企业风险投资的策略原则导致其他一些专业而独立的风险投资根本不会遇到的挑战。独立的风险投资通过多种方式使其投资组合多样化；它们不需要支持任何一个特定公司的策略。这样就降低了它们的风险，同时增加了其投资组合的收入。大多数风险投资可以不带感情因素、不分部门地决定收购什么，保持什么，出售什么，终止什么。对于策略性企业风险投资者来说，这一原则并不适用。策略性指示本身是一种好的指导，但另一方面，它也是一种拖累。策略性投资意味着基金的投资是有中心、受约束的，因此相对是无变化的。对于企业风险投资来说，这就意味着要被迫在更加系统化的风险（不仅关系到其自身投资组合内部，而且也关系到母公司的核心业务）和忽略策略原则进入更远而未知的领域之间进行选择。策略性企业风险投资也会以与独立风险投资资本不同的方式导致与出资公司间潜在的矛盾。不同于独立风险投资公司，策略性企业风险投资出资者希望从其投资中获得的不仅仅是有利的财务收入。他们想要得到特权以便及早获得使用有助于母公司的新想法和新技术。如果受资助的初创企业在某些方面取得成功，他们希望能够获得授权，与其合作或者将其收购的优先权和有利条件。这些母公司的利益导致了策略、组织以及金融上的困境，而这些问题是独立的风险投资企业绝对不会遇到的。策略性企业风险投资出资者的利益和初创企业独自的利益在将其各自的效益最大化上存在着固有的矛盾。
例如，初创企业可能想要寻求更多不同的合作者，或者希望通过比较，出售给出价最高者。解决这样的利益冲突，许多企业建立了内部“屏障”，将母公司与其企业风险投资基金完全分隔开。这样的屏障防止母公司对其出资的初创企业享有特权，或者与其相比享有不当的优势。这样做的困境在于它们首先取消了公司投资企业风险投资的强制性策略原则。如果公司通过投资不能获得特殊优先权、优势或信息，那么投资的意义是什么？这些紧张的局势和挑战中没有一个能够独立导致人们抛弃企业风险投资资本的想法。然而，要想成功，这些问题必须都要解决。为了使企业风险投资起到良好的作用，必须谨慎平衡这些问题。IBM如何用更少的钱赢得创新为成功的企业风险投资计划要早于最近的企业风险投资热潮，而且持续时间更久，这并不奇怪。关于这些更为平衡、折中和持久的方式，医药产业提供了很好的例子。这就意味着在卫生保健上的投资，主要是在医药品和生物技术上的投资。此外，葛兰素史克公司还通过参与外部引导、独立管理的风险投资基金，如Euclid SR.公司、强生公司、美国礼来制药公司、默克公司和其他医药公司，进行其他更多种类（但仍以卫生保健为中心）的投资，而其他医药品公司也实施了同样经过谨慎权衡和折衷的企业风险投资策略。许多其他不同产业中的公司也都设法成功地实现了这样的做法，包括伊士曼化学公司（EastmanChemical)及其伊士曼风险投资部。
