洛克菲勒花300美元雇人替自己入伍，还出钱为一支小部队购买装备。历史学家格蕾丝?古尔德认为，截至1864年，洛克菲勒每年给代人从军者及其家人大约300美元，同时还为许多慈善机构的提供大量捐赠。
洛克菲勒的贸易依赖于市场信息，来自全国各地的电报汇聚到他的办公室，这里也就变成了解战况的俱乐部。他和莫里斯?克拉克挂起两幅大地图，密切注视战争的发展动向。“我们的办公室变成一个聚会场所，”洛克菲勒回忆道，“大家都对战况很感兴趣，许多人经常来这里了解情况。我们密切关注战局，一边读最新的公告，一边研究地图。”
战争爆发时，约翰的幼弟弗兰克还不到16岁，正是血气方刚的年纪。与个性沉稳的约翰不同，弗兰克好冲动，既因此做过好事，也因此犯过错误。他比约翰更善于交际，为人热情，待人真诚。他渴望上战场杀敌立功，却遭到家人的反对。乔治·加德纳后来回忆道，弗兰克向兄长提出要带上75美元去参加联邦军队，却遭到后者的拒绝。用加德纳的话说，约翰把弟弟训斥一顿；“你这个傻小子，怎么可以把用来创业发财的青春岁月浪费在当兵上？”尽管约翰坚决不同意弟弟从军，加德纳却掏出75美元钱借给弗兰克。在以后的年月里，约翰和弗兰克之间还会发生许多充满敌意的争吵，兄弟之间的关系不断恶化。
加德纳给出的可能是约翰的原话，但他也隐藏一些重要的信息。弗兰克早就想偷偷去参军，父亲知道后把他大骂一顿。“小子，”比尔说，“你要是想去打仗，就应该先和家里人道别，然后光明正大地从正门走出去。”约翰不同意弟弟参军的另外一个原因可能是弗兰克因为不够年龄已经被军队拒绝过。如果他坚持参军，就得谎报年龄。为了记住假年龄，弗兰克这一回专门用粉笔在鞋底上写了18这个数字。当征兵站的中士询问他的年龄时，他高声答道：“我已经年满18岁，长官！”最后，约翰的心肠还是软了下来，为弟弟支付了服役3年期间所需的军装费、步枪费和其他装备费用。
弗兰克成为俄亥俄第7志愿步兵团的一名士兵，曾在钱瑟勒维尔和锡达山两次受伤。这可能使弗兰克觉得非常不公平，为什么自己在战场上浴血奋战，大哥却留在家里大发横财？他总是觉得英雄主义让自己付出沉重代价，而约翰却趁机扩大了个人财富。弗兰克一方面觉得自己简直倒霉透了，另一方面又嫉妒事业顺利的兄长。他的哥哥似乎无往不胜，以不可阻挡之势在商道上大步前进。
南北战争加速了美国北方的经济发展，为该地区在战后出现的经济繁荣奠定基础。在战争的刺激下，北方的工业规模迅速扩大，铁路和电报通讯的覆盖范围更为宽广，出现越来越多的煤矿和炼铁厂。美国经济的机械化程度愈来愈高：工厂里，一件件军服从缝纫机下生产出来；田地里，收割机赶着收割谷物以供军需。由于交战双方都要在短时间内把大量的军队从一个战场运送到另一个战场，铁路系统也必须现代化并且扩大通车里程。为鼓励铁路业的发展，联邦政府开始颁赠土地使用权，最终由12家铁路公司分享了1.58亿英亩的土地。于是，洛克菲勒发现自己有机可乘，因为铁路通车里程的迅速增加正在迫使各铁路公司竞相压价。
克里夫兰的战略地位在战争期间凸显出现。南北交战切断了密西西比河上的水路货运交通，东西流向的河流和五大湖区的水路货运量随即增加。洛克菲勒和伙伴们没有拿到利润丰厚的政府合同，却也从飞涨的物价和本行业自身的发展中狠赚一笔。到1862年，公司的年利润激增至1.7万美元，几乎是战前年利润的4倍。
1862年底，洛克菲勒把乔治?加德纳赶出公司，拔掉了这根眼中钉。在此后的岁月里，他无论在口头上还是书面上都只字不提加德纳，把他永远埋葬在记忆深处。1862年12月1日，《克利夫兰先驱报》刊登如下声明：“克拉克一加德纳公司更名为克拉克一洛克菲勒公司，原克拉克一加德纳公司的M?B?克拉克和约翰?D?洛克菲勒仍然在河边路39、4l、43和45号从事农产品贸易。”公司的确取得良好的业绩，此时的它已经能够在一条大街上同时租下4所房子。南北战争把20多岁的洛克菲勒变成了一个富翁，使他拥有投身新产业的资本。然而，与他后来从泰特斯维尔油井攫取的巨额利润相比，战争期间的这点红利实在是九牛一毛而已。
