发表鲁迅论文的杂志《河南》，主编者是刘师培。这一年秋天，刘师培和邓实创办了《国粹丛编》，刊登了一些冗长的考据文章，现在，他又要创办一个《河南》杂志，请周作人在南京时的同学孙竹丹向鲁迅约稿，鲁迅便给《河南》第一期写了《人间之历史》(收入《坟》时改名为《人之历史》)。
《人之历史》是鲁迅关于生物进化论的介绍性文章。鲁迅自从在陆师学堂接触了《天演论》以来，一直感到生物进化论对于变革中的祖国是很需要的，因此，他希望让祖国人民多了解这一生物学的真理。于是，此次他便介绍了德国坚定的科学达尔文主义者恩斯特·海克尔的种系发生学及其一元论的生物重演律学说。
海克尔在1899年出版的《宇宙之迷》一书，总结了古生物学、比较解剖学和胚胎学等，建立了种系发生学。这一新的学说证明：人类个体胚胎的发育过程反映了物种的发展过程，个体发育过程就是种系发展过程的精简和缩短的重演。因此，人类个体胚胎发育的各个阶段，再现了生物进化的整个历史发展过程，即再现了人类发展的历史过程。鲁迅通过对这一学说的介绍，着重说明人类的发展过程是一个从"无生物"到"有生物"的不断演变过程，人是从没有生命的无机物逐步进化、最后从猿猴类变来的，而不是神创造的，海克尔这种学说给宗教黑暗势力以沉重的打击，引起了反动神学家的极度仇恨，列宁曾说："攻击海克尔的神学家真是不可胜数。御用的哲学教授们用尽一切恶毒的字眼来辱骂海克尔"，他以兴奋的心情赞扬这个敢于向上帝挑战的科学家说："看一看这些干枯在僵死的经院哲学上的木乃伊怎样被海克尔的几记耳光打得两眼冒火，双颊发红(也许是生平第一次)，这倒是一件大快人心的事"(《唯物主义与经验批判主义》)。
鲁迅以一个"精神界之战士"的敏锐感，发现了海克尔学说的意义；于是，他选定这种学说加以张扬。那时，海克尔的《宇宙之迷》已有日译本，鲁迅便复述了书中的一些内容，他介绍这些内容，其锋芒所向是很清楚的，文章一开头就提醒人们注意"中国抱残守阙之辈，闻新声而疾走"的情况，鲁迅渴望科学的强大力量，人类进化的法则，能战胜这些陈腐的，阻碍祖国新生的力量。
1908年，鲁迅先后又发表了《摩罗诗力说》、《科学史教篇》、《文化偏至论》等论文，在这些长篇论文中，鲁迅的精神救国的思想表现得更明朗，更强烈了。
他的这三篇论文，反对寻找救国道路时走"唯物极端"的道路，否定走纯物质、纯科学技术救国的道路，而坚决主张走精神解放的道路，个性解放的道路。
发表于1908年6月的《科学史教篇》，说明了在中国社会改革的根本关系中，物质性的科学技术与精神性的社会思想理论、文学艺术等等，何者更为重要，何者才是拯救民族的当务之急。他用科学发展史实的丰富资料，说明科学在人类社会发展中的伟大历史作用。但是，他又提出一个令人思考的问题，即科学技术既是人类社会前进的一种推动力，那么，科学技术本身的推动力又是来自哪里呢?这确实是当时主张科学救国的人很少想到的，而鲁迅通过对科学史的钻研，却发现了科学的发展往往要靠一种"超科学'的力量，即精神的力量，包括道德、理想、爱国精神等等。也就是说，人的精神、理想等，才是科学发展的推动力。他说："科学者，必常恬淡，常逊让，有理想，有圣觉，一切无有，而能贻业绩于后世者，未之有闻"。"科学发现，常受超科学之力，易语以释之，亦可日非科学的理想之感动，古今知名之士，概如是矣"。此时，鲁迅把超科学之力，即"理想"、"圣觉"的力量，不仅看作是科学前进的推动力，同时看作是人类社会前进的推动力。这种把精神因素当作社会前进终极力量的历史唯心主义观点，使他引伸出的结论，便是要救中国，不能"以科学为先务"，而应当以"超科学"的精神为先务。
从这种基本见解出发，鲁迅把他开始热烈追求的能够激发人们精神的文学艺术的地位提高了。在《科学史教篇》的结尾，鲁迅告诫人们，科学固然是神圣的，但是社会决不可以走只是崇尚科学知识的极端，一旦走上这种极端，人类美好高尚的情感和明晰敏锐的思想将会消失，社会将走入寂寞，科学也将随之走向虚无的深渊。因此，人们不仅要求有牛顿、波义耳、达尔文、康德等科学之星，而且也要求有莎士比亚、拉斐尔、贝多芬、卡莱尔这样一些文学艺术的豪杰，这些文学艺术家在人们心中唤起的精神和情感，将给世界增色，并将不断地丰富人类的文明。鲁迅提醒人们不要急功近利地一味追求物质而忘记精神的作用，他认为，对于处在精神贫困状态的中国人来说，要获得新生，这是至关重要的。但是他把人的精神看成是一种终极的神秘的圣觉力量，认为它是扭转世界的杠杆，则显然是一种空想。
