同济大学成为有名的理、工、医科大学。
这一阶段，中国最好的大学是中央大学、北京大学、交通大学和清华大学。这4校不相上下，号称大学“四强”。当时的著名学府，还有北洋大学、武汉大学、北京师范大学、中山大学、南开大学、同济大学、山东大学、东吴大学、东北大学、浙江大学、四川大学、武汉大学、东南大学、厦门大学、暨南大学、圣约翰大学、燕京大学、金陵大学、沪江大学、齐鲁大学等。1937年，全国共有大学及独立学院78所，教师6615人，大学生及研究生37330人。
大学体制成熟了，栖身大学或大学出身的现代知识分子群体形成了。相对于数亿人口的中国而言，他们还只是万分之一的凤毛麟角，确实是“精英”啊！
接下来是8年漫长的抗日战争时期，乃民国高等教育史上特殊的一页。
侵略者极恨民族意识最强、宣传抗战御侮最突出的大学，比如南开，竟被炸得只剩下了一座楼。在民族危难中，一座座宁静的校园受到了严峻考验。70多所大学在艰苦卓绝的环境中，纷纷内迁，辗转跋涉，维持教学。清华、北大、南开等3所大学迁到昆明，组成西南联合大学。中大和交大迁到陪都重庆（但在南京和上海都留下伪中大和伪交大）。浙大迁到贵州，交大的唐山和北平分部在茅以升的带领下也迁至贵州。战争烈焰熊熊，大学薪火不灭。蒋介石将教育政策概括为：“战时要当平时看。”
西南联大合聚三校之力，无疑是当时全国最好的大学，名师璀璨，学生优异，也可以说是当时世界的名校翘楚；但3校虽然联合，其实也是各自为政，注定最后不可能合成一校。
内迁使交通大学和中央大学实力大受影响，无法与西南联大比肩。
浙江大学则创造了一个神话，在竺可桢的带领下，在战火中成长壮大，一举成为最好的大学之一。英国学者李约瑟到贵州，发现这么贫苦的地方居然有这么好的大学，惊讶之余，称赞其为“东方剑桥”。虽然老外言过其实，但也说明当时浙江大学的强大。这也是浙江大学学子最为骄傲的时期。
北洋大学颠沛流离迁到西安，与其他学校组成西北联合大学，从此开始衰落，抗战胜利才免去消亡的命运，在南开的土地上重建北洋大学，建国后改为现在的天津大学。
在这8年里，西南联大（含清华、北大）一枝独秀，中大、交通大学、浙江大学则不相上下。
抗战胜利后，各校迁回旧址，大学教育恢复正常，各校继续发展。1946年《中华民国宪法》规定：“教育、科学、文化之经费，在中央不得少于其预算总额15%，在省不得少于其预算总额25%，在市、县不得少于其预算总额35%，其依法设置之教育文化基金及产业，应予保障。”
到抗战胜利3年后、民国覆亡2年前的1947年，这一年是民国高等教育的高峰，中华大地共有大学210所，其中国立大学31所，私立大学25所；国立独立学院23所，省立独立学院24所，私立独立学院32所；国立专科学校20所，省立专科学校32所，私立专科学校23所。全国大学聘任助教以上教师8964人，其中教授2700人；在校生155036人，其中研究生424人，本科生130715人，专科生23897人。
清华在西南联大时期又召集了一批名师，分校后更加强大；中央大学和交通大学也开始恢复元气；浙江大学继续保持良好的发展势头；北京大学则停滞不前，甚至有些不如燕京大学；南开大学从私立成为国立，得到了很大的发展，经过西南联大时期也更为有名。
所以，从抗战到建国前，中国最好的大学是清华大学、中央大学、交通大学、浙江大学；其次是北京大学、同济大学、南开大学、复旦大学、中山大学、东北大学、东吴大学、武汉大学、燕京大学、金陵大学等，还有即将建立与崛起的人民大学，当时叫华北大学。
科学文明和现代思想在朗朗传播。一座座学府，一团团浓荫；一个个学人，一片片书声；一次次晨昏，一串串故事。多少学子，在这里笑过哭过，爱过恨过。大学的话题，有关知识文化的传承，有关真理智慧的求索，有关社会文明的提升，有关民族精神的进步，有关人类理想的追求，永远探讨不完。
学者谢泳认为：1949年以前的中国是一个动荡的时代，真正安定的时间并不长。在这个时代里，除了外患以外，还有不断的内争。这样的时代，中国高等教育还能发展，实属不易。这个结果，是中国知识分子共同努力造成的，也是中国国立大学校长能在政府和大学之间保持平衡的结果。在这个过程中，政府对大学独立所保持的相当尊重，应当肯定。
中华民国时期，正是因为有蔡元培、蒋梦麟、唐文治、张伯芩、梅贻琦、陶行知、马相伯、郭秉文、竺可桢、茅以升、罗家伦、胡适、李登辉、陶行知……这些深受近代文明熏陶，热情追求真理，具有崇高人格的教育家，全面提升了中国大学的品质，使这些大学迅速和世界接轨，融入了人类主流文明。在蔡元培、蒋梦麟身上所体现的“兼容并包，思想自由”的北大精神，在竺可桢身上体现的浙江大学“求是”精神，梅贻琦等人在清华搞的“通才教育”，无论是在今天还是在明天都不会过时，也只有这些精神才可能把我们带入一个新的时代。
学者杨东平说：中国高等教育的童年是丰富、烂漫和充满活力的。半个世纪之前民族前辈的探索和思考，是我们今天在新世纪不断纠正、改良和前进的重要精神资源。
