在高校“官本位”的阴影下，还出现了不少由外行领导内行，或是业务不精湛之人指导业务拔尖者的现象，这对教师的积极性造成挫伤。
“官本位”滋生了各类腐败，比如，滥评职称、滥发文凭乃至卖文凭、送文凭，教学科研质量评估中大规模造假，金钱打点、疏通关系之类“学术外功夫”在课题申请、硕士博士授予权等纯学术事务上大显身手。至于与“权钱交易”雷同的“学术交易”更是屡禁不止。
另外，随着高校在招生录取、经费使用、干部聘任等方面拥有的自主权越来越多，高校领导的权力也越来越大，个别领导甚至大权独揽，滑向腐败。
武汉科技大学原校长刘光临、原党委书记吴国民涉嫌收受贿赂，已被检察机关查办。此前，湖北美术学院原副院长李泽霖、三峡大学原党委书记陈少岚、湖北大学原副校长李金和等人职务犯罪案，都是主事者利用长期分管基建、招投标、设备物资采购、招生录取等工作便利，为他人谋利益，收受学生家长、建筑商、承包商的贿赂，金额从几万元到上百万元不等。
受访专家认为，高校成为腐败的一个高发区，与高校“官本位”有直接联系。“官本位”还造成人力资本严重浪费。在高校“官本位”管理模式下，近年来，有些高校教师变成行政权威的附庸，对教书育人和搞好科研失去了兴趣和动力，有的甚至干脆另谋职业。一些学有所成的专家、学者和教授纷纷禁不住利益诱惑，转而谋求各种行政职务，造成专业技术人才资源的大量浪费。
“任何人都会本能地追求个人利益最大化，如果从事行政，比从事科研具有更大的收益，为何不追求行政放弃学术呢？”北京某高校教师向记者讲述了这样一个真实的故事：有一位参与国家 863科技项目的资深教授，从东北调到北京某高校，觉得当教授没出路，第一次参加该校后勤处处长的竞聘，落选。后来又参加该校保卫处副处长的竞聘，结果还是落选。按该校其他老师的说法：“只好很失落地继续做教授。 ”
“教授治校”能否淡化“官本位”
在接受采访时，不少教育界人士认为中国高校要发展，最重要的是要打破“官本位”，致力于在高校建立以教师为本、以学术为本的现代大学制度，平衡行政权力和学术权力，形成良好的学术环境和学术生态。
“评价一所学校，关键要看其培养人才的能力和学术研究水平，而不是看它属于哪个行政级别。”全国政协委员吴正德对高校以行政级别划分的做法十分不解，他认为，“我国提倡人才强国，决策者应该研究用什么措施来培养人才、管理人才、评价人才、鼓励人才。首先要将‘官本位’思想赶出校园。 ”
在采访过程中，有不少受访者认为，要解决高校“官本位”问题，必须先处理好三个关系。首先，处理好教育行政管理部门和高校的关系。按照《高等教育法》，大学拥有包括学科专业设置、教学活动组织、科学研究、招生等方面的办学自主权。但现在很多高校的权力被教育行政主管部门越俎代庖，高校的办学自主权很小。
其次，取消大学行政级别，逐步实现高校校长职业化。在校党委书记、副书记按有关规定由上级任命的情况下，大学校长可通过竞聘产生，副校长在校长提名的基础上，竞争上岗，逐步实现大学校长的职业化。
第三，处理好高校内部行政权力和学术权力的问题。现代大学的四个主要标准是“职业治校、教授治学、学术自由、学生自管”，从这四方面看，中国的大学还有很大差距。解决这一问题，关键是要弱化行政权力，强化学术权力，使行政权力变为真正意义上的服务而非对学术的干预。
南开大学博士生导师齐善鸿教授接受记者采访时认为，要解决高校“官本位”问题，还须依法民主治校。高校所作出的一切决策，都要通过民主化和科学化的程序，要高度重视师生员工的意见和建议，并把这些意见和建议作为制定决策和部署工作的重要依据。同时强化服务意识。高校的服务和管理本质是“以人为本”和“教学至上”，行政系统要强调服务第一，管理第二。
齐善鸿认为，教授委员会要成为民主监督机构，校长每年要向教授委员会汇报工作，教授们的意见不能只是说了没人理、理了没人做；校长要接受教授委员会评议，并以此作为校长工作业绩和奖励的依据；此外，还要调整和优化利益分配制度。高校在制度、政策和机制上，尤其是在利益分配上，要向一线教师倾斜，确保教学科研做得不错的教师收入不低于行政领导。在所有的措施中，最关键的就是教授们的民主参政权得到什么程度的尊重和落实。
实际上，要破解高校“官本位”，不是简单地否定现在的行政体系，而是按照科学管理的原理建构起科学的高校管理体制。在高校成立教授委员会，把教授委员会作为学院的决策机构，实现集体决策制，避免由行政管理人员一方主导的局面。这样，建立在平等交流、民主协商基础上的决策，往往就会更加科学。
当然，依现时的国情，高校制度的真正改革并不完全取决于大学本身，它还依附于国家行政管理体制的改革。从这一点观察，重树现在高校独立的学术精神，从“官本位”回归“学本位”，还有很长的路要走。
