这时，代表威斯康星州国会议员的约瑟夫·麦卡锡开始插手此事。麦卡锡在1950年至1953年期间任国会常设委员会调查分委会主席时，决意进一步增加民众心中的“红色恐怖”，并继续在美国人中推行他借共产主义为名的政治迫害。麦卡锡所关注的不是好莱坞，而是关注共产主义对政府部门的所谓“渗透”。在1950年的一场演讲中他装腔作势地挥舞着一份所谓共产主义分子及其同情者名单的文件，声称共产主义渗透入美国的国务院。美国国会为此专门成立一个特别委员会，调查麦卡锡的指控，但是发现这些指控都是无中生有。但是他还是不知悔改，利用自己的地位和权力，继续推动歇斯底里的反共运动。他毫无根据地胡乱谴责任何他怀疑可能是共产主义者的公务员和政府官员，并在国会主持一系列的完全公开的听证会。这些被指控的个人必须在这样的听证会上证明自己的清白。该委员会的狂热、无中生有的指控经常毁了人们的生活却毫无悔意，任凭受害者在政治迫害的漩涡中苦苦支撑。
爱因斯坦建议许多被麦卡锡瞄上的人拒绝与这些非法听证会合作，包括由国内安全委员会和国会类似于众议院非美活动调查委员会主持的听证会。他认为这些调查活动有违宪法规定的个人权益，并在1953写信给纽约布鲁克林的一位教师威廉·弗劳恩格拉斯，建议他说：“我觉得用甘地的非暴力不合作的方法最合适……拒绝作证的同时还应该声明这种拒绝是基于这样的认识，即让清白的美国公民接受这样的调查是让民主和人权蒙羞的，也是违反美国宪法精神的。”给另外一个类似的受害者的信中，他写道，在美国这样标榜自由的国家，公民不应该因为其属于特定的政党而被国家清算。
1953年，麦卡锡决定将清除共产党的运动推广到军队。他声称军队里也被共产主义渗透，并命令在军队里广泛开展调查。在各种各样的听证会里，军队的法律代表觉得麦卡锡信口开河的指控太过分了，气愤地朝他咆哮：“你能稍微有点羞耻感，行吗，先生？你这个人能留下点羞耻感吗？”麦卡锡的影响力开始消退，特别是1954年一场通过电视向全国直播的听证会过后。那场听证会让全国数百万人首次领教了麦卡锡那套政治迫害的方法，也使他的疯狂做法更加失去人心。1954年底，国会通过一项议案，一致投票通过批评麦卡锡参议员“引领一种负面的潮流，导致国会陷于不名誉、不光彩的尴尬境地”。从那时起，“麦卡锡主义”成为政府任意惩罚怀有不同看法、进行政治迫害的代名词。麦卡锡身败名裂两年半以后，死于过度酗酒导致的肝硬化。
由于麦卡锡主义大行其道，爱因斯坦大感失望之余，以前曾对政客抱有的幻想彻底破灭了。他号召人们将无德政客拒之于科学发展的决策之外。他在1952年写道，既不能让这些政客控制科学，也不能让其阻止国与国之间自由的科学交流活动。他不相信政客，认为他们的不可信是注定的，特别是在和平时期。不过他认为在战时，政治家倒是可以通过政治动员将人们组织起来准备战斗，将工作朝向赢得战争方面努力。
1953年，爱因斯坦在物理学方面的活动还是很少。他的身体状况不断走下坡路，身体上的不适让他感觉到年岁不饶人的无奈。这年夏天，甚至连他在普林斯顿大街上蹒跚而行的情景都很少见了。当他听着树阴里陪伴了他十七年的知了的清鸣，想必总在问自己，这次是否最后一次看到这些景象；那些吃着冰淇淋、逗小狗和邻居们闲聊的平淡而祥和的日子可能很快就要随他而去了。他在这年还是设法写了一篇关于统一场论的短文章，这是他关于这个题目的最后一篇文章。在文章中，人们仍能感觉到他始终如一的乐观和自信。
1954年，爱因斯坦患上溶血性贫血症，即他的骨髓不能产生足够的血液红细胞来补充正常代谢损失的数量，但依然坚持写作他的最后一篇科学论文。这篇文章的合作者是女物理学家布鲁里娅·考夫曼。她是一位生于巴勒斯坦，在美国接受教育的年轻物理学家。这一整年，考夫曼到了爱因斯坦家数次，向他报告论文的进展情况。他们将在下一年完成整篇论文并最后发表。
1954年，正当麦卡锡和非美活动调查委员会的政治迫害甚嚣尘上的时候，美国有关部门称前洛斯阿拉莫斯国家实验室主任、“原子弹之父”罗伯特·奥本海默是共产主义同情者。奥本海默的兄弟弗兰克20世纪30年代加入了共产党。这个家庭联系使得他更加为神经过敏的美国政府所猜疑。政府人事安全委员会为此召开听证会，认为奥本海默行为不可预测、不能信任，宣布收回对他的忠诚调查的肯定。他们还解除了他在原子能委员会的职务，并大力消除奥本海默在该委员会决策和学术界的影响力。委员会所作出的结论部分基于备受后人诟病的“氢弹之父”爱德华·特勒的证词。他在证词中也对奥本海默持有相同指控，可能因为奥本海默在位时曾极力反对制造氢弹，成为他推动氢弹制造的绊脚石（巧合的是，第二颗氢弹同一年在比基尼环礁试爆，将其中三个小岛夷为平地）。
