1937年8月，作为师团长的土肥原高举明晃晃的战刀，率领他的"野州健儿"从大阪港乘船直抵塘沽，登陆后乘火车至北平，在西直门外宋哲元的旧兵营稍事休整，即投入华北战场。由于蒋介石的不抵抗政策，土肥原的部队强渡永定河、拒马河与大清河，攻取保定，沿石家庄、邢台、邯郸、安阳、新乡一线疾进，一举控制了黄河渡口。所经之处滚过冷刀烈火，焦土裹地，血气蔽日。日本报界大肆吹捧土肥原的锋利和凶猛，他成了华北战场上的一颗"明星"，在黑云如铁的天空闪耀。
土肥原在担任战地指挥官时，粗暴地践踏进行战争的法规和惯例，疯狂屠杀手无寸铁的人民，惨无人道地虐待俘虏，所犯罪行均受到指控，被写在判决书里。
从"九·一八"事变起不过十余年的工夫，他就踏着尸骨和血泊，由大佐擢升为大将，双肩戴上了带穗肩章，这极罕见的晋升速度是与他的罪恶相称的。他的胸前发出叮叮当当的声响，金光闪闪的"瑞宝"、"猛虎"、"金"、"旭日双辉"勋章，显示着他骇人听闻的功勋。
就是这样一个遭万笞也不能平冤，死百回也不足以抵罪的战犯，当初在讨论战犯名单时，西方的某些检察官不知出于何种考虑，竟不主张将其列入甲级战犯，理由是他的罪行"缺乏确凿有力的证据"。这使中国的检察官愤怒和吃惊。他们据理力争，保证在审讯期间提供必要的人证与物证，以证明他是创造"九·一八"事变和伪满洲国的幕后策划人和具体执行者，同时郑重声明，如不将其列入甲级战犯，中国检察官势难继续工作。中国检察官的斗争取得了胜利。
事过两年半，《判决书》对土肥原作出了公正的评价："在'九·一八'事变之前，他已在中国度过了18年，被视为陆军部内的中国通。他对于在满洲所进行的对华侵略战争的发动和发展，以及嗣后受日本支配的伪满洲国之设立，均有直接关系。日本军事集团对中国其他地区所采取的侵略政策，土肥原借着政治诡计、强行威胁和武力手段，在促使事态的进展上起到了巨大的作用。"
在两年多的时间里，审判大厅里只有一次响起土肥原的声音，他斩钉截铁地说了两个字："没有!"此后他就躲在这象征性的两个字的背后保持沉默。他时常与邻座的被告及他的律师低声交谈，但对法庭始终保持沉默。他并不孤单，在25个被告中有8人与他结成了沉默的战线。他的律师和证人却用黑色幽默一样的谎言，竭力把审判降低为一场游戏。
土肥原的第一个证人爱泽城原是他手下的一名特务。他在出庭作证时说，土肥原为人忠厚坦白，他掌管的沈阳特务机关只是收集情报，并无其它秘密活动。我检察官当即引用该特务机关向日本政府邀功请赏的材料予以反驳，这份材料的首页盖着土肥原的印章，里面记载了在中国许多城市的大量阴谋活动。其中一页写道：老百姓"一闻土肥原、板垣之名，有谈虎色变之状"。我检察官指出，这是他们两人残害中国人民的真实写照。美国律师却别有用心地说：这是在谈老虎，与本案无关。我检察官又驳。围绕老虎的舌战引起一阵阵哄堂大笑，气氛极为不庄。
土肥原由于参加准备、发动和进行侵略战争，由于破坏进行战争的法规和惯例，被判处绞刑。在远东国际军事法庭审判的25个战犯中，他和板垣是被判定犯罪条款最多的两人，都犯了七条"破坏和平罪"，其中最重的一条是"命令准许违约行为"。在接到判决通知后，这个斗智天才又挑起了一场风波。
土肥原别出心裁地向美国最高法院递交了上诉书。而美国最高法院竟以5票对4票的多数，通过受理上诉。对于这样一个荒唐的局面，中国首席法官梅汝?义正辞严地指出："如果代表11个国家的国际法庭作出的判决要受一个国家的国内法院重审，那么就有理由担心，任何一个国际性的决定和行为都可遭到某一国的推翻和改变。"中国《大公报》1948年12月8日发表题为《愿两事正告美国》的社评，强烈谴责美国最高法院的行径，指出这种行径是对"远东各国抗战死难平民的侮辱"，日本战犯的暴行"铁案如山，天下皆曰可杀，死罪万难饶恕"。在各国法官及世界进步舆论的强大压力下，美国最高法院不得不又以6票对1票的多数否决了重审的决定。
有意思的是，关在鸭巢监狱里的死囚都有足够的情致，咬文嚼字地写上几行安慰自己的诗句。土肥原的绝命诗照录如下：
苍天永恒兮吾魂欲往，
君主万世兮永保无恙；
吾命已绝兮后继有望，
尧舜升平兮日益隆昌。
临上绞架仍然是那副假脸和它包裹着的罪恶灵魂。天皇应该祭缅他的这位忠义将领，土肥原作为他的鹰犬，辛劳奔波了一辈子，甚至全然不顾弃家之苦。美军到他家搜查时，以为一定会有许多中国的金银珠玉古玩之类，孰料在他租用的两间小屋里，竟然一贫如洗。他图的是什么 杜威在他的《人性与行动》一书中写道："希望得到新的值得炫耀的东西、对故土的热爱、胆量、忠诚、出名的机会、金钱或者职业、爱慕、对祖先和神灵的虔诚--所有这些组成了战争的力量。"土肥原欠下了滔滔血债，他只偿还了一滴。
