写有“克拉克－洛克菲勒公司”的招牌在河边路32号仓库上挂了出来，本地工商人士热情地表示欢迎。《克利夫兰领导者报》写道：“作为负责任、有经验的商人，我们推荐广大读者惠顾这家新企业！”对于初涉生意圈的洛克菲勒，成功似乎来得太快、太容易了。看到五大湖区一带的肉类、谷物和其他农产品的运量正在激增，他和克拉克抓紧时间买进卖出。企业草创时期经历的坎坷让两位老板印象至深。开张刚两个月，一场霜冻使中西部谷物损失惨重，两人为此忙乎一阵子。有一次，他们订购了一船大豆，到手的货却只有一半能用，因为里面搀杂着大量沙土和垃圾。洛克菲勒回忆道：“只要办公室没事，我和我的合作人就去仓库拣豆子。”好在这次挫折并没有妨碍公司的整体运作，到了年底，公司的纯利润达到可观的4400美元，是约翰在休伊特－塔特尔公司最高年薪的好几倍。
由于黄豆生意做砸了，约翰不得不再次向老比尔举债。即使是对自己的儿子，比尔也要在钱的问题上耍一耍花招，然后找些借口为自己的无赖行为辩解。他曾对斯特朗茨维尔的邻居吹嘘：“我在钱上面耍几个小把戏，骗过了我的儿子们。只要我想赢，就能赢。我要让他们学聪明一点！”在与父亲打交道时，洛克菲勒完全是跟着对方的意思走。然而，他在回忆录里把比尔玩弄借钱伎俩的行为美化为给自己传授宝贵的经营教训。他这样写道：“感谢父亲，正是他传授给我许多实际经验。他从事过许多行业，经常给我讲述心得体会，指出它们的意义。他还教给我经商的原则与经商之道。”
洛克菲勒对父亲很了解，后者在钱的借贷问题上时而大方痛快，时而如守财奴一般吝啬。他回忆道：“我们在金钱上的关系常常令我感到焦虑，完全不像我现在回首往事时所说的那么有趣。”洛克菲勒尽管流露出一些反感情绪，但对父亲的所作所为还是忍让为主。比尔在借钱给别人时没有什么利他主义的考虑。只要他想把钱要回来，就敢在最不适宜的时候向债务人讨债。“在我最需要用钱的时候，他可能会冒出一句‘儿子，我得把钱拿回来’，”约翰·D在回忆录中写道，“我的回答是：‘没问题，马上就给你！’我知道他是在试探我。等我把钱还给他，他又会在几天后把这笔无处可用的钱重新借给我。”
1859年4月l日，乔治·W·加德纳作为合伙人加入克拉克一洛克菲勒公司。加德纳是克拉克在奥蒂斯－布朗维尔事务所的同事，他的到来有助于增强公司的资金实力。与洛克菲勒这种完全依靠个人打拼起家的年轻人不同，加德纳是克利夫兰一个著名家族的后人，后来曾担任克利夫兰市长和克里夫兰游艇俱乐部主席。随着加德纳的到来，公司更名为“克拉克－加德纳公司”。更名的原因很简单，“加德纳”这个姓氏能够吸引更多的客户。洛克菲勒向来不喜欢为个人利益大吵大闹，因而在当时没有对自己地位的降低多说什么。不过，他在后来还是发出抱怨：“这种做法对我太不公平。要知道，我是一名称职的合伙人，加德纳只不过带来他自己的那份资本，但我还是忍住了！”这件事很能说明洛克菲勒的性格。他认为在自尊受伤后向人发作是不恰当、不符合基督教精神的。
洛克菲勒注定要与加德纳和克拉克发生冲突，因为他总是那样恪守教规，一本正经，不知疲倦地工作。“还不到21岁，我就被大家唤作‘洛克菲勒先生’，”他回忆道，“对年轻时的我而言，生活就是一桩严肃的生意。”只有当一笔利润丰厚的买卖做成时，他才会流露出几分年轻人应有的快乐。他很看不惯克拉克和加德纳的懒散工作方式和不虔诚敬神的态度；后两者则认为前者惯于令人扫兴，叫人心烦，但办公室里的事情还离不开他的处理。
洛克菲勒担心合伙人的不检点行为会影响企业获得贷款，于是屡屡对两个比自己年长的合伙人进行规劝。加德纳与3个朋友出资2000美元购买一艘游艇，此事遭到洛克菲勒的尖刻批评。一个星期六上午，加德纳刚想偷偷溜出办公室去与众人泛舟取乐，却看见洛克菲勒正满脸不高兴地埋头记账。
“约翰，”加德纳笑道，“我们几个人想开船出海，你也去吧！到办公室外面走一走，暂时把生意放到一边，这对你很有好处！”这番话恰好触到对方的痛处。“乔治·加德纳，”洛克菲勒气呼呼地叫道，“年轻人里面就数你奢侈！像你这种生活刚起步的年轻人，居然迷上了游艇！你正在毁掉自己的银行信誉——你的信誉，还有我的信誉……不，我不上你的船，连看都不想看！”话音刚落，他又埋头看账本了。“约翰，”加德纳说，“你我在一些事情上可能永远说不到一块儿去。在我看来，你在这个世上就喜欢钱。我的想法和你不一样。我这辈子得边工作边给自己找乐子！”
