蔡锷望着这个老友，百感交集。他想说，从今之后，我们的一生里，可能总免不了命运坎坷；可能总会有灭身之祸、可能有牢狱之灾总在追随着我们，被追捕、被通缉、流亡海外，可能都会是家常便饭。那时候，我们不论生死，都要魂魄凭依，不辜负我们远渡扶桑、寻求救国真理的这一段因缘……
然而他最终什么也没有说。他在黄兴的肩背上轻轻地拍了几下，便催促黄兴上船去了。国事如麻，局势险恶，好友话别，千言难语，此时此际也真是无声胜有声了。
蔡锷站在岸上，遥望着渐渐远去的海轮，遥望着渐渐模糊隐去的黄兴的身影，想着当前的国事，眼前的遭际，心头也禁不住升起了一股淡淡的惆怅。他心里很清楚，这个时代马上要天翻地覆了，自己必须要早做准备，未雨绸缪！
1905年夏天，蔡锷到达广西，出任广西新军总参谋官兼总教练官及测绘学堂堂长等职。
7月，秋瑾又一次离开上海东渡，这一次她是应黄兴之邀代表光复会前去日本共商革命大计的。7月19日，孙中山乘船抵达横滨。不久，孙中山、黄兴、秋瑾以及兴中会、华兴会、光复会、革命同志会等革命团体的代表75人在东京赤坂区召开会议，筹备成立同盟会。8月20日，中国同盟会正式成立，会议一致同意孙中山先生为总理。孙中山当即指派黄兴为执行部庶务，并规定在总理缺席时由黄兴全权主持会务。
同盟会把“驱除鞑虏、恢复中华、创立民国、平均地权”作为同盟会的正式纲领。同盟会成立后，黄兴留在东京主持日常工作，具体指导国内的革命斗争；孙中山由于受到清政府的通缉，在日本行动也很不方便，因此仍然返回檀香山；秋瑾则乘船返回上海继续从事革命活动。许多同盟会员特别是湘桂两省的同盟会员，如石陶钧、曾广轼、雷飚、谭人凤、李燮和等，都纷纷来到广西，在蔡锷的掩护与领导下，秘密从事革命活动。
此时杨度继续活动在东京中国留学生各派势力之间，蔡锷走后，他与梁启超、黄兴等保持着紧密联系，在孙中山莅日期间，由他引荐，黄兴主动拜谒了孙中山，两个人进行了通宵长谈。除此以外，他还通过驻日公使蔡钧，加紧了与袁世凯的联络。
此时的袁宫保，正值气雄万夫的好时候。1905年以及1906年，清廷分别调动数万新军，先后在直隶河间、河南彰德地区进行了两次军事演习。河间会操总兵力达四万五千多人，彰德会操总兵力为三万四千多人。如此规模的演习，在清王朝的历史上空前绝后。
袁世凯以全国练兵处会办大臣的名义主持这次会操。会操期间，袁世凯和阅兵处的官员观操于高坡之上，跃马于两军之中，指点得失，评判优劣，出尽了风头。这两次军事演习，也使袁世凯的威望达到了前所未有的程度。
这几年来，袁世凯可谓如鱼得水，正在雷厉风行地推行新政。除督练新军外，在警政、实业、教育、官制、宪政五个方面进行全面改革。无论是从动作上还是效果上，显然都已超过了当年的李鸿章。他创办了天津银元局，为北洋集团开辟了雄厚的财源。他还顶着极大的压力，自己作主向国外贷款，修建自己的铁路。1905年5月，袁世凯任命詹天佑为京张铁路总工程师兼会办局务。4年后，詹天佑不负众望，按期出色地完成了工程。除此之外，他还创办了中国的警察制度。这也是袁世凯全面引进西方军事思想和制度的重要组成部分，袁世凯也因此成为中国警察的创始人。
