从某种程度上讲，汉武帝还推动了学术发展。在武帝时代，至少有几本重量级的著作问世——《史记》《淮南子》《春秋繁露》。《春秋繁露》是儒学大师董仲舒的代表作，《史记》是中国历史上最伟大的一部史书，《淮南子》则是一部混杂多家思想的巨著。因此说汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”这个提法，并不太确切。
但是“独尊儒术”的提出，在中国学术史上还是产生很大的负面影响。它不可避免地引导学术传统转向儒学，使儒学的地位一下子跃居于其他学派之上，成为思想领域的权威。在之后两千年，虽然各思想流派之间势力在不同时间段有彼此消长的现象，但儒学作为主流，特别是官方意识形态，这一点大体是没有太大变化的。这也在某种程度上决定了中国的古代思想，跳不出前人所界定的框架，在没有强大的异端思想挑战的背景下，也难以维持其活力。
道家思想固然在“独尊儒术”的背景下遭到重创，但仍然一直是中国最重要的思想流派。墨家思想在专制的土壤下已经无法生存，而法家思想则在“儒家”的外衣下，继续发挥着重要的影响力。汉武帝时代，真正受到致命打击的，可能是民间盛行的游侠精神。
有人认为，中国的侠义精神，乃是源于先秦的墨家思想。这个结论是否正确，暂且不说。韩非子说过：“儒以文乱法，而侠以武犯禁。”儒学一旦与政治同流，成为立法的根据，便完全合法化了；而以锄强扶弱为己任的侠义思想，必然走向强权政府的对立面，成为强权专制政权的眼中钉、肉中刺。
侠士在初汉时还很有社会影响力，随着君王专制的发展，这些以武力行使道义的人，越来越被政府所深恶痛绝。这点我们从《游侠列传》中可以看出端倪。汉景帝时，皇帝派遣使者诛杀以豪侠闻名的济南人瞯氏、陈地人周庸；一代侠客郭解的父亲也是侠士，在汉文帝时被诛杀，而郭解本人则在汉武帝时被诛杀。
郭解被诛杀是一件很大的事。因为郭解不是一般的人物，司马迁记载：“天下无贤与不肖，知与不知，皆慕其声，言侠者皆引以为名。”俨然是天下侠士的偶像。而郭解被杀完全是政府的阴谋。在一次宴席上，客人们都称誉郭解，有一个儒生很不以为然，就说：“郭解专以奸犯公法，何谓贤！”但这儒生随后便横尸街头，估计是郭解的一个门客所为。官府要求郭解交出杀人犯，但郭解自己也不明白终竟何人所为，这是一桩无头公案，最终官府以证据不足，判郭解无罪释放。然而，作为御史大夫的公孙弘决心将郭解置于死地，他的理由是：“解布衣为任侠行权，以睚眦杀人，解虽弗知，此罪甚杀之。当大逆无道。”意思是说，郭解虽然对这桩谋杀案不知情，但他是侠士的领袖，侠士就专干杀人这样的事，跟政府对着干，这就是大罪，就是大逆不道。在公孙弘的坚持下，一代大侠郭解最终难逃一死。
从郭解事件可以看出，到了汉代武帝时期，政府对侠士的打击，并不仅仅是因为“以武犯禁”或“杀人”，而是“为任侠行权”，也就是侠士行使公然君王法令之外的一套权力。这一点无疑极大的刺激君王“履至尊制六合”的尊严与权力。所以，以尊卑定秩序的儒家思想的兴起，游侠精神便一蹶不振了。
“罢黜百家，独尊儒术”思想的提出，虽然是大势所趋，有其合理的一面，但加剧了中国思想领域的保守色彩。此后君权愈盛，而民权愈衰矣。直到两千年后，西学东渐，民权、自由的思想彻底颠覆了传统的儒学，儒学作为官方意识形态，才最终退出历史舞台。
