1971年的“九一三”事件后，林彪一下子从神变成鬼，他的历史受到彻底清算，来了个大翻个儿。
父亲因九届二中全会期间留北京值班未参加会，加上他那种除工作外对其他事情一概不过问不打听的自我封闭作法，使他对“九·一三”之前中央领导层内部已经出现并急剧发展的反常情况并不清楚，也很不敏感。中苏关系虽有所缓和，但战争威胁并没排除。作为分管作战工作的副总长，他满脑子是战备工作，每天忙得不可开交，没人跟他“路线交底”或透风。9月13日10时左右，周恩来在人民大会堂向几位副总长传达了林彪出逃的消息，父亲犹如晴天霹雳，简直不相信自己的耳朵，随之陷入了迷惘之中。但当时并没对他进行隔离审查，周恩来还向父亲布置部队的戒备工作。
9月24日，父亲随副总理李先念赴越南访问，他原定的任务是结束访问后代表团回国，他一个人留下来，赴越南南方考察战场，学习越南抗美经验。但到9月28日代表团回国前，突然通知他与代表团一起回国。在机场周恩来等中央领导找父亲谈话，让他揭发黄永胜。
从此，父亲开始了漫长的隔离审查生活。他在总参工作了2年零4个月，隔离审查时间是7年零6个月。最初的3个月仍在西山的机关住地，从1972年1月之后，便移交北京卫戍区3师看押，地点不详，事后我们才知道在北京的通县管庄。
在此羁押的人员不少，几栋楼关得满满的。每个人由一个班看押，关押条件极其恶劣，关押期间不能与任何亲属见面。父亲说这些人里，哪条线上的人都有，有的老同志“文革”初期就在这里了，林彪事件以后许多年还没有出去。海军参谋长张学思就是在这里被折磨至死的。在此期间，父亲生死不明，我们承受着巨大压力。
随着审查的深入，父亲大多数问题被排除了，但在“第一号号令”问题上始终过不了关。被定性为 “林彪政变反革命预演”的 “第一号号令”像一座山似的压在父亲头上。
1971年底，负责对父亲审查工作的副总长张才千、陈继得同他谈话时，郑重严肃地告诉他：“总理已经讲了，‘一号号令’是林彪进行反革命政变的预演啊！你要充分认识问题的严重性，做深刻的反省交待。”
父亲问定性的根据何在？
“总理问过主席：知不知道林彪发过一个‘一号号令’？主席说，什么‘一号号令’？我没听说过。”
“这一点也不奇怪，”父亲坦然地说：“主席那里那么多事情，怎么会去记一个电话稿的编号？再说林彪向主席那里的报告根本没有编号。别说主席不知到什么‘一号号令’，就连军委办事组的黄永胜等人，开始也不知到这个电话稿的编号。”
两位领导对父亲的答辩提不出新的论据予以批驳，谈话无法继续进行。
父亲认为自己和林彪、黄永胜等完全是正常的工作关系，执行公务均有据可查。“一号号令”绝不可能是背着毛泽东、党中央擅自发布的。熟悉中共党史的人都知道，以武装斗争起家的毛泽东对军事的关心非同一般。中共执政后，他可以不当国家主席，却一直兼任军委主席。军队重大工作事项必须向他报告，特别是“文革”期间连调动一个营、一个连都要经他批准。那时像部队每天搞个五公里越野、不对炊事班搞个野炊训练都要报告毛主席。
考虑到主席日理万机，军委办事组经研究后报主席批准，部队在营区五公里以内的军事训练报总参作战部备案即可。可想而知，像发布“一号号令”这样的大动作如何能瞒得住他？林彪“玩弄”这样的“反革命政变”岂不是引火烧身，自取灭亡？“号令”既然未经毛泽东批准和同意，他知道后又为何不予撤销而仍让其继续执行？况且，从1969年4月党的“九大”后到当年12月，经军委和总参向全军发布内容相近的战备命令不止一个。拿一个战备命令的编号大做文章，实在令人匪夷所思。期间对专案组提出的问题，父亲凭着记忆，对每个问题的来龙去脉都能说得清清楚楚，所以经常与专案组“顶牛”。
