（1）总体大于部分之和
如同彼得·圣吉所说：“你不能把一头大象一分为二”，系统整体所展现的特征不能通过研究系统中任何部件而获得，因此必须从整体上研究和看待系统。从某种意义上讲，系统思考的精髓就是整体思考。
简单而言，如果把构成系统的各实体的特性看成“1”的话，那么系统整体的特性就不是各实体特性的算术累加或平均，也就是说“1+1 2”。之所以如此，其原因就在于那个“+”，即实体之间的连接（相互作用）。如上所述，连接是系统的基本构成要素之一，也是系统思考中最重要的概念之一。
系统的这一特性在有些复杂系统中就表现为“涌现”（emergence）。比如一群鸟，规模比较小的鸟群通常会排成V字型队列，头鸟飞在V字的顶点，其他鸟儿有规则地排在后面，像一个听诊器。无论鸟儿怎样在天空中高飞或盘旋，鸟群整体的形状却基本保持不变。
（2）没有绝对的“正确”答案
日本管理学家大前研一曾指出：按照传统的思维模式，相同的原因一定会造成相同的结果。然而在当今复杂世界中，却并非如此。对于动态性复杂系统而言，系统由多个实体持续动态地相互影响、相互作用，具有成百上千个变量，而且时间的函数随时随地都在变化，从而使其行为具有多种可能性、不确定性，在某种程度上讲甚至是不可预测的。例如，将一枚硬币抛向空中，其结果基本上是可预测的；但如果将企业的一款主力产品降价10%，结果会如何？
尤其对于动态复杂性系统，一组变量相互联系，产生多重反馈，就会自发性地创造出新秩序（称为“自组织”或“涌现”），无法预测。在这方面，复杂性理论学者常用“蝴蝶效应”来阐释：亚马孙雨林里的一只蝴蝶扇动了一下翅膀，将引发美国佛罗里达海岸的一场龙卷风。这只蝴蝶起飞时拍打翅膀，造成空气运动，形成了本地的一种大气运动格局，由于全球大气系统的相互联系，经过一段时间的一系列复杂作用，可能引发全球气候格局的变化，从而造成某处的龙卷风。由于其内部系统联系的复杂性、微妙性、多变或易变、不稳定性，无法造成固定的联系或模式，其结果难以预测。
（3）因果互动
对于动态系统而言，因果关系并非单方向的运动，而是不断循环，互为影响。例如，对于人口问题，某一段时间之内的出生量导致人口总量增长 在这里，出生量是因，人口总量是果；然而，由于人口总量越多，一定时期之后每年的出生量也会增长 在这种情况下，人口总量是因，出生量是果。再如，虽然人们尚未破解是先有鸡还是先有蛋的难题，但鸡与蛋确实是一个互为因果的动态作用关系 鸡越多，生的蛋就越多；而蛋越多，孵出来的鸡也就越多，如此循环往复、周而复始。在这些例子中，因果并不是绝对的，而是相对的、更替的。
其实，这一特性早就蕴涵于古老的中国哲学之中。例如，《老子》四十二章云：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”可见，在老子看来，道是万物衍生的本源。那么，什么是“道”呢？“道”是如何运动的呢？《老子》四十章对此作了回答：“反者道之动；弱者道之用。”学者陈鼓应指出，历代的研究学者普遍认为，这个“反”字有两层含义：相反对立和循环往复，它们在老子一书中都有蕴涵，是老子思想的核心。而这种因果互动、循环往复的特性是系统运作的基本方式。
