从咸丰末年到辛亥革命前夕，是日升昌的又一个发展时期。第二次鸦片战争以后，清朝官吏腐败骄奢，贿赂成风，社会动荡，盗匪丛生。为了避免鸦片贩子、走私商人之类的生意与票号发生关系，票号的服务对象由过去的以工商铺户为主，向官吏、豪绅和工商铺户并存转变。尤其是经过咸丰、同治年间的太平天国革命之后，官府与票号的关系更加紧密，凡军饷、赔款、丁粮、厘金、赋税和官府财政款以及卖官爵钻营行贿的赃款，也都由票号过局。这个时期是日升昌的极盛时期。据1906年对日升昌票号14个分号汇兑统计，收汇款高达1633660两，交汇款达15891544两，日升昌票号的汇兑额扩大了，基础规模也更扩大了。一纸汇票一到，10万、100万的现银立即到手。日升昌于是信用显赫，远近闻名，但是这种依靠政府收入的业务模式也为日升昌日后的衰落埋下了伏笔。
辛亥革命之后是日升昌票号的衰落时期。特别是随着清王朝的灭亡和辛亥革命的成功，日升昌和其他票号遭到了前所未有的打击和毁灭。日升昌危机爆发的外因集中以下几个方面：一是外国银行的入侵，中国银行、官钱局的设立，使票号逐渐处于不利的竞争地位；二是帝国主义不断侵略，国内战乱连绵不断，严重破坏了还很脆弱的商品经济，票号受到了很大影响；三是国内交通、通讯条件的发展，金融流通加快，票号的优势开始减退。
而安于现状、不思进取、固步自封则是日升昌事业衰败的内在原因。日升昌曾经失去几次历史机遇。清末，清政府组建大清银行要日升昌入股，被平遥总号拒绝；外资银行要求日升昌合资组建银行的提议也被拒绝。日升昌自我封闭似乎正是其自我毁灭的开始。后来的经营者热衷特权、依附权势、放弃自强自立，同时骄奢淫逸、贪图享受的风气，使衰亡成为必然。
日升昌倒闭的导火索是一个突发事件。1914年，日升昌北京分号经理侯垣因担保祁县合盛元票号受到牵连，被债权人起诉，潜回平遥，平遥总经理郭树柄怕被牵连也选择了潜逃之路，致使日升昌被查封，此后，一蹶不振。1910年，当财东李五典聘请郭树柄任总经理时，股东不参与经营管理的制度被打破，李直接参与股权设置、经营管理，导致股东、经理都负责又都不负责。而后，日升昌经历了破产、整顿、债权做股东、复业等几个艰难阶段，已经不能与过往的辉煌同日而语。1932年，日升昌改营钱庄，逐渐退出了历史舞台。
