西藏有一条谚语说：自己做的青稞酒，再苦也得喝下去。这些日子里，桑结甲措就是在大口大口地喝着14年来自己酿造的苦酒。
转眼到了第二年正月，康熙皇帝命他回奏的限期已经到了，他只好硬着头皮给皇帝写了一封密奏信：
“众生不幸，第五世达赖喇嘛于壬戌年示寂，他转生的净体今年已经15岁了。当时因为担心西藏的民众由此而发生动乱，所以没敢发丧。现在应当请新达赖坐床了，时间想放在藏历十月二十五日宗喀巴圆寂的纪念日。恳求大皇帝暂时不要宣布或泄露出去。至于班禅，是因为还没有出过天花，所以才没有敢应召去京。济隆已经畏罪潜逃到康巴地区去了，尚不知藏在何处，我已经没收了他在拉萨的产业，以后当竭力把他捕送到北京去，到时候乞求皇上能保全他作为一个受过佛戒的人的性命……”〔1〕
桑结甲措把密奏写好之后，选派了心腹之人尼玛塘夏仲等，连日赶送京城。
他急等着皇帝的批复。能否得到宽恕，吉凶尚难预料，他的心绪日夜不得安宁。只是有两点可以使他得到些许的宽慰，一点是噶尔丹毕竟还在人世，不无死灰复燃的希望；另一点是那个五世达赖的转世灵童，早已在他的掌握之中，必要时就可以立起这根新的支柱。作为一个政治家，他对今日出现的危机形势是有过预测、有过准备的，不然，可就一筹莫展了。
他虽然不愿意设想自己有下台的可能，更不敢揣测有掉脑袋的一天，但是在等待皇帝批复的时日里他能做些什么呢？不知怎的，他产生了整理自己的著作的念头。说干就干，于是埋头改订起他的手稿来，以此来强行排遣内心的忧虑与惶恐。在已经完成的几部著作中，他比较满意的是《五世达赖灵塔记》和《五世达赖诗笺》；再就是关于历算方面的《白琉璃》，关于医药方面的《蓝琉璃》，关于寺庙方面的《黄琉璃》。如果有时间，他还准备写文史和法典方面的文章以流传后世。不过，他毕竟不可能把主要精力用在这种事情上，因为生前的显赫比身后的荣耀对他有着更大的吸引力，攫取权力比留下著作更为重要。不然他就不会是一个毁誉不已的第巴，而是一位更有成就的学者了。
尼玛塘夏仲一行带着桑结的密奏，朝东北方向一路奔去。在几个驿站上都听到同样可靠的消息，说皇帝已经统领着数不清的精兵良将正向西南方向进发。他们吓得面面相觑，却不敢言语。心想，是不是真的亲自来讨伐桑结甲措了呢？如果是那样，就怪我们路上走得慢了，信送到得迟了，惹怒了龙颜。于是日夜兼程，不停地换马。他们一个个跑得面黄肌瘦，骨头都像断了似的。三月间，果然在宁夏迎见了皇帝。
康熙到底出来干什么呢？他考虑，当时在中国西部广大地区的蒙古部族共有四大部，即杜尔伯特、土尔扈特、和硕特和准噶尔，统称厄鲁特或卫拉特。其中最强大又最有野心的就是以噶尔丹为首的准噶尔部。如果不把准噶尔彻底歼灭，即使京城一带不再受到威胁，西部地区也还会燃起战火。于是在二月间开始了第三次御驾亲征。
噶尔丹遭到毁灭性的打击后不到一年，虽然又纠集了一些人马，但他毕竟不是皇帝的对手，一经交战便连连败逃，一个月内，所属的部众已剩下不足千人。他想回到他的老根据地伊犁去，但是那里已经被他哥哥僧格的儿子策妄阿喇布坦吞并了；他想退到青海去，但是那里的部属也已经相继叛离了；他派他的儿子塞卜腾巴尔珠尔到哈密去征调军粮，又被回族人抓住献给了皇帝；最后，他想到西藏去投奔桑结甲措，但是西路屯留军已经阻绝了通路；皇帝还亲率着大军紧追不舍。众叛亲离的滋味儿，走投无路的处境，丧家之犬的沮丧，使他的野心完全破灭了，精神最后崩溃了。绝望之中，他终于在闰三月的一天，端起了一碗毒药，自言自语地说：“我受了骗，也骗了佛，骗了人，最终骗了自己。康熙皇帝太厉害了，和他打仗是最大的错误！我后悔极了……”说罢，将毒药一饮而尽。这年噶尔丹53岁。
